EnCyclon »ç¿ëÀÚ ¾È³»¼­

(ÁÖ)´º·ÎÁ¦³Ø½º Bioinformatics Team

2002³â 10¿ù 1ÀÏ

2003³â 5¿ù 27ÀÏ

2003³â 9¿ù 3ÀÏ

EnCyclon® is Resgistered Trademark ¢â by Neurogenex Co., Ltd..


Â÷·Ê
1. EnCyclon ¼Ò°³
1.1. ÀÌ ¹®¼­¿¡ ´ëÇØ¼­
1.2. EnCyclonÀº ¹«¾ùÀΰ¡?
1.3. EnCyclonÀÇ Æ¯Â¡
2. EnCyclon »ç¿ëÇϱâ
2.1. ½ÃÄö½º ÀÔ·ÂÇÏ´Â ¹æ¹ý(SeqLoader Ȱ¿ë)
2.2. WorkBench »ç¿ëÇϱâ
2.3. ½ÃÄö½º Çü½Ä(Sequence Format)¿¡ ´ëÇÏ¿©
3. CyCloner: °¡»ó Ŭ·Î´× ½Ã½ºÅÛ
3.1. PrimerDesigner
3.2. PCRCycler
3.3. DNACutter
3.4. A-Ligator
3.5. Cut&Ligation
3.6. Homologus Recombination
3.7. Blunt-It
3.8. SeqEditor
4. SeqSenser: ´Ù¾çÇÑ ½ÃÄö½º ºÐ¼®
4.1. RestrictionAnalyzer
4.2. PCRAnalyzer
4.3. Translator
4.4. ORFinder
4.5. Reverse
4.6. Complement
4.7. PatternFinder
4.8. BL2seqN
4.9. Feature Extractor
4.10. SeqLoader
4.11. PlasmidMap
4.12. MultiBlast
5. EMBOSS
6. FAQ: Frequently Asked Questions
Âü°í ¹®Çå ¹× ÀÚ·á
Glossary
Ç¥ ¸ñ·Ï
2-1. ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ Çü½Ä
6-1. Feature Color
6-2. Feature Direction
6-3. Analysis Options

1Àå. EnCyclon ¼Ò°³

1.1. ÀÌ ¹®¼­¿¡ ´ëÇØ¼­

ÀÌ ¹®¼­´Â EnCyclonÀ» »ç¿ëÇÏ´Â ¹æ¹ýÀ» ±â¼úÇÑ ¹®¼­ÀÔ´Ï´Ù.

¹®¼­ ³»¿¡¼­ ¿À·ù¸¦ ¹ß°ßÇÏ½Ã¸é ¹®¼­´ã´çÀÚ ¿¡°Ô ¿¬¶ô ÁֽʽÿÀ


1.2. EnCyclonÀº ¹«¾ùÀΰ¡?

EnCyclonÀº (ÁÖ)´º·ÎÁ¦³Ø½º¿¡¼­ °³¹ßÇÑ ´ë·®ÀÇ À¯ÀüÀÚ Á¤º¸¸¦ ºÐ¼®Çϰí 󸮸¦ À§ÇÑ À¥ ±â¹Ý À¯ÀüÀÚ ºÐ¼® ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù.

½ÇÇè½ÇÀÇ Å¬·Î´× °úÁ¤À» ½ÃÇè °úÁ¤°ú µ¿ÀÏÇÏ°Ô ½Ã¹Ä·¹ÀÌ¼Ç ÇÏ´Â CyCloner: °¡»ó Ŭ·Î´× ½Ã½ºÅÛ, ½ÃÄö½º¸¦ ´Ù¾çÇÑ ¹æ¹ýÀ¸·Î ºÐ¼®ÇÒ ¼ö ÀÖ´Â SeqSenser: ´Ù¾çÇÑ ½ÃÄö½º ºÐ¼® ±×¸®°í EMBnet¿¡¼­ °³¹ßÇÑ À¯ÀüÀÚ ºÐ¼® °ø°³¼ÒÇÁÆ®¿þ¾î EMBOSSÀÇ À¥ ÀÎÅÍÆäÀ̽º·Î ±¸¼ºµÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù.


1.3. EnCyclonÀÇ Æ¯Â¡

  • ½ÇÇè½Ç°ú µ¿ÀÏÇÑ °úÁ¤ÀÇ Å¬·Î´×: ½ÇÇè½Ç¿¡¼­ ÁøÇàÇÏ´Â ¼ø¼­¿Í µ¿ÀÏÇÏ°Ô ÇÁ·Î±×·¥µéÀ» µðÀÚÀÎÇß½À´Ï´Ù. ´Ù¸¥ ÇÁ·Î±×·¥°ú °°ÀÌ ¾î·Á¿î »ç¿ë¹ýÀ» ÀÍÈú ÇÊ¿ä ¾øÀÌ ½ÇÇè½Ç¿¡¼­ ÇϽôø´ë·Î ÁøÇàÇÏ½Ã¸é µË´Ï´Ù. ÀÚ¼¼ÇÑ »ç¿ë¹ýÀº CyCloner¸¦ ÂüÁ¶ÇϽʽÿÀ.

  • ENDS: Linear DNAÀÇ ½ÃÄö½º ³¡(Cohesive end)ÀÇ 5', 3'ÀÇ »óŸ¦ Á¤È®ÇÏ°Ô ³ªÅ¸³À´Ï´Ù. ENDS´Â ½ÃÄö½º ³¡ÀÇ »óŸ¦ ³ªÅ¸³»´Â ÇʵåÀ̸ç, DNACutter´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò·Î ½ÃÄö½º¸¦ ÀÚ¸¦ ¶§ ½ÃÄö½º ³¡ÀÇ »óŸ¦ ³ªÅ¸³»±â À§ÇÏ¿© ÀÌ Çʵ带 Ãß°¡ÇÕ´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ A-Ligator´Â ÀÌ ENDS Ç׸ñÀ» ÀνÄÇÏ¿© ¶óÀ̰ÔÀ̼Ç(Ligation) °¡´É ¿©ºÎ¸¦ È®ÀÎÇÕ´Ï´Ù.

    ENDS¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ ¼³¸íÀº NGSF(Neurogenex Sequence Format)ÀÇ ENDSÇ׸ñÀ» Âü°íÇϽʽÿÀ.

  • ½ÃÄö½º ºÐ¼® °á°ú ÀúÀå: »ç¿ëÀÚ°¡ ¿øÇÏ´Â ½ÃÄö½º¸¦ EnCyclonÀ¸·Î ºÐ¼®ÇÏ¸é ¸ðµç ÀÔ·Â µ¥ÀÌÅÍ ¹× ºÐ¼®µÈ °á°ú´Â WorkBench¿¡ ÀúÀåµË´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ ÀúÀåµÈ °á°ú´Â »ç¿ëÀÚ°¡ »ç¿ëÁßÀÎ ºê¶ó¿ìÀúÀÇ ¿¬°áÀ» Á¾·áÇϱâ Àü±îÁö ¾ðÁ¦µçÁö ´Ù½Ã °Ë»ö ¹× ÆíÁý ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀÚ¼¼ÇÑ »ç¿ë¹ýÀº WorkBench »ç¿ëÇϱ⸦ ÂüÁ¶ÇϽʽÿÀ.

  • ÇÃ¶ó½º¹Ìµå ¸Ê(Plasmid Map): ½ÃÄö½ºÀÇ ´ë·«ÀûÀÎ ¸ð½ÀÀ» À̹ÌÁö·Î ³ªÅ¸³¾ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. PlasmidMapÇÃ¶ó½º¹Ìµå ¸Ê¿¡´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò »çÀÌÆ®, ½ÃÄö½º Feature°¡ Æ÷ÇԵ˴ϴÙ.

  • ´Ù¸¥ µ¥ÀÌÅͺ£À̽ºÀÇ ½ÃÄö½º ºÒ·¯¿À±â: ÀÎÅͳݿ¡ ¿¬°á¸¸ µÇ¾îÀÖ´Ù¸é EnCyclonÀÇ ¸ðµç ÇÁ·Î±×·¥¿¡¼­ GENBANK, EMBLÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ ½ÃÄö½º ID¸¸ ¾Ë°í ÀÖÀ¸¸é ¾ðÁ¦µçÁö ºÒ·¯¿Ã ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀÚ¼¼ÇÑ »ç¿ë¹ýÀº ½ÃÄö½º ÀÔ·ÂÇÏ´Â ¹æ¹ý(SeqLoader Ȱ¿ë)¸¦ ÂüÁ¶ÇϽʽÿÀ

  • ½ÃÄö½º Çü½Ä¿¡ »ó°ü¾øÀÌ »ç¿ë°¡´É: EnCyclonÀÇ ¸ðµç ÇÁ·Î±×·¥Àº ½ÃÄö½º Çü½Ä¿¡ °ü°è¾øÀÌ µ¿ÀÛÇÕ´Ï´Ù. GENBANK, EMBL, FASTA ±×¸®°í ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ® ÇüÅÂÀÇ ½ÃÄö½ºµµ ¾Æ¹«·± º¯È¯ÀÛ¾÷¾øÀÌ ¹Ù·Î ÀÔ·ÂÇϽʽÿÀ. SeqEditor´Â EnCyclonÀÌ ÀνÄÇÏ´Â ½ÃÄö½º¸¦ EnCyclonÀÇ Ç¥ÁØ Çü½ÄÀÎ NGSF·Î º¯È¯ÇÕ´Ï´Ù.

  • À¥ ±â¹ÝÀ¸·Î Á¢±ÙÀÌ Æí¸®ÇÔ: ¸ðµç ±¸¼ºÀÌ À¥À» ±â¹ÝÀ¸·Î ±¸¼ºµÇ¾îÀֱ⠶§¹®¿¡ »ç¿ë¹ýÀÌ ½±°í Ä£±ÙÇϸç, ¾ðÁ¦ ¾îµð¼­µçÁö ÀÎÅͳݸ¸ °¡´ÉÇÏ¸é »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

  • ÃÖ±Ù »ç¿ë ¸®½ºÆ®: Á¦ÇÑÈ¿¼Ò, ÇÁ¶óÀ̸Ó, ¸µÄ¿ µîÀ» ÀÔ·ÂÇÒ ¶§ ÀÌÀü¿¡ ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½º¸¦ ÃÖ´ë 5°³±îÁö ÀÚµ¿À¸·Î ±â¾ïÇØ ´ÙÀ½¿¡ ÀÔ·ÂÇÏ½Ç ¶§ Æí¸®ÇÕ´Ï´Ù.


2Àå. EnCyclon »ç¿ëÇϱâ

EnCyclonÀº »ç¿ëÇϱ⠽±½À´Ï´Ù. ¿øÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥À» ¼±ÅÃÇÏ°í º¸ÀÌ´Â ½ÃÄö½º ÀÔ·Â ÅØ½ºÆ® ¹Ú½º¿¡ ½ÃÄö½º¸¦ ³ÖÀº ÈÄ " G O " ¹öưÀ» Ŭ¸¯ÇϽʽÿÀ. ´ëºÎºÐÀÇ ÀÛ¾÷ÀÌ ¹Ì¸® ¼³Á¤µÈ ±âº» ¿É¼Ç¸¸À¸·Îµµ ÃæºÐÈ÷ ¿øÇÏ´Â °á°ú¸¦ ¾òÀ» ¼ö ¼³°èµÇ¾îÀÖ½À´Ï´Ù.

½ÃÄö½º¸¦ ºÐ¼®Çϱâ À§Çؼ­ ¸ÕÀú ½ÃÄö½º¸¦ ½ÃÄö½º ÀԷ¹ڽº¿¡ ÀÔ·ÂÇÕ´Ï´Ù. ½ÃÄö½º¸¦ ½ÃÄö½º ÀÔ·Â ¹Ú½º¿¡ ÀÔ·ÂÇϱâ À§Çؼ­´Â Á÷Á¢ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÔ·ÂÇϽðųª "Load Sequence" ¹öưÀ» Ŭ¸¯ÇÏ¿© Sequence Loader¸¦ »ç¿ëÇϽʽÿÀ. ½ÃÄö½º°¡ ƯÁ¤ÇÑ Çü½ÄÀ» µû¸£Áö ¾Ê´Â ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ®³ª FASTAÇü½ÄÀÇ ½ÃÄö½º¶ó¸é ÇÊ¿äÇÑ °æ¿ì ½ÃÄö½º Topology¸¦ ¼±ÅÃÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù.

µÎ ¹øÂ°·Î ºÐ¼® ¿É¼ÇÀ» ¼³Á¤ÇÕ´Ï´Ù. ¿É¼ÇÀÇ ÀÚ¼¼ÇÑ ³»¿ëÀº °¢ ÇÁ·Î±×·¥ ¼³¸íÀ» ÂüÁ¶ÇϽñ⠹ٶó¸ç Àß ¸ð¸£½Ã°Ú´Ù¸é ±×³É ±âº» »óÅ·ΠµÎ¾îµµ ÃæºÐÈ÷ ¿øÇÏ´Â °á°ú¸¦ ¾òÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

¼¼ ¹øÂ°·Î ºÐ¼®À» ½ÇÇàÇϱâ À§Çؼ­ " G O "¹öưÀ» Ŭ¸¯ÇÏ¿© ÇÁ·Î±×·¥À» ¼öÇàÇϽʽÿÀ.

°¢ ÇÁ·Î±×·¥¿¡ ´ëÇÑ º¸´Ù ÀÚ¼¼ÇÑ »ç¿ë¹ýÀº °¢ ÇÁ·Î±×·¥ÀÇ ¼³¸íÀ» ÂüÁ¶ÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù.


2.1. ½ÃÄö½º ÀÔ·ÂÇÏ´Â ¹æ¹ý(SeqLoader Ȱ¿ë)

SeqLoaderÀº °¢ ÇÁ·Î±×·¥»ó¿¡ ½ÃÄö½º¸¦ ½±°Ô ÀÔ·ÂÇÏ´Â ¹æ¹ýÀ» Á¦°øÇÕ´Ï´Ù.

SeqLoader¿¡¼­ Á¦°øÇÏ´Â ½ÃÄö½º ÀÔ·Â ¹æ¹ýÀº WorkBench¿¡ ÀúÀåµÈ ½ÃÄö½º¸¦ ºÒ·¯µéÀÌ´Â ¹æ¹ý, Genbank³ª EMBL°°Àº ¿ÜºÎ DataBase¿¡¼­ ½ÃÄö½º¸¦ ºÒ·¯µéÀÌ´Â ¹æ¹ý, ¸¶Áö¸·À¸·Î ÀÚ½ÅÀÇ ÄÄÇ»ÅÍ¿¡ ÀúÀåµÇ¾îÀÖ´Â ½ÃÄö½º ÆÄÀÏÀ» ºÒ·¯µé¿© ºÐ¼® ÇÁ·Î±×·¥¿¡ ÀÔ·ÂÇÒ ¼ö ÀÖ°Ô ÇØ ÁÝ´Ï´Ù.

SeqLoader´Â WorkBench¿¡ ÀúÀåµÈ ½ÃÄö½º¸¦ ½ÃÄö½º À̸§°ú ±æÀ̷Πǥ½ÃÇÏ¿© »ç¿ëÀÚ°¡ ¿øÇÏ´Â ½ÃÄö½º¸¦ ºÒ·¯¿Ã ¼ö ÀÖµµ·Ï ÇÕ´Ï´Ù. WorkBench ¸®½ºÆ®¹Ú½º¿¡¼­ ¿øÇÏ´Â ½ÃÄö½º¸¦ ¼±ÅÃÇϰí Load ¹öưÀ» Ŭ¸¯ÇÏ¿© ºÐ¼® ÇÁ·Î±×·¥¿¡ ºÒ·¯¿Ã ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Genbank³ª EMBL¿¡¼­ ½ÃÄö½º¸¦ ºÒ·¯¿Ã ¶§´Â µÎ¹øÂ° ¸®½ºÆ® ¹Ú½º¿¡¼­ µ¥ÀÌÅͺ£À̽º¿Í ±× ½ÃÄö½ºÀÇ °íÀ¯ÇÑ ½Äº°ÀÚ(GI,Accession number,ID)¸¦ ÀÔ·ÂÇÏ¿© ¿ÜºÎ µ¥ÀÌÅͺ£À̽º¿¡¼­ ½ÃÄö½º¸¦ ºÒ·¯¿Ã ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

ÁÖÀÇ

³×Æ®¿öÅ© ¹®Á¦³ª Genbank, EMBLÀÇ ¼­¹ö¹®Á¦·Î ½ÃÄö½º¸¦ ºÒ·¯¿Ã ¼ö ¾øÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ½À´Ï´Ù.

»ç¿ëÀÚÀÇ ÄÄÇ»ÅÍ¿¡ ÀúÀåµÇ¾î ÀÖ´Â ½ÃÄö½º¸¦ ã¾Æº¸±â ¹öưÀ» Ŭ¸¯ÇÏ¿© À©µµ¿ìÁîÀÇ ÆÄÀÏ¿­±â °°Àº ¹æ½ÄÀ¸·Î ºÒ·¯¿Ã ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

SeqLoader¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© EncyclonÀÇ ¸ðµç ÇÁ·Î±×·¥Àº ½ÃÄö½º¸¦ º¸´Ù ½±°í ´Ù¾çÇÑ ¹æ¹ýÀ¸·Î ÀÔ·ÂÇÒ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.


2.2. WorkBench »ç¿ëÇϱâ

WorkBench´Â EncyclonÀÇ ¸ðµç ÇÁ·Î±×·¥¿¡¼­ ÀԷµǴ ½ÃÄö½º¿Í ±× ÀÛ¾÷ °á°úµéÀ» ÀúÀåÇÕ´Ï´Ù.

WorkBench¸¦ ÀÌ¿ëÇϸé ÀÌÀü¿¡ ÀÛ¾÷Çß´ø °á°ú¿Í ±× ÀÛ¾÷¿¡ ÀÔ·ÂÇß´ø ½ÃÄö½º¸¦ ´Ù½Ã º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀúÀåµÈ ½ÃÄö½º´Â ÆíÁýÇϰųª ½ÃÄö½º ¸ÊÀ» º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Tip: °¡Àå ÃÖ±Ù¿¡ ÀÛ¾÷ÇÑ ½ÃÄö½º°¡ WorkBenchÀÇ À§¿¡ Ãß°¡µÇ¹Ç·Î ¿øÇÏ´Â °á°ú¸¦ ´õ »¡¸® ã¾Æ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

WorkBench¿¡ ½Ã°£¼ø¼­´ë·Î ÀԷµǾîÁø ½ÃÄö½º¿Í ±× °á°ú¹°µéÀº ´Ù½Ã º¸±â¸¦ ¿øÇÏ´Â Ç׸ñÀ» Ŭ¸¯ÇÏ¸é »õ âÀ¸·Î º¸¿©ÁÝ´Ï´Ù. ¿·¿¡ Ç¥½ÃµÈ link¸¦ Ŭ¸¯ÇÏ¿© SeqSenserÀÇ Plasmid Map, SeqEditor¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© Plasmid MapÀ» º¸°Å³ª ½ÃÄö½º¸¦ ÆíÁýÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. À̶§ SeqEditor¿¡¼­ ½ÃÄö½º¸¦ º¯°æÇϸé WorkBench¿¡ ÀúÀåµÈ ½ÃÄö½ºµµ ÇÔ²² ¼öÁ¤µË´Ï´Ù. Plasmid MapÀÇ ÀÛ¾÷°á°ú´Â WorkBenchÀÇ ½ÃÄö½º¿¡ ¿µÇâÀ» ÁÖÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

WorkBench¿¡ ÀúÀåµÇ´Â ½ÃÄö½º´Â ±× ½ÃÄö½ºÀÇ À̸§°ú ±æÀÌ¿¡ ÀÇÇØ Ç¥½ÃµÇ¸ç, ÀÛ¾÷°á°úµéÀº ±× ÇÁ·Î±×·¥ À̸§°ú ÀÛ¾÷¿É¼Ç¿¡ ÀÇÇØ Ç¥½ÃµÇ¾î ¿øÇÏ´Â ½ÃÄö½º³ª °á°ú¹°µéÀ» ´õ¿í ½±°Ô ã¾Æ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

ÁÖÀÇ

WorkBench´Â À¥ ºê¶ó¿ìÀúÀÇ ÄíŰ ±â´ÉÀ» »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù. WorkBench¸¦ Á¦´ë·Î »ç¿ëÇϽ÷Á¸é À¥ ºê¶ó¿ìÀúÀÇ ÄíŰ ¿É¼ÇÀ» Ȱ¼ºÈ­ ½ÃŰ½Ê½Ã¿À.


2.3. ½ÃÄö½º Çü½Ä(Sequence Format)¿¡ ´ëÇÏ¿©

EnCyclonÀº ¿©·¯ °¡Áö ´Ù¾çÇÑ ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ» ÀνÄÇÏ¿© ÀÛµ¿ÇÕ´Ï´Ù. GENBANK, EMBL, FASTA, ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ® Çü½ÄÀ¸·Î ÀÛ¼ºµÈ ½ÃÄö½º´Â ¾Æ¹«·± º¯È¯ÀÛ¾÷ ¾øÀÌ EMBOSS¸¦ Æ÷ÇÔÇÑ ¸ðµç ÇÁ·Î±×·¥¿¡ ÀÔ·ÂÀÌ °¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.

±×·¯³ª EnCyclonÀ» º¸´Ù È¿À²ÀûÀ¸·Î »ç¿ëÇϱâ À§ÇÏ¿© NGSF(Neurogenex Sequence Format) Çü½ÄÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ »ç¿ëÇÏ±æ ±ÇÀåÇÕ´Ï´Ù.

°¢ ½ÃÄö½º Çü½Ä¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ ¼³¸íÀº ´Ù¸¥ ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ» °ü¸®Çϴ ȨÆäÀÌÁö¸¦ Âü°íÇϽʽÿÀ.


3Àå. CyCloner: °¡»ó Ŭ·Î´× ½Ã½ºÅÛ

CyCloner´Â ½ÃÄö½º Ŭ·Î´× °úÁ¤À» ½ÇÇè½Ç¿¡¼­ ÁøÇàÇÏ´Â °úÁ¤ ±×´ë·Î ½Ã¹Ä·¹À̼ÇÇÏ´Â Åø·Î ±¸¼ºµÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù.

°¢ ÅøµéÀº ½ÇÇè½Ç¿¡¼­ ÀϾ´Â ½ÇÇèÀ» ÃÖ´ëÇÑ Á¤È®ÇÏ°Ô ³ªÅ¸³»µµ·Ï ¼³°èµÇ¾ú½À´Ï´Ù. ÀÌ °¢ ÅøµéÀ» ÅëÇØ¼­ ½ÃÇè»ó¿¡¼­ ÀϾ ¼ö ÀÖ´Â ¿À·ù¸¦ ¹Ì¸® Áø´ÜÇϰųª ½ÇÇèÇϱâ Àü¿¡ ½ÇÇè¿¡ ´ëÇÑ °á°ú¸¦ ¿¹ÃøÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù

Áö¿øÇϴ Ŭ·Î´×(cloning) ¹æ¹ýÀº PCR, ¿£ÀÚÀÓ(enzyme) Ŭ·Î´×, ¸®ÄÞºñ³×À̼Ç(recombination) Ŭ·Î´×ÀÌ ÀÖ½À´Ï´Ù. ´ë·«ÀûÀÎ Àû¿ë ¼ø¼­´Â ´ÙÀ½°ú °°½À´Ï´Ù.

ù°·Î. PCRÀÇ ¼ø¼­´Â

  1. ½ÃÄö½º¸¦ PCRÇϱâ À§ÇÑ ÇÁ¶óÀÌ¸Ó µðÀÚÀÎ

  2. µðÀÚÀÎµÈ ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ½ÃÄö½º¸¦ PCR

¿Í °°Àº ¼ø¼­·Î ÁøÇàµË´Ï´Ù.

µÑ°·Î. ¿£ÀÚÀÓ Å¬·Î´×ÀÇ ¼ø¼­´Â

  1. Àμ­Æ® ½ÃÄö½º¸¦ Àû´çÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò·Î DNA ÄÆ

  2. º¤ÅÍ ½ÃÄö½º¸¦ Àû´çÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò·Î DNA ÄÆ

  3. Àμ­Æ®¿Í º¤ÅÍ ½ÃÄö½º¸¦ DNA ÄÆ ÇÑ ½ÃÄö½º¸¦ ¶óÀ̰ÔÀ̼Ç(Ligation)

°ú °°Àº ¼ø¼­·Î ÁøÇàµË´Ï´Ù.

°¢ Ŭ·Î´×¿¡ ¹æ¹ý¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ ³»¿ëÀº EnCyclon Æ©Å丮¾óÀ» Âü°íÇϽʽÿÀ.


3.1. PrimerDesigner

Polymerase Chain Reaction(PCR[1])¿¡ »ç¿ëÇÒ ÇÁ¶óÀ̸Ó(Primer)¸¦ µðÀÚÀÎ ÇÕ´Ï´Ù.

ƯÁ¤ ½ÃÄö½º¿¡¼­ ¿øÇÏ´Â ¿µ¿ªÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ PCRÇϱâ À§Çؼ­ ÇÁ¶óÀ̸Ó[2]¸¦ »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù. ÀÌ ¶§ ¿øÇÏ´Â ºÎºÐ(ORF¿µ¿ª, Àüü±æÀÌ µîµî)À» PCRÇϱâ À§Çؼ­ ÇÊ¿äÇÑ ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¦ ¸¸µé¾î³À´Ï´Ù.. »Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó ÇÁ¶óÀ̸ӷΠPCRÈÄ¿¡ ¾ò¾îÁö´Â PCR product¸¦ ±¸ÇÕ´Ï´Ù.

ÇÁ¶óÀÌ¸Ó µðÀÚÀ̳Ê(Primer Designer)¸¦ »ç¿ëÇϱâ À§Çؼ­´Â ½ÃÄö½ºÃ¢¿¡ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÔ·ÂÇÕ´Ï´Ù. ½ÃÄö½º ÀÔ·Â ÇÒ ¶§ "Load Sequence" ¹öưÀ» Ŭ¸¯ÇÏ¿© Sequence Loader¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¸é ½ÃÄö½º ÀÔ·ÂÀÌ ´õ ÆíÇÕ´Ï´Ù. ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½º°¡ ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ® ½ÃÄö½º[3]ÀÎ °æ¿ì¿¡´Â ½ÃÄö½ºÃ¢ ¾Æ·¡ ÅäÆú·ÎÁö(Topology) ¼±Åà ¿É¼ÇÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ½ÃÄö½ºÀÇ ÅäÆú·ÎÁö¸¦ ¼³Á¤ÇÕ´Ï´Ù.

"Linker Options"Àº ¸¸µé·Á°í ÇÏ´Â ÇÁ¶óÀ̸ÓÀÇ ¸µÄ¿(Linker)ºÎºÐÀ» ÀÔ·ÂÇÏ´Â °÷ÀÔ´Ï´Ù. ¸µÄ¿´Â ÇÁ¶óÀ̸ӿ¡ »ç¿ëÀÚ°¡ ½ÃÄö½º ÀνÄÀ» À§Çؼ­ Ưº°ÇÑ ±â´ÉÀ» ÇÏ´Â ½ÃÄö½º¸¦ ³Ö´Â ºÎºÐÀÔ´Ï´Ù. ÀϹÝÀûÀ¸·Î DNA Cutter¿¡¼­ »ç¿ëÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò »çÀÌÆ®¸¦ ³Ö¾îÁÝ´Ï´Ù.

"Design options"´Â ½ÃÄö½º¿¡¼­ PCRÀ» ÅëÇØ ÁõÆø½Ã۰íÀÚ ÇÏ´Â ºÎºÐÀ» ¼³Á¤ÇÕ´Ï´Ù. ±âº»°ªÀº "Full Length"À̰í ÀÌ´Â ½ÃÄö½º Àüü¸¦ ÁõÆøÇÏ´Â ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¦ ¸¸µé¾î ³À´Ï´Ù. "From __ to __"´Â »ç¿ëÀÚ°¡ ÁõÆøÇϰíÀÚ ÇÏ´Â ¿µ¿ªÀ» ÁöÁ¤ÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù. "Longest ORF"¿Í "Longest ORF including w/o start or stop codon" ¿É¼ÇÀº ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½º¿¡¼­ ORF¸¦ °Ë»öÇÏ¿© ±× °Ë»öµÈ ORF °á°ú¿¡¼­ °¡Àå ±ä CDS ¿µ¿ªÀ» ÁõÆø½ÃŰ´Â ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¦ ¸¸µå´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù. ±×·¯³ª "Longest ORF including w/o start or stop codon" ¿É¼ÇÀº ORF¸¦ °Ë»öÇÒ ¶§ ½ÃÀÛ ÄÚµ·(Codon)Àº ÀÖÀ¸³ª Á¾·á ÄÚµ·ÀÌ ¾ø´Â °Í, ¹Ý´ë·Î Á¾·á ÄÚµ·Àº ÀÖÀ¸³ª ½ÃÀÛ ÄÚµ·ÀÌ ¾ø´Â °Íµµ óÀ½À̳ª ¸¶Áö¸· ºÎºÐ¿¡ ½ÃÀÛ, Á¾·á ÄÚµ·ÀÌ ÀÖ´Â °ÍÀ¸·Î ÀÎÁ¤ÇÏ¿© ORF °Ë»ö°á°ú¿¡ Æ÷ÇÔ½ÃŲ´Ù´Â Á¡ÀÌ ´Ù¸¨´Ï´Ù.

"Length of annealing sequence determined by" ¿É¼ÇÀº ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ PCRÀ» Çϱâ À§Çؼ­ ½ÃÄö½º¿¡ ¾ÈÁ¤ÀûÀ¸·Î ºÙÀ»(Annealing) ¼ö ÀÖ´Â Á¶°ÇÀ» ¼³Á¤ÇÏ´Â ºÎºÐÀÔ´Ï´Ù.

"Tm value"·Î ¼³Á¤ÇÏ°Ô µÇ¸é a,t,g,cÀÇ °áÇÕ(Annealing) ´É·Â[4]¿¡ µû¶ó ½ÃÄö½º¿¡ ºÙ´Â ÇÁ¶óÀ̸ÓÀÇ ±æÀ̸¦ °áÁ¤Áþ°Ô µÇ°í, bp·Î ¼³Á¤ÇÏ¸é °áÇÕ´É·ÂÀº ¹«½ÃÇÏ°í ½ÃÄö½º¿¡ ºÙ´Â ÇÁ¶óÀ̸ÓÀÇ ±æÀ̸¦ Á¤ÇÏ°Ô µË´Ï´Ù. ÀϹÝÀûÀ¸·Î 18bpÀÌ»óÀÇ °ªÀ» ³ÖÀ» °ÍÀ» ÃßõÇÕ´Ï´Ù.

"Analysis options"ÀÇ "Check non-specific annealing Tm value" °ªÀº ¸¸µé¾îÁø ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ ÀÔ·ÂµÈ ½ÃÄö½º¿Í Á¤»óÀûÀ¸·Î °áÇÕÇÏ´ÂÁö °Ë»çÇϱâ À§ÇÏ¿©, ¸¸µé¾îÁø ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ½ÃÄö½º¸¦ ´Ù½Ã PCR Analysis·Î ºÐ¼®ÇÏ°Ô µË´Ï´Ù. ÀÌ ¶§ ¸¸µé¾îÁø ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ½ÃÄö½º°¡ ¿øÇÏ´Â ºÎºÐ ÀÌ¿ÜÀÇ ´Ù¸¥ ºÎºÐ¿¡¼­ °áÇÕÀÌ ÀϾ´ÂÁö °Ë»çÇÏ¿©, Ȥ½Ã¶óµµ ÀϾÁö ¸ð¸£´Â ½ÇÇè»ó ¿À·ù¸¦ °Ë»çÇÕ´Ï´Ù. ÀÌ ¶§ °Ë»çÇÒ °áÇÕ Á¡¼ö¸¦ ÁÖ¾îÁÝ´Ï´Ù. "Check restriction enzymes" ¿É¼ÇÀº ¸¸µé¾îÁø ÇÁ¶óÀ̸ӷΠPCRÀ» ½ÇÇàÇØ ¸¸µé¾îÁú PCR Product¸¦ ÁÖ¾îÁø Á¦ÇÑÈ¿¼Ò·Î Á¦ÇÑÈ¿¼ÒºÐ¼®À» ¼öÇàÇØ Á¦ÇÑ È¿¼Ò¿¡ ÀÇÇØ Á¦´ë·Î Ŭ·Î´×ÀÌ ¾È µÇ´Â ¿À·ù¸¦ ¹æÁöÇϱâ À§ÇÑ °æ°í ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù. »ç¿ë °¡´ÉÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò´Â EnCyclon¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®¸¦ Âü°íÇϽʽÿÀ.

"Map Display Options"¿¡´Â °á°ú Ãâ·Â¿¡ °üÇÑ ¿É¼ÇµéÀÌ ÀÖ½À´Ï´Ù. "Single or Double strand DNA display"´Â Map Ãâ·ÂÇÒ ¶§ ÀÔ·ÂµÈ DNA ½ÃÄö½º¸¦ Strand¸¦ Single·Î Ç¥ÇöÇÒ °ÍÀÎÁö Double Strand·Î Ç¥ÇöÇÒ °ÍÀÎÁö ¼³Á¤ÇÏ´Â ¿É¼ÇÀ̰í, Display sequence width ¿É¼ÇÀ¸·Î MapÀÇ Ãâ·Â ÆøÀ» Á¶Á¤ÇÕ´Ï´Ù. Display Translation ¿É¼ÇÀº ÁõÆø½Ã۰íÀÚ ÇÏ´Â ºÎºÐÀÇ Amino Sequence¸¦ ÇÔ²² Ãâ·ÂÇϵµ·Ï ÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù.


3.2. PCRCycler

Polymerase Chain Reaction(PCR[1]) products¸¦ ¸¸µì´Ï´Ù.

PCR½Ã۰íÀÚ ÇÏ´Â ¿øº»(Template) ½ÃÄö½º¸¦ sequenceâ¿¡ ÀÔ·ÂÇÕ´Ï´Ù. ÀÔ·Â ¹æ¹ýÀº ½ÃÄö½º¸¦ º¹»çÇØ¼­ ºÙ¿©µµ µÇ°í Load Sequence ¹öưÀ» ´­·¯ ³ª¿À´Â Sequence LoaderâÀ» ÀÌ¿ëÇØµµ µË´Ï´Ù.

´ÙÀ½À¸·Î ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¦ ÀÔ·ÂÇÕ´Ï´Ù. PCRÇÒ ¶§ º¸Åë ÇÁ¶óÀ̸Ӵ 2°³°¡ µé¾î°©´Ï´Ù. ¸¸ÀÏ 1°³ÀÇ ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¸À¸·Î PCR ½ÃŰ·Á°í ÇÑ´Ù¸é ¹Ýµå½Ã "Primer A"¿¡ ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¦ ÀÔ·ÂÇϵµ·Ï ÇÕ´Ï´Ù.

½ÃÄö½º¿Í ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¦ ÀÔ·ÂÇÑ ÈÄ¿¡´Â Annealing Tm value¿É¼Ç °ªÀ» Á¶Á¤ÇÕ´Ï´Ù. ±âº»°ªÀº 36ÀÔ´Ï´Ù. 36À̸é ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ ½ÃÄö½º¿¡ 12-15°³ÀÇ ´ºÅ¬·¹¿ÀŸÀ̵尡 ºÙ¾î¾ß¸¸ PCRÀÌ µË´Ï´Ù. Á¶°Ç¿¡ ¸Â°Ô Àû´çÈ÷ Á¶Á¤ÇÏ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

¸¶Áö¸·¿¡ ÀÖ´Â "Terminal A addition for T-vector cloning" ¿É¼ÇÀº PCR product ¾ÕÂʰú µÚÂÊ 5'¿¡ A¸¦ Çϳª ´õ ºÙ¿©¼­ Product¸¦ »ý¼ºÇÕ´Ï´Ù.


3.3. DNACutter

½ÃÄö½º¸¦ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò·Î Àß¶ó »ý¼ºµÇ´Â DNA Á¶°¢(Fragment)À» Å©±â¼øÀ¸·Î º¸¿©ÁÝ´Ï´Ù.

½ÃÄö½º¸¦ ÀÚ¸£±â À§Çؼ­ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÚ¸¦ ¶§ »ç¿ëÇÒ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ÀÔ·ÂÇÕ´Ï´Ù. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¿©·¯ °³ ÀÔ·ÂÇÏ·Á¸é Á¦ÇÑÈ¿¼Ò À̸§À» °ø¹é°ú ","(½°Ç¥)·Î ±¸ºÐ Áö¾î ÀÔ·ÂÇÏ¸é µË´Ï´Ù. ±×¸®°í ½ÃÄö½º â¿¡ ´ë»ó ½ÃÄö½º¸¦ ÀÔ·ÂÇÕ´Ï´Ù. ÀÔ·Â °¡´ÉÇÑ ½ÃÄö½º´Â EnCyclon¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®¸¦ Âü°íÇϽʽÿÀ.

½ÃÄö½º°¡ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¿¡ ÀÇÇØ¼­ Àß·ÁÁö¸é DNACutter´Â °¢ DNA Á¶°¢ÀÇ ³¡À» Ç¥ÇöÇϱâ À§Çؼ­ »ý¼ºµÇ´Â ½ÃÄö½º¸¦ NGSF Çü½ÄÀ¸·Î ¸¸µé°í ENDS Çʵ带 Ãß°¡ÇÕ´Ï´Ù. ÀÌ ENDS Çʵå´Â ´ÙÀ½¿¡ ³ª¿À´Â A-Ligator¿¡ »ç¿ëµË´Ï´Ù. ENDS¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ ¼³¸íÀº NGSF(Neurogenex Sequence Format)¸¦ Âü°íÇϽʽÿÀ.


3.4. A-Ligator

µÎ °³ÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ ¶óÀ̰ÔÀ̼Ç(ligation)[5] ¹ÝÀÀ½Ãŵ´Ï´Ù.

½ÃÄö½ºÀÇ ³¡(cohesive end)À» °Ë»çÇÏ¿© °áÇÕ °¡´ÉÇÏ¸é ¶óÀ̰ÔÀÌ¼Ç ¹ÝÀÀ½Ãŵ´Ï´Ù. ½ÃÄö½º¸¦ ÇÑ °³¸¸ ÀÔ·ÂÇÒ °æ¿ì´Â self ¶óÀ̰ÔÀÌ¼Ç ½Ãŵ´Ï´Ù.

½ÃÄö½ºÀÇ ³¡À» ÀνÄÇÒ ¶§ GENBANK´Â NGSFÇü½ÄÀÇ ENDS¸¦ ±âÁØÀ¸·Î Çϸç NGSF ½ÃÄö½º°¡ ¾Æ´Ñ ½ÃÄö½º´Â ½ÃÄö½º ³¡À» blunt·Î ÀνÄÇÏ¿© ó¸®ÇÕ´Ï´Ù.

A-Ligator´Â Linear ½ÃÄö½º¸¸ Çã¿ëµË´Ï´Ù.

NGSFÇü½ÄÀÇ ½ÃÄö½º¸¸ ½ÃÄö½ºÀÇ ³¡À» ÀνÄÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ´Ù¸¥ Çü½ÄÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ »ç¿ëÇÏ½Ã¸é ½ÃÄö½ºÀÇ ³¡ÀÌ blunt·Î ÀÎ½ÄµÇ¾î ¿øÇϽô °á°ú¸¦ ¾òÁö ¸øÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¸¸ÀÏ ´Ù¸¥ ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ» NGSFÇü½ÄÀ¸·Î º¯È¯ÇϽ÷Á¸é SeqEditor¸¦ ÀÌ¿ëÇϽʽÿÀ.


3.5. Cut&Ligation

½ÃÄö½º¸¦ ÁÖ¾îÁø Á¦ÇÑÈ¿¼Ò·Î Àß¶ó »ý±â´Â FragmentµéÀ» ±æÀ̸¦ ±âÁØÀ¸·Î Çϳª¸¦ ¼±ÅÃÇÏ¿© ¶óÀ̰ÔÀ̼ÇÀ» ÇÕ´Ï´Ù.

Fragment ¼±Åà ±âÁØÀº ½ÃÄö½º Select Approx size¿¡ ÀÔ·ÂµÈ size¿¡ °¡Àå ±Ù»çÇÑ ±æÀÌÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ ¼±ÅÃÇÕ´Ï´Ù.

º¤ÅͽÃÄö½º¸¸ ÀÔ·ÂÇϰí Àμ­Æ®½ÃÄö½º¸¦ ÀÔ·ÂÇÏÁö ¾ÊÀ¸¸é º¤ÅͽÃÄö½º¸¦ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò·Î ÀÚ¸¥ ÈÄ ¼±ÅÃÇÑ Fragment¸¦ self ¶óÀ̰ÔÀÌ¼Ç ÇÕ´Ï´Ù.

Cut&LigationÀÇ »ç¿ë¹ýÀº DNACutter¿Í A-Ligator¸¦ ÇÕÃijõÀº °Í°ú À¯»çÇÕ´Ï´Ù. ½ÃÄö½º¿Í Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ 2½Ö ÀÔ·ÂÇÒ ¼ö ÀÖ°Ô µðÀÚÀÎ µÇ¾î ÀÖÀ¸¸ç, Approx size ¿É¼ÇÀÌ Ãß°¡µÈ °Í »ÓÀÔ´Ï´Ù.


3.6. Homologus Recombination

Homologous RecombinationÀº ½ÃÄö½ºÀÇ Æ¯Á¤ÇÑ ºÎÀ§¿¡¼­ ½ÃÄö½ºµé »çÀÌ¿¡ ÀçÁ¶ÇÕÀÌ ÀϾ´Â °ÍÀ» ¸»ÇÕ´Ï´Ù.

HRecombination ÇÁ·Î±×·¥Àº Homologous RecombinationÀ» ½Ã۰íÀÚ ÇÏ´Â Vector Doner ½ÃÄö½º¿Í Inser Doner¸¦ ÀÔ·ÂÇÏ°í ¾Æ·¡ÀÇ ÆÐÅÏ ÀÔ·Ââ¿¡ ¹ÝÀÀÀÌ ÀϾ´Â ºÎºÐÀÇ ½ÃÄö½º ÆÐÅÏÀ» ÀÔ·ÂÇØÁÖ¸é µÎ ½ÃÄö½º »çÀÌ¿¡¼­ Homologous RecombinationÀÌ ÀϾ ÈÄÀÇ Vector Doner½ÃÄö½º¸¦ Ãâ·ÂÇÏ¿©ÁÝ´Ï´Ù.

½ÇÇèÇÏ´Â µÎ ½ÃÄö½º »çÀÌ¿¡ ¹ÝÀÀÀÌ °¡´ÉÇÑÁö ¿¹»óÇϰųª ½ÇÇèÈÄ¿¡ °á°ú Á¤¸®¸¦ ÇϽǶ§ À¯¿ëÇÕ´Ï´Ù.

Á¶°ÇÀÇ Á¦¾à

  1. ÆÐÅÏÀº ²À 2°³¸¦ ÀÔ·Â ÇÏ¿©¾ß ÇÕ´Ï´Ù.

  2. ÇѰ³ÀÇ ½ÃÄö½º¿¡¼­ 2°³ÀÇ ÆÐÅÏÀÌ ¸ðµÎ ¹ß°ßµÇ¾î¾ß ÇÕ´Ï´Ù.

  3. ÆÐÅÏÀÌ ³ª¿À´Â ¼ø¼­¿Í ¹æÇâÀÌ °¢ ½ÃÄö½º³¢¸® °°¾Æ¾ß ÇÕ´Ï´Ù.


3.7. Blunt-It

ÀÔ·ÂµÈ ½ÃÄö½º¸¦ Klenow Fragment ¹ÝÀÀ ¶Ç´Â T4 DNA Polymerase ¹ÝÀÀÀ» ÇÑ´Ù.

NGSF°¡ ¾Æ´Ñ Çü½ÄÀÇ ½ÃÄö½º Æ÷¸äÀ» ÀÔ·ÂÇϸé ENDS¸¦ Blunt·Î ÀνÄÇÕ´Ï´Ù. Circular SequenceÀÇ °æ¿ì ¹ÝÀÀÇÏÁö ¾Ê°í ¿øº» ½ÃÄö½º¸¦ ¸®ÅÏÇÕ´Ï´Ù.

cohesive endÀÇ ÀÎ½Ä : NGSF(Neurogenex Sequence Format) ENDS ÂüÁ¶

  • T4 DNA Polymerase : 5'ÀÌ overhangµÈ end´Â ä¿ö¼­ Blunt end¸¦ ¸¸µé°í, 3'ÀÌ overhangµÈ end´Â overhangºÎºÐÀ» Àß·¡³»¼­ Blunt end¸¦ ¸¸µç´Ù.

  • Klenow Fragment : 5'ÀÌ overhangµÈ end¸¦ ä¿ö¼­ Blunt end¸¦ ¸¸µç´Ù.


3.8. SeqEditor

½ÃÄö½º¸¦ ÆíÁýÇÏ°í ÆíÁýÇÑ ½ÃÄö½º¸¦ »ç¿ëÀÚÀÇ ÄÄÇ»ÅÍ¿¡ ÀúÀåÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

SeqEditor·Î ÆíÁýÇÏ´Â ½ÃÄö½º´Â NGSF Çü½Ä¿¡ ¸Â°Ô ¸¸µé¾îÁý´Ï´Ù. SeqEditorÀº NGSF»Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó Genbank, EMBL,Fasta Çü½Ä°ú plain sequence¸¦ ÀÔ·ÂÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ½ÃÄö½ºÀÇ ³»¿ëÀº NGSFÀÇ Çü½Ä¿¡ ¸Â°Ô ÀÛ¼ºµÇ¾î¾ß ÇÕ´Ï´Ù. NGSF ÀÇ Çü½Ä¿¡ ´ëÇØ¼­ Àß ¸ð¸£½Ã¸é "Advanced" ¸ðµå¸¦ ¼±ÅÃÇÏ¿© ½ÃÄö½º Æ÷¸ä¿¡ ¸Â°Ô ÆíÁýÇÒ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Advance ¸ðµå´Â Advance ¹öưÀ» ´­·¯ ÀüȯÇÕ´Ï´Ù. Advance ¸ðµå´Â NGSF(Neurogenex Sequence Format)ÀÇ °¢ Ç׸ñº°·Î NGSF Çü½Ä¿¡ ¸ÂÃß¾î ÀÔ·ÂÇϰųª ¼öÁ¤ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. Feature Ç׸ñÀÇ ÆíÁýÀº Edit Features ¹öưÀ» Ŭ¸¯Çϸé Á»´õ ÀÚ¼¼È÷ Ç׸ñº°·Î ÀÔ·ÂÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.


4Àå. SeqSenser: ´Ù¾çÇÑ ½ÃÄö½º ºÐ¼®

SeqSenser´Â ½ÃÄö½º¸¦ ¿©·¯ °¡Áö ¹æ¹ýÀ¸·Î ºÐ¼®ÇÏ¿© ½ÇÇè¿¡ À¯¿ëÇÑ Á¤º¸¸¦ º¸¿©ÁÝ´Ï´Ù.


4.1. RestrictionAnalyzer

RestrictionAnalyzer´Â ½ÃÄö½º¿¡¼­ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò[6]ÀÇ ÀÎ½Ä ½ÃÄö½º¸¦ ã´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù.

¼±ÅÃÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼ÒµéÀÌ ½ÃÄö½ºÀÇ ¾î´À °÷À» ÀÚ¸£´ÂÁö ÅØ½ºÆ® ¸ÊÀ̳ª Å×À̺í·Î º¼ ¼ö ÀÖÀ¸¸ç Translation¿É¼ÇÀ» ÅëÇØ ¸Ê¿¡¼­ DNA ½ÃÄö½º¿Í amino acid ½ÃÄö½º¸¦ ÇÔ²² º¸´Â °ÍÀÌ °¡´ÉÇÏ¿© ºÐ¼®À» ´õ ½±°Ô ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

RestrictionAnalyzer¿¡¼­ »ç¿ëÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼ÒµéÀº EnCyclon¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®¿¡¼­ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖÀ¸¸ç, ºÐ¼®¿¡ »ç¿ëÇϰíÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¼±ÅÃÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ÀÎ½Ä ½ÃÄö½ºÀÇ ±æÀÌ¿¡ ÀÇÇØ¼­ Àϰý¼±ÅÃ("Enzyme Set")Çϰųª Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ÀԷ â¿¡ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò À̸§À» Á÷Á¢ ³Ö´Â ¹æ¹ýÀ» »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¿©·¯ °³ÀÇ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ÀÔ·ÂÇÒ ¶§´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ °ø¹éÀ̳ª ","·Î ±¸ºÐÇÏ¿© ÀûÀ¸¸é µË´Ï´Ù.

"Max cut limited" ¿É¼ÇÀº Á¦ÇÑÈ¿¼Ò Cutting ȸ¼ö¸¦ Á¦ÇÑÇÏ¿© Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ º¸°íÀÚ ÇÒ ¶§ »ç¿ëÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù. "Unlimited"´Â cutting site°¡ Çϳª¶óµµ ¹ß°ßµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¸ðµÎ º¸°Ú´Ù´Â °ÍÀ̸ç, "__ Sites"´Â ÁöÁ¤ÇÑ °³¼ö ÀÌÇÏÀÇ cutting site°¡ ¹ß°ßµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¸ º¸°íÀÚ ÇÒ ¶§ »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù.

RestrictionAnalyzer °á°ú´Â Table, Enzyme list, MapÀ¸·Î Ç¥ÇöµË´Ï´Ù. °¢°¢ Ãâ·Â ¿É¼ÇÀº ´ÙÀ½°ú °°½À´Ï´Ù.

Table Ãâ·ÂÀº ¹ß°ßµÈ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò cutting À§Ä¡°¡ ¹ß°ßµÈ Ƚ¼ö¿Í cutting À§Ä¡¸¦ Ãâ·ÂÇÕ´Ï´Ù. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò À̸§¼ø(¾ËÆÄºª ¼ø), cutting Ƚ¼ö, cutting À§Ä¡¿¡ µû¶ó Á¤·Ä °¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.

Enzymes list Ãâ·ÂÀº ½ÃÄö½º¿¡ Àû¿ëÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Cutting ȸ¼ö¿¡ µû¶ó ºÐ·ùÇÏ¿© Ãâ·ÂÇÑ °ÍÀÔ´Ï´Ù. "No Cut"Àº Çѹøµµ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÚ¸£Áö ¸øÇÏ´Â Á¦ÇÑ È¿¼Ò¸¦ ÀǹÌÇϸç, "Cut Included"Àº Çѹø ÀÌ»ó "Max Cut"ÀÌÇÏÀÇ Cutting Ƚ¼ö¸¦ °¡Áö´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò, "Over Cut"Àº "Max Cut" ÀÌ»óÀÇ Cutting Ƚ¼ö¸¦ °¡Áö´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ÀǹÌÇÕ´Ï´Ù.

Map Ãâ·Â ¿É¼ÇÀº "Single Strand"¿É¼ÇÀÌ ¼±ÅõǸé ÀÔ·Â ½ÃÄö½ºÀÇ »óÀ§ ½ºÆ®·£µå(Upper strand)¸¸ º¸¿©ÁÖ¸ç, "Double Strand"¿É¼ÇÀÌ ¼±ÅõǸé Complementary ½ºÆ®·£µåµµ Ãâ·ÂÇÕ´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ ÇÑ ÁÙ¿¡ Ãâ·ÂÇÒ DNA ½ÃÄö½º ±æÀ̸¦ Á¶Á¤ÇÏ´Â ¿É¼Ç, °¡Àå ±ä ORF ±¸°£À̳ª ÀÓÀÇ·Î ¼³Á¤µÈ ±¸°£ÀÇ TranslationµÈ Amino acid ½ÃÄö½º Ãâ·Â¿©ºÎ¸¦ ¼±ÅÃÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÌ ÀÖ½À´Ï´Ù.


4.2. PCRAnalyzer

PCRAnalyzer´Â ½ÃÄö½º¿Í PrimerÀÇ PCR[7] ¹ÝÀÀÀ» ¹Ì¸® ¿¹ÃøÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù.

Primer°¡ ºÙ´Â À§Ä¡¸¦ Text MapÀ¸·Î º¸¿©ÁÖ´Â °Í»Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó Primer¿Í ½ÃÄö½º°¡ ¹ÝÀÀ ÈÄ »ý±â´Â PCR Product±îÁö º¸¿©ÁÝ´Ï´Ù.

A addition for T-vector cloning[8]¿É¼ÇÀ» ¼±ÅÃÇÏ¸é ½ÃÀÛÀÇ 5'°ú ½ÃÄö½º ³¡¿¡ 3'¿¡ 'A'¸¦ ºÙ¿©ÁÝ´Ï´Ù.

Translation ¿É¼ÇÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© amino Sequence¿Í ÇÔ²² ºÐ¼®ÀÌ °¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.


4.3. Translator

Translator´Â DNA ½ÃÄö½º¸¦ Amino acid ½ÃÄö½º·Î ¹Ù²ß´Ï´Ù.

13Á¾·ùÀÇ Codon Table[9]À» ¼±Åð¡´ÉÇϸç, TranslationÇÏ´Â ¿µ¿ªÀ» ¼öµ¿À¸·Î ÀÔ·ÂÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ¹°·Ð Feature³ª ORF¸¦ ÀÚµ¿À¸·Î °Ë»öÇÏ¿© ±× ºÎºÐ¸¸ TranslationÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ±âº»°ªÀ¸·Î ¼³Á¤µÈ Default (1.CDS in FEATURE Field 2.Longest ORF) ¿É¼ÇÀº ½ÃÄö½º FEATURE¿¡ CDS°¡ ÀÖÀ¸¸é CDSºÎºÐÀ» TranslationÇϰí CDS°¡ ¾ø´Ù¸é ORF SearchÇÏ¿© ±× °á°ú Áß °¡Àå ±ä °ÍÀ» TranslationÇÕ´Ï´Ù.

Translation ÇÒ ½ÃÄö½º¸¦ sequenceâ¿¡ ÀÔ·Â ÈÄ Codon TableÀ» ¼±ÅÃÇÏ¿© TranslationÇÒ ¿µ¿ªÀ» ¼³Á¤Çϱâ À§Çؼ­ "Direction"¿É¼Ç°ú "Mode of translation"¿É¼ÇÀ» Á¶Á¤ÇÕ´Ï´Ù. Direction ¿É¼ÇÀº Mode of translation¿É¼ÇÀ¸·Î ¿µ¿ª ¼±ÅÃÇÒ ¶§ÀÇ ±âÁØÀÌ µË´Ï´Ù.


4.4. ORFinder

ORFinder´Â DNA ½ÃÄö½º¿¡¼­ Open Reading Frame(ORF[10])À» ã½À´Ï´Ù.

"Search ORF w/o start or stop codon" ¿É¼ÇÀÌ ¼±Åà µÈ °æ¿ì¿¡´Â start codonÀ̳ª stop codonÀÌ ¾ø´Â °æ¿ìµµ ½ÃÄö½ºÀÇ ½ÃÀÛ°ú ³¡ºÎºÐ¿¡ start/end ÄÚµ·ÀÌ ÀÖ´Ù°í ¿¹»óÇϰí ORF Search¸¦ ÇÕ´Ï´Ù. ÀÌ ±â´ÉÀÇ ¸ñÀûÀº ÀÔ·ÂµÈ ½ÃÄö½º°¡ ¾î´À ±ä DNAÀÇ ÇÑ ºÎºÐÀÌ°í ±× ¾ÕÂÊÀ̳ª µÚÂÊ¿¡ start codonÀ̳ª stop codonÀÌ ºüÁø °æ¿ì¶óµµ ORF°á°ú·Î ¾ò±â À§ÇÑ °ÍÀÔ´Ï´Ù. Circular½ÃÄö½ºÀÇ °æ¿ì¿¡´Â ÀÌ ¿É¼ÇÀº ÀÚµ¿À¸·Î ¹«½ÃµË´Ï´Ù.


4.5. Reverse

ÀÔ·ÂµÈ ½ÃÄö½ºÀÇ Inverted Sequence¸¦ NGSF ½ÃÄö½º·Î Ãâ·ÂÇÕ´Ï´Ù.


4.6. Complement

ÀÔ·ÂµÈ ½ÃÄö½ºÀÇ Complement Sequence¸¦ Fasta ½ÃÄö½º·Î Ãâ·ÂÇÕ´Ï´Ù.

cf) Reverse


4.7. PatternFinder

DNA ½ÃÄö½º¿¡¼­ ƯÁ¤ÇÑ ÆÐÅÏÀ» ã½À´Ï´Ù.

Pattern Àº ¿©·¯ °³¸¦ ÀÔ·ÂÇÏ´Â °ÍÀÌ °¡´ÉÇϸç, ÀÌ ¶§ °ø¹é ¶Ç´Â ","·Î ÆÐÅϵéÀ» ±¸ºÐÇÕ´Ï´Ù. IUPAC[11]À» °¡Áø ÆÐÅϵµ °Ë»ö °¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.


4.8. BL2seqN

BLAST ±â¹ÝÀ¸·Î µÎ°³ÀÇ ¿°±â¼­¿­À» align ÇØÁÖ´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù.

Reward for a match, Penalty for a mismatch : match¿Í mismatch¿¡ ´ëÇÑ Á¡¼öÀÔ´Ï´Ù. Áï ¿°±â ¼­¿­ÀÇ ºñ±³½Ã µÎ ¿°±â°¡ ÀÏÄ¡ÇÏ¸é ±âº»°ªÀ¸·Î 1ÀÇ °¡»êÁ¡À» ÁÖ°í Æ²¸®¸é -3Á¡À» °¨ÇÑ´Ù´Â °ÍÀÌ ±âº»°ªÀÔ´Ï´Ù.

Open gap penalty, Extension gap penalty : open gap°ú extension gap penalty´Â µÎ ¼­¿­ÀÇ alignment¸¦ ¼öÇàÇÒ ¶§ »ý±â´Â gap¿¡ °üÇÑ °ÍÀÔ´Ï´Ù. ÁøÈ­ÀûÀ¸·Î ¿¬¼ÓÀûÀÎ gapÀÌ »ý±æ ¶§ ù ¹øÂ° gapÀº »ý±â±â ¾î·Á¿ì³ª ´ÙÀ½ÀÇ ¿¬¼ÓÀûÀÎ gapµéÀº »ó´ëÀûÀ¸·Î »ý±â±â ½±´Ù°í ÇÕ´Ï´Ù. ±×·¡¼­ óÀ½ »ý±â´Â gap¿¡´Â »ó´ëÀûÀ¸·Î Å« °ªÀÎ 5ÀÇ penalty¸¦ ÁÖ°í ´ÙÀ½ÀÇ ¿¬¼ÓÀûÀÎ gap¿¡´Â 2ÀÇ °ªÀ» ÁÖ´Â °ÍÀÌ ±âº»°ªÀ¸·Î Á¤ÇØÁ® ÀÖ½À´Ï´Ù.

Expect value : BLAST¿¡¼­ °á°úÀÇ Åë°èÀû Àǹ̸¦ ³ªÅ¸³»´Â °ª. Expect °ªÀÌ ÀÛÀ¸¸é ÀÛÀ»¼ö·Ï °á°ú¿¡¼­³ª¿Â ¼­¿­ÀÌ ÀÔ·ÂÇÑ ¼­¿­°ú ´õ À¯»çÇÔÀ» ³ªÅ¸³½´Ù. ±âº»°ªÀº 10À¸·Î Á¤ÇØÁ® Àִµ¥, À̰ÍÀº expect °ªÀÌ 10º¸´Ù Å« ¼­¿­Àº °á°ú·Î Ãâ·ÂÇÏÁö ¾Ê´Â´Ù´Â °ÍÀ» ÀǹÌÇÑ´Ù. ½ÇÁ¦ °á°úÀÇ Ãâ·ÂÀº high-scoring segment pairs(HSPs)ÀÇ ¼ø¼­´ë·Î Ãâ·ÂµÇÁö¸¸ HSP °ª¿¡´Â ¼­¿­ÀDZæÀÌ¿¡ ´ëÇÑ º¸Á¤ÀÌ µÇ¾îÀÖÁö ¾ÊÀ¸¹Ç·Î Åë°èÇÐÀûÀ¸·Î Àǹ̸¦ °¡Áø °ªÀº expect valueÀÌ´Ù.

Filter : BLAST´Â gapÀ» Çã¿ëÇÏÁö ¾Ê´Â ¹üÀ§¿¡¼­ ÀÛÀº ºÎºÐ °Ë»öÀ» ¼öÇàÇϹǷΠrepeat sequence³ª proline-rich sequence°°ÀÌ »ý¹°ÇÐÀûÀ¸·Î Àǹ̴ ¾øÀ¸³ª ºÎºÐ¿¡¼­ ³ôÀº À¯»ç¼ºÀ» °¡Áö°í ÀÖ´Â ¼­¿­µéÀ» Á¦°ÅÇÏÁö ¸øÇÕ´Ï´Ù. ±×·¡¼­ Filter ¿É¼Ç¿¡ ÀÇÇØ Åë°èÀûÀ¸·Î´Â Áß¿äÇÑ °ªÀ» °¡ÁöÁö¸¸ »ý¹°ÇÐÀûÀ¸·Î´Â Àǹ̰¡ ¾ø´Â ¼­¿­µéÀ» Á¦°ÅÇÕ´Ï´Ù.


4.9. Feature Extractor

ÁÖ¾îÁø ½ÃÄö½º¿¡¼­ Feature¿¡ ÇØ´çÇÏ´Â ½ÃÄö½º¸¦ ÃßÃâÇÕ´Ï´Ù.

½ÃÄö½º¿¡ Æ÷ÇÔµÈ ¿©·Á°¡Áö Feature¸¦ ÃßÃâÇÏ¿© Feature ¿ÏÀüÈ÷ Æ÷ÇÔÇÏ´Â ½ÃÄö½º¸¦ Ãâ·ÂÇÕ´Ï´Ù. Ãâ·ÂµÇ´Â Feature´Â FASTAÇü½ÄÀ¸·Î Ãâ·ÂÇÕ´Ï´Ù.

CDS, Promoter, Other üũ¹Ú½º¸¦ ¼±ÅÃÇÏ¿© ¿øÇÏ´Â Feature Á¾·ù¸¸ ¼±ÅÃÇÒ ¼ö ÀÖÀ¸¸ç, Sort by size ¿É¼ÇÀº Feature Å©±â¼øÀ¸·Î Á¤·ÄÇÏ¿© Ãâ·ÂÇÕ´Ï´Ù.


4.10. SeqLoader

¿ÜºÎ Database(GENBANK, EMBL) ¶Ç´Â »ç¿ëÀÚ ÄÄÇ»ÅÍÀÇ ½ÃÄö½º ÆÄÀÏÀ» ºÒ·¯¿É´Ï´Ù.

GenBank Accession, GenBank GI, ENBL ID, EMBL Accession À¸·Î ¿ÜºÎ µ¥ÀÌÅͺ£À̽º ½ÃÄö½º¸¦ °¡Á®¿À°Å³ª »ç¿ëÀÚ ÄÄÇ»ÅÍÀÇ ÆÄÀÏÀ» °¡Á®¿Ã ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ºÒ·¯¿Â ½ÃÄö½º´Â ¿øº» ±×´ë·Î, NGSF ¶Ç´Â Fasta Çü½ÄÀ¸·Î º¯È¯ÇÏ¿© º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

ºÒ·¯¿Â ½ÃÄö½º´Â ÀÚµ¿À¸·Î WorkBench¿¡ Ãß°¡µÇ¾î ´Ù¸¥ ÇÁ·Î±×·¥¿¡¼­ ½±°Ô »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.


4.11. PlasmidMap

»ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½ºÀÇ Graphical MapÀ» º¸¿©ÁÝ´Ï´Ù.

Map¿¡ Ç¥½ÃµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò´Â ¿É¼ÇÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ¼±ÅÃÀûÀ¸·Î Ç¥½Ã ÇÒ ¼ö ÀÖ°í ORF Search¸¦ ÅëÇÏ¿© °Ë»öµÈ ORF¸¦ Ç¥½ÃÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ »ç¿ëÀÚ°¡ ¿øÇÏ´Â ¿µ¿ªÀ» Feature¿¡ Ãß°¡ÇÏ¿© Map¿¡ Ãß°¡ÇÒ¼ö ÀÖ°í, Map¿¡ Ç¥½ÃµÈ FeatureÁß ºÒÇÊ¿äÇÑ Feature¸¦ »èÁ¦ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Analysis OptionsÀ» ¼±ÅÃÇϸé Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ç¥½ÃÇϸç, ±âº»À¸·Î »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò´Â EnCyclon¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®¿¡¼­ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Display Enzyme with positionÀ» ¼±ÅÃÇϸé Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ç¥½ÃÇÒ¶§ À̸§°ú À§Ä¡¸¦ ÇÔ²² Ç¥½ÃÇØ ÁÝ´Ï´Ù. ³ª¸ÓÁö Analysis OptionsÀº RestrictionAnalyzer°ú µ¿ÀÏÇÕ´Ï´Ù.

Show Feature¸¦ ¼±ÅÃÇÏ¸é ½ÃÄö½ºÀÇ feature¸¦ º¸¿©Áִµ¥ NGSF, Genbank Çü½ÄÀÏ °æ¿ì ÇØ´ç Æ÷¸äÀÇ feature¸¦ Ç¥½ÃÇϰí, ±× ¿ÜÀÇ Çü½ÄÀÏ °æ¿ì ORF search¸¦ ÅëÇÏ¿© °Ë»öµÈ ORF¸¦ Ç¥½ÃÇÕ´Ï´Ù.

Plasmid MapÀÇ °á°ú´Â ÀÔ·ÂµÈ ½ÃÄö½ºÀÇ À̹ÌÁö ¸Ê°ú, ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÈ feature¸¦ Å×À̺í Çü½ÄÀ¸·Î º¸¿©ÁÝ´Ï´Ù.

À̹ÌÁö ¸ÊÀº ±âº»ÀûÀ¸·Î ½ÃÄö½º¿Í ±× ±æÀ̰¡ Ç¥½ÃµÇ´Âµ¥ ¿É¼Ç¿¡ ÀÇÇØ feature¿Í enzyme site°¡ Ç¥½ÃµË´Ï´Ù. ½ÃÄö½º¸¦ ±âÁØÀ¸·Î linearÀ϶§ feature´Â ½ÃÄö½º ¾Æ·¡ÂÊ¿¡, enzyme site´Â ½ÃÄö½º À§ÂÊ¿¡ Ç¥½ÃÇϰí, circularÀ϶§ feature´Â ½ÃÄö½º ¾ÈÂÊ¿¡ enzymeÀº ½ÃÄö½º ¹Ù±ùÂÊ¿¡ Ç¥½ÃÇÕ´Ï´Ù.

feature´Â NGSF ±âÁØÀ¸·Î CDS, Promoter, Other°¡ Ç¥½ÃµË´Ï´Ù. CDS´Â ȸ»ö, Promoter´Â Èò»ö, Other´Â ¿À·£Áö»öÀ¸·Î Ç¥½ÃÇϰí Other¸¦ Á¦¿ÜÇÑ ³ª¸ÓÁö´Â ¹æÇ⼺À» Ç¥ÇöÇÕ´Ï´Ù.

Å×À̺í Çü½ÄÀ¸·Î º¸¿©Áø feature´Â °¢°¢ÀÇ feature¸¶´Ù üũ¹Ú½º¸¦ ¼±ÅÃÇϰí DEL ¹öưÀ» Ŭ¸¯Çؼ­ »èÁ¦ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ Edit ¹öưÀ» Ŭ¸¯ÇÏ¿© feature ³»¿ëÀ» ÆíÁýÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

À̹ÌÁö ¸Ê¿¡ »õ·Î¿î feature¸¦ Ãß°¡ÇÒ ¶§´Â Ãß°¡ÇÒ featureÀÇ Å¸ÀÔ, ¿µ¿ª, ¹æÇâ, À̸§À» ±â·ÏÇϰí Add Feature ¹öưÀ» Ŭ¸¯Çؼ­ Ãß°¡ÇÕ´Ï´Ù.


4.12. MultiBlast

Blast °á°ú¸¦ °ü¸®ÇÕ´Ï´Ù.

¿É¼Ç¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ »çÇ×Àº NCBI BLAST¸¦ ÂüÁ¶ÇϽʽÿÀ.


5Àå. EMBOSS

EMBOSS´Â EMBnet¿¡¼­ °³¹ßÇÑ À¯ÀüÀÚ ºÐ¼®¿ë °ø°³ ¼ÒÇÁÆ®¿þ¾îÀÔ´Ï´Ù.

EMBOSS ¸Å´º¾ó Âü°íÇϽʽÿÀ


6Àå. FAQ: Frequently Asked Questions

1. ÀϹÝÀûÀÎ Áú¹®
6.1.1. EnCyclonÀº ¹«¾ùÀԴϱî?
6.1.2. EnCyclonÀº À¯·áÀԴϱî?
6.1.3. ºÐ¼®ÇÑ ½ÃÄö½º°¡ ¼­¹ö¿¡ ÀúÀåµÇ°Å³ª À¯ÃâµÉ À§ÇèÀº ¾ø³ª¿ä? EnCyclonÀÇ º¸¾ÈÁ¤Ã¥¿¡ ´ëÇØ ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.1.4. ¹ö±×(Bug)°¡ ÀÖ´Â °Í °°½À´Ï´Ù. ¾îµð¿¡ ¿¬¶ôÇÏ¸é µË´Ï±î?
6.1.5. EnCyclonÀº »ó´çÈ÷ À¯¿ëÇÑ °Í °°½À´Ï´Ù. ȸ»ç ¼­¹ö¿¡ ¼³Ä¡ÇÏ°í ½ÍÀºµ¥ ÆÐŰÁö´Â ¾îµð¼­ ´Ù¿î ¹ÞÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?
6.1.6. ºÐ¼® ÈÄ Back ¹öưÀ» ´©¸£¸é ½ÃÄö½º°¡ »ç¶óÁý´Ï´Ù. ¾î¶»°Ô ÇÏ¸é µÉ±î¿ä?
6.1.7. ÇѱÛÀÌ º¸ÀÌÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.
6.1.8. ½ÃÄö½º ÀÔ·Â ¹Ú½ºÀÇ linear ¿Í circular¸¦ ¼±ÅÃÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̸¦ ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
2. ·Î±×ÀÎ °ü·Ã
6.2.1. ·Î±×ÀÎÀÌ µÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.
6.2.2. ºñ¹Ð¹øÈ£¸¦ Àؾî¹ö·ÈÀ» °æ¿ì´Â ¾î¶»°Ô ÇØ¾ßµÇ³ª¿ä?
3. PlasmidMap
6.3.1. µðÆúÆ®·Î ÁöÁ¤µÇ¾î ÀÖ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼ÒÀÇ ¸ñ·ÏÀ» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.3.2. Çѵΰ¡Áö Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¿¡ ´ëÇØ¼­¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÇµµ·Ï ÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
6.3.3. Unique cutting site¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
6.3.4. ¸ÊÀÌ ·ÎµùµÇ´Â ½Ã°£ÀÌ ¿À·¡ °É¸³´Ï´Ù.
6.3.5. ¸ÊÀÌ Ç¥½ÃµÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.
6.3.6. ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÇ´Â È­»ìÇ¥ÀÇ ¹æÇâ°ú »ö»óÀ» ¹Ù²Ü ¼ö ÀÖ³ª¿ä?
6.3.7. Plasmid Map ÇÁ·Î±×·¥¿¡¼­ Çѹø ÆíÁýµÈ ¸ÊÀ» ³ªÁß¿¡ ¶È°°ÀÌ ±×¸± ¼ö ÀÖ³ª¿ä?
6.3.8. Circular map À» linear mapÀ¸·Î ¹Ù²Ù°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.3.9. ±×·ÁÁø Çö󽺹̵åÀÇ À̸§À» ¹Ù²Ù·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
6.3.10. ÇÃ¶ó½º¹Ìµå ¸ÊÀÇ µðÆúÆ® ºÐ¼® ¿É¼Ç¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØ ÁÖ¼¼¿ä.
4. CyCloner
4.1. PrimerDesigner
6.4.1.1. Popular enzymes, General enzymesÀº ¹«¾ùÀԴϱî? ¶ÇÇÑ ¾î¶² Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ÀÖ½À´Ï±î?
6.4.1.2. ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ÅÛÇ÷¹ÀÌÆ®(Template) ½ÃÄö½º°¡ °áÇÕ(Annealing)À» °áÁ¤ÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ¾î¶² ¹æ¹ýÀ» ÀÌ¿ëÇմϱî?
4.2. A-Ligator
6.4.2.1. A-Ligator¿¡¼­ ½ÃÄö½º ³¡À» ÀνÄÇÏ´Â ¹æ¹ýÀÌ ±Ã±ÝÇÕ´Ï´Ù.
5. SeqSenser
5.1. RestrictionAnalyzer
6.5.1.1. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®´Â ¾îµð¼­ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?
6.5.1.2. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ãß°¡ÇÏ°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.5.1.3. Max cut limited ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̸¦ ¾Ë·ÁÁÖ¼¼¿ä.
6.5.1.4. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼® °á°ú¸¦ ´Ù½Ã Á¤·ÄÇÏ°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.5.1.5. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®°á°ú¿Í translation °á°ú¸¦ ÇÔ²² º¸·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
6.5.1.6. Translation optionÀÇ Ã¼Å©¹Ú½º¸¦ ´©¸£´Ï Á¦ÀÏ ±ä ÇϳªÀÇ ORF¸¸ Ç¥½ÃµÇ´Â °Í °°½À´Ï´Ù. ù ¹øÂ° ½ÃÄö½ººÎÅÍ ¾Æ¹Ì³ë»êÀ» Ç¥½ÃÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
5.2. PCRAnalyzer
6.5.2.1. Lower attached primer °¡ ¾ø´Ù´Â ¿¡·¯ ¸Þ½ÃÁö°¡ Ãâ·ÂµË´Ï´Ù.
6.5.2.2. PCR analyzer¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Tm °è»ê¹ýÀ» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.5.2.3. Ãâ·ÂµÈ Primer annealing map¿¡¼­ primer°¡ template »ó´Ü¿¡ ÀÖÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ°í ÇÏ´Ü¿¡ ÀÖÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ½À´Ï´Ù. °¢°¢ÀÇ Â÷ÀÌ´Â ¹«¾ùÀ» ÀǹÌÇϳª¿ä?
5.3. PatternFinder
6.5.3.1. PatternFinder´Â ¹«¾ùÀ» ÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥Àΰ¡¿ä?
6.5.3.2. PatternFinder·Î transcription factor binding site¸¦ °Ë»öÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?
6.5.3.3. BL2SeqN Àº ¹«¾ùÀ» ÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥Àΰ¡¿ä?
6.5.3.4. BL2SeqN °ú EMBOSSÀÇ Needle, Water ÇÁ·Î±×·¥ÀÇ °øÅëÁ¡°ú Â÷ÀÌÁ¡À» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.5.3.5. Gap penalty¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØ ÁÖ¼¼¿ä.
6.5.3.6. Filter üũ¹Ú½º¸¦ ´©¸£¸é ºÐ¼®°á°ú °ª¿¡¼­ ¹«¾ùÀÌ ´Þ¶óÁö³ª¿ä?
6. WorkBench
6.6.1. WorkBench°¡ º¸ÀÌÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.
7. EMBOSS
6.7.1. EMBOSS´Â ¹«¾ùÀԴϱî?
6.7.2. EMBOSS¿¡´Â ´Ù¸¥ ¸¹Àº ÇÁ·Î±×·¥µµ Æ÷ÇԵǾîÀÖ´Â °ÍÀ¸·Î ¾Ë°í ÀÖ½À´Ï´Ù. ´Ù¸¥ ÇÁ·Î±×·¥µéÀº ¾îµð¼­ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

1. ÀϹÝÀûÀÎ Áú¹®

6.1.1. EnCyclonÀº ¹«¾ùÀԴϱî?

EnCyclon »ç¿ëÀÚ ¾È³»¼­ÀÇ EnCyclonÀº ¹«¾ùÀΰ¡? Ç׸ñÀ» ÂüÁ¶ÇϽʽÿÀ.

6.1.2. EnCyclonÀº À¯·áÀԴϱî?

EnCyclonÀº ¹«·á·Î »ç¿ë°¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.

±×·¯³ª EnCyclon¿¡ Æ÷ÇÔµÈ ÇÁ·Î±×·¥À» »ç¿ëÇϱâ À§Çؼ­´Â »ç¿ëÀÚ µî·ÏÀÌ ÇÊ¿äÇÕ´Ï´Ù. »ç¿ëÀÚ µî·Ï¿¡ ÇÊ¿äÇÑ Á¤º¸´Â »ç¿ë·® Åë°è¸¦ À§ÇÏ¿© ¼öÁýÇÏ´Â °ÍÀ¸·Î ¾î¶² ´Ù¸¥ ¸ñÀûÀ¸·Î »ç¿ëµÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù. ´Ü. RestrictionAnalyzer´Â »ç¿ëÀÚ µî·ÏÀ» ÇÏÁö¾Ê°í »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.1.3. ºÐ¼®ÇÑ ½ÃÄö½º°¡ ¼­¹ö¿¡ ÀúÀåµÇ°Å³ª À¯ÃâµÉ À§ÇèÀº ¾ø³ª¿ä? EnCyclonÀÇ º¸¾ÈÁ¤Ã¥¿¡ ´ëÇØ ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

»ç¿ëÀÚ°¡ ºÐ¼®ÇÑ ½ÃÄö½º³ª °á°ú´Â Workbench ±â´ÉÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ´Ù½Ã »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖµµ·Ï Çϱâ À§ÇØ ¼­¹ö¿¡ ÀÓ½ÃÀûÀ¸·Î ÀúÀåµË´Ï´Ù. ÇÏÁö¸¸ »ç¿ëÀÚ°¡ À¥ ºê¶ó¿ìÀú¸¦ ´Ý¾ÒÀ» °æ¿ì ¼­¹ö¿¡ ³²°ÜÁø ¸ðµç °á°ú´Â ÀÚµ¿À¸·Î »èÁ¦µÇ¸ç, ÀÌÀü¿¡ »ç¿ëÇß´ø ½ÃÄö½º³ª ºÐ¼® °á°ú¸¦ Á¢±ÙÇÒ ¼ö ÀÖ´Â ¹æ¹ýÀº ¾ø½À´Ï´Ù.

µû¶ó¼­ ÀÔ·ÂÇϽнÃÄö½º´Â ³×Æ®¿öÅ© Packet ÇØÅ·À» Á¦¿ÜÇÏ¸é ¾î¶°ÇÑ ´©±¸µµ ¿ÜºÎ¿¡¼­ Á¢±ÙÇÒ ¼ö ¾ø½À´Ï´Ù.

6.1.4. ¹ö±×(Bug)°¡ ÀÖ´Â °Í °°½À´Ï´Ù. ¾îµð¿¡ ¿¬¶ôÇÏ¸é µË´Ï±î?

¹ö±×°¡ ¹ß»ýÇÑ ½ÃÄö½º¿Í ÇÁ·Î±×·¥ ±×¸®°í ±×¶§ »ç¿ëÇÑ ¿É¼ÇÀ» Bioinformatics Team À¸·Î º¸³»ÁֽʽÿÀ.

6.1.5. EnCyclonÀº »ó´çÈ÷ À¯¿ëÇÑ °Í °°½À´Ï´Ù. ȸ»ç ¼­¹ö¿¡ ¼³Ä¡ÇÏ°í ½ÍÀºµ¥ ÆÐŰÁö´Â ¾îµð¼­ ´Ù¿î ¹ÞÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

¾ÆÁ÷ Á¤½ÄÀ¸·Î ÆÐŰÁöÈ­ÇØ¼­ ÆÇ¸Å´Â ÇÏÁö ¾Ê°í ÀÖ½À´Ï´Ù. °ü½ÉÀÌ ÀÖÀ¸½Ã´Ù¸é Business Contacts À¸·Î ¸ÞÀÏÀ» ³²°Ü ÁֽʽÿÀ.

´Ù¸¸ ÇâÈÄ¿¡ ³ª¿Ã EnCyclon Enterprise ¹öÀüÀº Áö±ÝÀÇ ±â´ÉÀ» Á» ´õ ¹ßÀü½ÃÄÑ Desktop¿ëÀ¸·Î ³ª¿Ã °èȹÀÔ´Ï´Ù.

6.1.6. ºÐ¼® ÈÄ Back ¹öưÀ» ´©¸£¸é ½ÃÄö½º°¡ »ç¶óÁý´Ï´Ù. ¾î¶»°Ô ÇÏ¸é µÉ±î¿ä?

EnCyclon¿¡¼­´Â ÃÖÃÊ ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½ºµé¿¡ ´ëÇÑ ÅëÇÕ °ü¸®°¡ °¡´ÉÇϵµ·Ï Çϱâ À§ÇØ WorkBench¶ó´Â ½ÃÄö½º °ü¸®±â¸¦ Áö¿øÇÕ´Ï´Ù. ¸Þ´º¿¡ ÀÖ´Â WorkBench ¹öưÀ» ´©¸£½Ã¸é ÀÌÀü¿¡ ÀÛ¾÷Çß´ø ½ÃÄö½ºµé°ú °¢ ½ÃÄö½ºµé¿¡ ´ëÇØ ¼öÇàÇß´ø ºÐ¼®°á°ú¸¦ ÀçÀÛ¾÷ ¾øÀÌ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

¶ÇÇÑ ¸ðµç ºÐ¼® ÇÁ·Î±×·¥ÀÇ ½ÃÄö½º ÀÔ·Ââ »ó´Ü¿¡´Â LoadSequence¶ó´Â ¹öưÀÌ ÀÖÀ¸¸ç ÀÌ ¹öưÀ» ´©¸£¸é WorkBench ¿¡ ÀúÀåµÈ ½ÃÄö½º¸¦ °¢ ½ÃÄö½º ÀÔ·Ââ¿¡ ÀÚµ¿À¸·Î ÀÔ·ÂÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.1.7. ÇѱÛÀÌ º¸ÀÌÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

EnCyclonÀº Çѱ۰ú ¿µ¹® µÎ °¡Áö ¾ð¾î¸¦ Áö¿øÇϰí ÀÖ½À´Ï´Ù. EnCyclon ½ÃÀÛ ÆäÀÌÁö ¿ÞÂÊ »ó´Ü¿¡ À§Ä¡ÇÑ ¾ð¾î ¼±Åà ¸µÅ©¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ¿øÇÏ´Â ¾ð¾î·Î ¼³Á¤ÇϽʽÿÀ. À̶§ º¯°æµÈ ¾ð¾î´Â »ç¿ëÀÚÀÇ À¥ ºê¶ó¿ìÀú ÄíŰ ±â´ÉÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ÀÚµ¿ ÀúÀåµÇ¸ç, ´ÙÀ½ Á¢¼ÓºÎÅÍ´Â ¼±Á¤µÈ ¾ð¾î·Î Á¢¼ÓÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

±âº» ¾ð¾î´Â ¿µ¾î·Î ¼³Á¤µÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.1.8. ½ÃÄö½º ÀÔ·Â ¹Ú½ºÀÇ linear ¿Í circular¸¦ ¼±ÅÃÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̸¦ ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

A, T, G, C ¸¸À» Æ÷ÇÔÇÏ´Â ´Ü¼ø ½ÃÄö½º ¹®ÀÚ¿­À» ÀÔ·ÂÇßÀ» °æ¿ì ÀÌ ½ÃÄö½º¿¡´Â ¼±Çü DNAÀÎÁö ¿øÇü DNAÀÎÁö¿¡ ´ëÇÑ Topology Á¤º¸°¡ Æ÷ÇԵǾî ÀÖÁö ¾Ê½À´Ï´Ù. ±×·¯³ª ºÐ¼® ÇÁ·Î±×·¥Àº Topology Á¤º¸°¡ ´Ù¸¦ °æ¿ì ´Ù¸¥ °á°ú°ªÀ» »êÃâÇÕ´Ï´Ù. ¿¹¸¦ µé¾î 1 kb Å©±âÀÇ DNA¸¦ Á¦ÇÑ È¿¼Ò·Î Àý´ÜÇßÀ» °æ¿ì EnCyclonÀÇ Cutter¶ó´Â ÇÁ·Î±×·¥Àº °¢ ´ÜÆíÀÇ ½ÇÀç Å©±â ¸®½ºÆ®¸¦ °è»êÇØ Áִµ¥ ¼±Çü DNA¿Í ¿øÇü DNA¿¡¼­´Â °á°ú °ªÀÌ ´ç¿¬È÷ ´Þ¶óÁú ¼ö ¹Û¿¡ ¾ø½À´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ Ã¹¹øÂ° base¿Í ¸¶Áö¸· base °¡ ¿øÇüÀ¸·Î ¿¬°áµÇ¾î ÀÖÀ» °æ¿ì¿¡´Â ÀÌ À§Ä¡¿¡µµ PCR primer¸¦ µðÀÚÀÎ ÇÏ°í ½ÇÀç PCR¹ÝÀÀµµ ¼öÇàÇÒ ¼ö ÀÖÁö¸¸ ¼±ÇüÀÏ °æ¿ì¿¡´Â ½ÇÇèÀûÀ¸·Îµµ ºÒ°¡´ÉÇÒ °ÍÀÔ´Ï´Ù. EnCyclonÀº ½ÇÀç ½ÇÇè °úÁ¤¿¡¼­ ÀϾ´Â »óȲÀ» Á¤È®È÷ ¹Ý¿µÇϱâ À§ÇØ DNA topology¸¦ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÔ·ÂÇÑ »ç¿ëÀÚ°¡ ¼±Åà ¹Ú½º¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ÁöÁ¤ÇÒ ¼ö ÀÖµµ·Ï ÇÏ¿´½À´Ï´Ù.

´Ü, NCBI, NGSF ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ Çü½ÄÀÇ °æ¿ì´Â ±× ½ÃÄö½º Çü½Ä ÀÚü¿¡ ½ÃÄö½ºÀÇ TopologyÇüŸ¦ Æ÷ÇÔÇϰí Àֱ⠶§¹®¿¡ ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ ³»¿¡ Æ÷ÇÔµÈ Topology¸¦ ¿ì¼±ÀûÀ¸·Î ÀνÄÇϵµ·Ï µÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù.

»ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½ºÀÇ Topology¸¦ ÀνÄÇÏ´Â ¿ì¼± ¼øÀ§´Â ´ÙÀ½°ú °°½À´Ï´Ù.

  1. ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ ³»ÀÇ Topology Á¤º¸: GenBank, EMBL, NGSF ÀÇ °æ¿ì

  2. »ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·Ââ¿¡¼­ ¼±ÅÃÇÑ Topology Á¤º¸: FASTA, ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ®ÀÇ °æ¿ì

  3. ÀÌ ¿ÜÀÇ °æ¿ì´Â Linear·Î ÀνÄÇÕ´Ï´Ù.

EnCyclonÀÇ ±â´ÉÀ» ÃÖ´ëÇÑ »ç¿ëÇÏ·Á¸é NGSF Çü½ÄÀ» ÀÌ¿ëÇϽʽÿÀ.

2. ·Î±×ÀÎ °ü·Ã

6.2.1. ·Î±×ÀÎÀÌ µÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

EnCyclonÀº »ç¿ëÀÚ ¾ð¾î¼³Á¤, »ç¿ëÀÚ ·Î±×ÀÎ ºÎºÐ¿¡ ÄíŰ ±â´ÉÀ» »ç¿ëÇϰí ÀÖ½À´Ï´Ù. »ç¿ëÁßÀÎ ºê¶ó¿ìÀú°¡ Äí۸¦ »ç¿ë °¡´ÉÇϵµ·Ï ¼³Á¤ÇØÁֽʽÿÀ.

ºê¶ó¿ìÀú°¡ Äí۸¦ ¼³Á¤ÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ÀÎÅÍ³Ý ÀͽºÇ÷η¯¸¦ ±âÁØÀ¸·Î [¸Þ´º ' µµ±¸ ' ÀÎÅÍ³Ý ¿É¼Ç]À» ¼±ÅÃÇÑ ÈÄ º¸¾ÈÅÇÀ» ¼±ÅÃÇÏ°í º¸¾È¼öÁØÀ» "º¸Åë"À¸·Î ¼³Á¤ÇÏ¿© ÁֽʽÿÀ.

±×·¡µµ µÇÁö ¾ÊÀ» °æ¿ì¿¡´Â ÀÓ½ÃÀÎÅÍ³Ý ÆÄÀϵéÀ» »èÁ¦ ÈÄ ´Ù½Ã ·Î±×ÀÎÀ» ÇØÁֽʽÿÀ.

6.2.2. ºñ¹Ð¹øÈ£¸¦ Àؾî¹ö·ÈÀ» °æ¿ì´Â ¾î¶»°Ô ÇØ¾ßµÇ³ª¿ä?

¾ÆÀ̵ð, ÆÐ½º¿öµå ã±â¿¡¼­ ¾ÆÀ̵ð¿Í ÆÐ½º¿öµå¸¦ ãÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ȨÆäÀÌÁö¿¡¼­ ¾ÆÀ̵ð, ÆÐ½º¿öµå ã±â¸¦ Ŭ¸¯ÇϽŠ´ÙÀ½ °¡ÀԽÿ¡ ÀÔ·ÂÇϽŠÀ̸ÞÀÏÁÖ¼Ò¸¦ ÀÔ·ÂÇÏ½Ã¸é ÆÐ½º¿öµå º¯°æÀ» À§ÇØ ÇÊ¿äÇÑ ÀÓ½ÃÄڵ带 ¹ÞÀ¸½Ç ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¸ÞÀÏ·Î ÀÓ½ÃÄڵ带 È®ÀÎÇϽŠ´ÙÀ½ À̸ÞÀÏÁÖ¼Ò¿Í À̸ÞÀÏ·Î ¹ÞÀº ÀÓ½ÃÄڵ带 ÀÔ·ÂÇÏ½Ã¸é ÆÐ½º¿öµå¸¦ º¯°æÇÏ½Ç ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

3. PlasmidMap

6.3.1. µðÆúÆ®·Î ÁöÁ¤µÇ¾î ÀÖ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼ÒÀÇ ¸ñ·ÏÀ» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

PlasmidMap¿¡ ±âº»À¸·Î »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò´Â ½ÇÇè½Ç¿¡¼­ °¡Àå ¸¹ÀÌ »ç¿ëµÈ´Ù°í ÆÇ´ÜµÇ´Â ½ÃÄö½º¸¦ ¼³Á¤Çϰí ÀÖ½À´Ï´Ù. ÇØ´ç ¸ñ·ÏÀº EnCyclon¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®¸¦ È®ÀÎÇϽʽÿÀ.

6.3.2. Çѵΰ¡Áö Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¿¡ ´ëÇØ¼­¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÇµµ·Ï ÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ÀԷ â¿¡ ã°íÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò À̸§À» Á÷Á¢ ³Ö´Â ¹æ¹ýÀ» »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¿©·¯ °³ÀÇ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ÀÔ·ÂÇÒ ¶§´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ °ø¹éÀ̳ª ","·Î ±¸ºÐÇÏ¿© ÀûÀ¸¸é µË´Ï´Ù.

EnCyclon¿¡¼­´Â »ç¿ëÀÚÀÇ ½Ç¼ö·Î ÀÔ·ÂµÈ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò À̸§¿¡ ´ëÇÑ ÃæºÐÇÑ ¹öÆÛ ±â´ÉÀ» Á¦°øÇÕ´Ï´Ù. ¿¹¸¦ µé¾î »ç¿ëÀÚ°¡ ŸÀÌÇÎÇÑ EcoRI, ecori, Ecor1, EcoR1, ecor1, ecoR1 µîÀº ¸ðµÎ EcoRI È¿¼Ò·Î ÀνĵǸç, ºÐ¼®°á°ú¿¡ ÀüÇô ¿µÇâÀ» ¹ÌÄ¡Áö ¾Ê½À´Ï´Ù.

6.3.3. Unique cutting site¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

½ÃÄö½º ÀÔ·Ââ ÇÏ´Ü¿¡´Â Max cut limited ¶ó´Â ¼±ÅùöưÀÌ ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀÌ ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̴ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ½ÃÄö½º¸¦ ¸î ȸ ÀÚ¸£´Â°¡¿¡ µû¶ó ¸Ê¿¡ Ç¥ÇöµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò »çÀÌÆ®¸¦ »ç¿ëÀÚ°¡ ¿øÇÏ´Â ´ë·Î º¸¿©ÁÙ ¼ö ÀÖµµ·Ï ÇÏ´Â °ÍÀÔ´Ï´Ù. µðÆúÆ® °ªÀº Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ½ÃÄö½º¸¦ ¸î ¹ø ¹Ýº¹Çؼ­ ÀÚ¸£µçÁö ±¸ºÐÇÏÁö ¾Ê°í Ç¥ÇöÇϵµ·Ï ÁöÁ¤µÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù. ÇÑ ±ºµ¥¸¸ ÀÚ¸£´Â È¿¼Ò¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥ÇöÇÏ°í ½ÍÀ» ¶§´Â ¾Æ·¡ ±×¸²Ã³·³ ¿É¼ÇÀ» ÁöÁ¤ÇØ ÁÖ¸é µË´Ï´Ù. ¸¸¾à ÃÖ´ë 2°÷À» ÀÚ¸£´Â È¿¼Ò¸¸À» Ç¥½ÃÇÏ°í ½ÍÀ» °æ¿ì¿¡´Â ±×¸²¿¡¼­ ¼ýÀÚ¸¸ ¹Ù²Ù¸é µË´Ï´Ù.

6.3.4. ¸ÊÀÌ ·ÎµùµÇ´Â ½Ã°£ÀÌ ¿À·¡ °É¸³´Ï´Ù.

´ÙÀ½ÀÇ µÎ °¡ÁöÀÇ °æ¿ì°¡ ÀÖÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

- ³×Æ®¿öÅ© ȸ¼±ÀÌ ´À¸° °æ¿ì: ¾î¿ ¼ö°¡ ¾ø±º¿ä^^; Àü¿ë¼± ¾²¼¼¿ä

- ã°íÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò °³¼ö°¡ ¸¹Àº °æ¿ì: Analysis Options À» Á¶ÀýÇÏ¿© ÇÊ¿äÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¸À» Ç¥½ÃÇϵµ·Ï ÇÕ´Ï´Ù. Analysis Options ¿É¼Ç Á¶Á¤ºÎºÐÀº À̰÷À» Âü°í ÇϽʽÿÀ.

6.3.5. ¸ÊÀÌ Ç¥½ÃµÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

À߸øµÈ ½ÃÄö½º°¡ ÀԷµǾúÀ» °¡´É¼ºÀÌ Å®´Ï´Ù(¿¡·¯¸Þ½ÃÁö¸¦ È®ÀÎÇØº¸¼¼¿ä). EnCyclonÀÌ ÀνÄÇÒ ¼ö ÀÖ´Â ½ÃÄö½º·Î Çü½ÄÀº NGSF(Neurogenex Sequence Format), GenBank, EMBL, FastA, ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ® Çü½ÄÀ¸·Î ÀÛ¼ºµÈ ½ÃÄö½º ÀÔ´Ï´Ù. ´Ù¸¥ ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ¸·Î ÀÔ·ÂÇÒ °æ¿ì¿¡´Â ½ÃÄö½º µ¥ÀÌÅÍ ºÎºÐ¸¸ µû·Î ÀÔ·ÂÇϽʽÿÀ. EnCyclon¿¡¼­ Áö¿øÇÏ´Â ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ» ÀÔ·ÂÇßÁö¸¸ ¸ÊÀÌ Ç¥½ÃµÇÁö ¾ÊÀ¸¸é ´ÙÀ½ ¸µÅ©¿¡¼­ Çü½ÄÀ» È®ÀÎ ÈÄ ÀÔ·ÂÇϽʽÿÀ.

EnCyclonÀÌ ÀÔ·Â ¹Þ´Â ½ÃÄö½º Çü½Ä

NGSF(Neurogenex Sequence Format) ¹®¼­

6.3.6. ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÇ´Â È­»ìÇ¥ÀÇ ¹æÇâ°ú »ö»óÀ» ¹Ù²Ü ¼ö ÀÖ³ª¿ä?

Çö󽺹̵å¸Ê ÇÏ´Ü¿¡ ¸Ê¿¡ Ç¥ÇöµÇ´Â featureµéÀÌ Å×À̺í·Î Ç¥ÇöµÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù. ¹Ù²Ù°íÀÚ ÇÏ´Â featureÀÇ ¿À¸¥ÂÊ edit ¹öưÀ» ´­·¯ ÆíÁýÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. °¢ Feature º° ±âº» ÁöÁ¤ »ö±òÀº ¾Æ·¡¿Í °°½À´Ï´Ù. FeatureÀÇ ±âº» ÁöÁ¤ »öÀ» ¹Ù²Ù·Á¸é Feature TypeÀ» ¹Ù²Ù¾î¾ß ÇÕ´Ï´Ù.

Ç¥ 6-1. Feature Color

ORF ȸ»ö
CDS »¡°­
Promoter ³ë¶û
Other ÆÄ¶û

È­»ìÇ¥ÀÇ ¹æÇâÀº "direction" ¿¡ ÀÇÇØ °áÁ¤µË´Ï´Ù. FeatureÀÇ ÆíÁýÈ­¸é¿¡¼­ F, R, C·Î ¹æÇâÀ» ¼öÁ¤ÇϽʽÿÀ.

Ç¥ 6-2. Feature Direction

F Forward direction
R Reverse direction
C No direction

º¯°æµÈ featureµéÀº ¹Ù·Î ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµË´Ï´Ù. FeatureÀÇ Ãß°¡ »èÁ¦ º¯°æ¿¡ °ü·ÃµÈ ÀÚ¼¼ÇÑ »çÇ×Àº ´ÙÀ½ ¸µÅ©¿¡¼­ È®ÀÎÇϽʽÿÀ.

EnCyclonÀÌ ÀÔ·Â ¹Þ´Â ½ÃÄö½º Çü½Ä

Plasmid Map Æ©Å丮¾ó

6.3.7. Plasmid Map ÇÁ·Î±×·¥¿¡¼­ Çѹø ÆíÁýµÈ ¸ÊÀ» ³ªÁß¿¡ ¶È°°ÀÌ ±×¸± ¼ö ÀÖ³ª¿ä?

EnCyclonÀº »ç¿ëÀÚ°¡ ½Ã°£À» µé¿© º¯°æÇÑ ¸Ê¿¡ ´ëÇØ ³ªÁß¿¡ ´Ù½Ã ±×¸± Çʿ䰡 ¾øµµ·Ï ¸ÊÀ» ¼öÁ¤ÇÒ ¶§ ½ÃÄö½º ÆÄÀϳ»ÀÇ Feature°¡ ÀÚµ¿ annotation µÇµµ·Ï Áö¿øÇϰí ÀÖ½À´Ï´Ù. 'Save Sequence' ¹öưÀ» ´­·¯ ÆíÁýµÈ ½ÃÄö½º¸¦ ÀúÀåÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀúÀåÆÄÀÏ Çü½ÄÀº 'NGSF' À̸ç, ÀúÀåµÈ ÆÄÀÏÀ» ´Ù½Ã ºÒ·¯ PlasmidMap¸¦ ½ÇÇà½Ã۸é ÀÌÀüÀÇ ¸ÊÀ» ´Ù½Ã º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.3.8. Circular map À» linear mapÀ¸·Î ¹Ù²Ù°í ½Í½À´Ï´Ù.

´Ü¼ø ½ÃÄö½º µ¥ÀÌÅÍ¿¡ ´ëÇØ¼­´Â ½ÃÄö½º ÀÔ·Ââ ¹Ù·Î ¾Æ·¡¿¡ ÀÖ´Â µå·Ó ¹Ú½ºÀÇ "linear"³ª "Circular"¸¦ ¼±ÅÃÇÏ¿© ¿øÇÏ´Â ¸ÊÀ» ±×¸± ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Çѹø Circular ·Î ±×·ÁÁø ¸ÊÀ» Save Sequence ±â´ÉÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ÀúÀåÇÏ¿´À» °æ¿ì EnCyclonÀº ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ Çì´õ(½ÃÄö½ºÀÇ ±âº»ÀûÀÎ Á¤º¸¸¦ ´ã°í Àִ ù¹øÂ° ¶óÀÎ)¿¡ Circular Á¤º¸¸¦ ÀÚµ¿À¸·Î annotation ÇÕ´Ï´Ù. ÀÌ °æ¿ì ½ÃÄö½º Çì´õ¿¡ ÀÖ´Â "circular" ¸¦ "linear"·Î Á÷Á¢ ¹Ù²Ù¾îÁÖ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

Topology Á¤º¸°¡ Æ÷ÇÔµÈ ±âÁ¸ ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ (GenBank, EMBL, NGSF µî)À» ¼öÁ¤ÇÏ½Ç ¶§µµ ¸¶Âù°¡Áö·Î Çì´õ ºÎºÐÀ» °íÃļ­ ¸ÊÀ» ±×¸®¸é µË´Ï´Ù. ÀÌ µÎ °¡Áö °æ¿ì¿¡ Á»´õ ¾ÈÀüÇÏ°Ô ½ÃÄö½º¸¦ ¼öÁ¤ÇϽ÷Á¸é EnCyclon¿¡¼­ Á¦°øµÇ´Â SeqEditor ÇÁ·Î±×·¥À» ÀÌ¿ëÇÏ¸é Æí¸®ÇÕ´Ï´Ù.

´Ù¸¥ Çü½ÄµéÀÇ °æ¿ì Topology Ç¥ÇöºÎºÐÀ» ¹Ù²Ù¾îÁÖ´øÁö "SeqEditor" ¿¡¼­ NGSF·Î º¯È¯ ÈÄ À§ÀÇ ¹æ¹ýÀ¸·Î ¹Ù²Ù¾îÁÖ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

6.3.9. ±×·ÁÁø Çö󽺹̵åÀÇ À̸§À» ¹Ù²Ù·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

Ãâ·ÂâÀÇ Save Sequence ¹öưÀ» ´­·¯ ½ÃÄö½º¸¦ ÀúÀå ÈÄ SeqEditor ÀÌ¿ëÇÏ¿© ½ÃÄö½ºÀÇ À̸§À» ÆíÁýÇϽʽÿÀ. SeqEditor ÀÇ ÀÚ¼¼ÇÑ »ç¿ë¹æ¹ýÀº ´ÙÀ½¿¡¼­ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

SeqEditor

6.3.10. ÇÃ¶ó½º¹Ìµå ¸ÊÀÇ µðÆúÆ® ºÐ¼® ¿É¼Ç¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØ ÁÖ¼¼¿ä.

½ÇÇè½Ç¿¡¼­ ÀÚÁÖ »ç¿ëÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò »çÀÌÆ®¿¡ °üÇÏ¿© ºÐ¼®ÇÕ´Ï´Ù ´ÙÀ½Àº °£·«ÇÑ ¿É¼Ç ¼³¸íÀÔ´Ï´Ù.

Analysis Options: ºÐ¼®¿¡ »ç¿ëÇϰíÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¼±ÅÃÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù.

Ç¥ 6-3. Analysis Options

Enzyme set ÀÚÁÖ »ç¿ëÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò, 4 cutter, 6 cutter µîÀ» ¼±ÅÃÇÒ ¼ö ÀÖÀ¸¸ç »ç¿ëÀÚ°¡ ¿øÇÏ´Â È¿¼Ò¸¸À» Á÷Á¢ ŸÀÌÇÎÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÃÖ±Ù »ç¿ëÇÑ È¿¼Ò¿¡ ´ëÇØ¼­´Â Recent ±â´ÉÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© È¿¼Ò ¸®½ºÆ®¸¦ ½±°Ô ºÒ·¯¿Ã ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.
Max cut limited Á¦ÇÑÈ¿¼Ò Cutting ȸ¼ö¸¦ Á¦ÇÑÇÏ¿© Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ º¸°íÀÚ ÇÒ ¶§ »ç¿ëÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù. "Unlimited"´Â cutting site°¡ Çϳª¶óµµ ¹ß°ßµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¸ðµÎ º¸°Ú´Ù´Â °ÍÀ̸ç, "__ Sites"´Â ÁöÁ¤ÇÑ °³¼ö ÀÌÇÏÀÇ cutting site°¡ ¹ß°ßµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¸ º¸°íÀÚ ÇÒ ¶§ »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù
Display Enzyme with position ÀÌ ¿É¼ÇÀ» üũÇϸé Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ç¥½ÃÇÒ ¶§ À̸§°ú Á¤È®ÇÑ À§Ä¡¸¦ ÇÔ²² Ç¥½ÃÇØ ÁÝ´Ï´Ù.

Show Feature: Show Feature(±âº» ¿É¼Ç)À» üũÇÏ¸é ½ÃÄö½ºÀÇ feature¸¦ ¸Ê¿¡ ÀÚµ¿À¸·Î Ç¥ÇöÇÕ´Ï´Ù. ÀÔ·Â ½ÃÄö½º°¡ NGSF, GenBank Çü½ÄÀÏ °æ¿ì ÇØ´ç Çü½ÄÀÇ feature¸¦ Ç¥½ÃÇϰí, ±× ¿ÜÀÇ Çü½ÄÀÏ °æ¿ì ORF ¸¦ ÀÚµ¿ °Ë»öÇÑ °á°ú°ªÀ» Ç¥½ÃÇÕ´Ï´Ù.

ÇÃ¶ó½º¹Ìµå ¸Ê¿¡ °ü·ÃµÈ ÀÚ¼¼ÇÑ ³»¿ëÀº ´ÙÀ½ ¸µÅ©¿¡¼­ È®ÀÎÇϽʽÿÀ.

Plasmid Map Æ©Å丮¾ó

4. CyCloner

4.1. PrimerDesigner

6.4.1.1. Popular enzymes, General enzymesÀº ¹«¾ùÀԴϱî? ¶ÇÇÑ ¾î¶² Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ÀÖ½À´Ï±î?

PrimerDesigner°¡ µðÀÚÀÎÇÑ ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í »ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½º¸¦ PCRÇÏ¿´À» °æ¿ì¿¡ ³ª¿À´Â PCR Product¸¦ ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ Á¦´ë·Î ÀÛµ¿ÇÏ´ÂÁö °Ë»çÇϱâ À§Çؼ­ PCR Analysis¸¦ ¼öÇàÇϸç, ¶ÇÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®À¸·Î °Ë»çÇÏ¿© PCR Product¿¡ ¾î¶² Á¦ÇÑÈ¿¼Ò »çÀÌÆ®°¡ ÀÖ´ÂÁö °Ë»çÇÕ´Ï´Ù. ¿©±â¿¡ ¾²ÀÌ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò Áß ÀÚÁÖ ¾²ÀÌ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¹Ì¸® Á¤ÀÇÇØ ³õÀº °ÍÀÔ´Ï´Ù.

°¢ Á¦ÇÑÈ¿¼ÒÀÇ ³»¿ëÀº Popular enzymes, General enzymes ¿¡¼­ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.4.1.2. ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ÅÛÇ÷¹ÀÌÆ®(Template) ½ÃÄö½º°¡ °áÇÕ(Annealing)À» °áÁ¤ÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ¾î¶² ¹æ¹ýÀ» ÀÌ¿ëÇմϱî?

ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ÅÛÇ÷¹ÀÌÆ® ½ÃÄö½ºÀÇ °áÇÕÀ» °áÁ¤ÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ¿©·¯°¡Áö ¹æ¹ýÀÌ ÀÖÁö¸¸ EnCyclon¿¡¼­´Â "The Wallace Rule"À» ÀÌ¿ëÇÏ¿© °è»êÇÕ´Ï´Ù.

The Wallace Rule. Tm(¡ÆC)=2(A+T)+4(G+C)

4.2. A-Ligator

6.4.2.1. A-Ligator¿¡¼­ ½ÃÄö½º ³¡À» ÀνÄÇÏ´Â ¹æ¹ýÀÌ ±Ã±ÝÇÕ´Ï´Ù.

EnCyclonÀº Neurogenex Sequence Format(NGSF) Çü½ÄÀÌ ¾Æ´Ñ ½ÃÄö½º´Â ³¡(cohesive end)À» Blunt·Î ÀνÄÇÕ´Ï´Ù. NGSF¿¡´Â ENDS¶ó´Â Çʵ尡 ÀÖ¾î ENDS¿¡¼­ Ç¥ÇöÇÏ´Â ½ÃÄö½º ³¡À» üũÇÏ¿© Ligation¿©ºÎ¸¦ ÆÇ´ÜÇÏ°Ô µË´Ï´Ù. ENDS¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ ¼³¸íÀº NGSF(Neurogenex Sequence Format)À» Âü°íÇϽʽÿÀ

5. SeqSenser

5.1. RestrictionAnalyzer

6.5.1.1. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®´Â ¾îµð¼­ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

¹®¼­ ¸Þ´ºÀÇ EnCyclon¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ® Ç׸ñ¿¡¼­ È®ÀÎ ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.5.1.2. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ãß°¡ÇÏ°í ½Í½À´Ï´Ù.

À¥ ¹öÀü¿¡´Â »ç¿ëÀÚ Á¤ÀÇ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ãß°¡ÇÏ´Â ±â´ÉÀº ¾ø½À´Ï´Ù. ÇöÀç °³¹ßÁßÀÎ µ¥½ºÅ©Åé ¹öÀü¿¡´Â ±â´ÉÀÌ Ãß°¡µÉ °ÍÀÔ´Ï´Ù.

6.5.1.3. Max cut limited ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̸¦ ¾Ë·ÁÁÖ¼¼¿ä.

Á¦ÇÑÈ¿¼Ò Áß Unique Site¸¦ Àý´ÜÇÏ´Â È¿¼Ò´Â À¯ÀüÀÚ Å¬·Î´×°ú À¯ÀüÀÚ ¸Ê ºÐ¼®¿¡ ¸Å¿ì À¯¿ëÇÕ´Ï´Ù. µû¶ó¼­ ÃÖ´ë Àý´Ü »çÀÌÆ® ÀÌ»óÀÇ »çÀÌÆ®¸¦ °¡Áø È¿¼Ò¸¦ ºÐ¼®¿¡ Á¦¿ÜŰ´Â ÀÌ ¿É¼ÇÀ» »ç¿ëÇϸé ÀýµÃÈ¿¼Ò°¡ ÀûÀº È¿¼ÒÀÇ ºÐ¼® °á°ú¸¦ Á¦°øÇϹǷΠÆí¸®ÇÕ´Ï´Ù.

ÀÌ ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̴ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®À» ÇϰíÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÚ¸£´Âµ¥ Ƚ¼ö¸¦ ÁöÁ¤ÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù. Unlimited·Î ¼³Á¤µÇ¾îÀÖ´Ù¸é, Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ÀÚ¸£´Â ȸ¼ö¿¡ »ó°ü¾øÀÌ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼® °á°ú¿¡ Æ÷ÇÔÇϰڴٴ ÀǹÌÀÔ´Ï´Ù. ¿©±â¼­ Ƚ¼ö¸¦ ÁöÁ¤ÇÏ°Ô µÇ¸é ºÐ¼®ÇϰíÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÚ¸£´Â ȸ¼ö°¡ ÁöÁ¤ÇÑ È¸¼öº¸´Ù ¸¹´Ù¸é ºÐ¼® °á°ú¿¡ Æ÷ÇÔÇÏÁö ¾Ê½À´Ï´Ù. ±×¸®°í Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼® °á°úÀÇ "Enzyme List" Ç׸ñ¿¡ "Over Cut" Ç׸ñÀ¸·Î Ç¥½ÃµË´Ï´Ù.

6.5.1.4. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼® °á°ú¸¦ ´Ù½Ã Á¤·ÄÇÏ°í ½Í½À´Ï´Ù.

ÀÔ·ÂâÀÇ Display Option Ç׸ñ¿¡¼­ Á¤·Ä¹æ¹ýÀ» ¼±ÅÃÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

µðÆúÆ® °ªÀº È¿¼ÒÀÇ À̸§À» ¾ËÆÄºª ¼øÀ¸·Î Á¤·ÄÇÏ¿© º¸¿©ÁÝ´Ï´Ù. Cut count¸¦ ¼±ÅÃÇϽøé Àý´Ü Ƚ¼ö¿¡ µû¶ó ºÐ¼®°á°ú¸¦ º¸¿©ÁÖ¸ç, Cut positionÀ» ¼±ÅÃÇϽøé ÀÔ·Â ½ÃÄö½ºÀÇ À§Ä¡¿¡ µû¸¥ Á¤·Ä °á°ú¸¦ º¸½Ç ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.5.1.5. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®°á°ú¿Í translation °á°ú¸¦ ÇÔ²² º¸·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

ÀÔ·ÂâÀÇ Display Option ÇÏ´Ü¿¡ À§Ä¡ÇÑ Map¿É¼ÇÀ» ÀÌ¿ëÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù. "Translation" ¿É¼ÇÀ» üũÇÑ µÚ ºÐ¼®À» ¼öÇàÇϽøé Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®°á°ú¿Í translation ºÐ¼®°á°ú¸¦ ÇÔ²² º¸½Ç ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Translation¿¡ ¼ÓÇÑ ¿É¼ÇÀº ORF Finder³ª TranslationÀÇ ¿É¼Ç°ú µ¿ÀÏÇÕ´Ï´Ù.

6.5.1.6. Translation optionÀÇ Ã¼Å©¹Ú½º¸¦ ´©¸£´Ï Á¦ÀÏ ±ä ÇϳªÀÇ ORF¸¸ Ç¥½ÃµÇ´Â °Í °°½À´Ï´Ù. ù ¹øÂ° ½ÃÄö½ººÎÅÍ ¾Æ¹Ì³ë»êÀ» Ç¥½ÃÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

TranslationÀÇ ±âº» ¿É¼ÇÀº "Longest ORF" ÀÔ´Ï´Ù. À̰ÍÀÇ Àǹ̴ ½ÃÄö½º Áß °¡Àå ±ä ORF¸¸ TranslationÇÏ¿© °á°ú¿¡ Ãâ·ÂÇÑ´Ù´Â ÀǹÌÀÔ´Ï´Ù.

ù ¹øÂ° ½ÃÄö½ººÎÅÍ ¾Æ¹Ì³ë»êÀ» Ãâ·ÂÇϽñ⠿øÇϽŴٸé Translation ¿É¼Ç¿¡¼­ From ___ To ___ ¿¡ 1ºÎÅÍ ¿øÇÏ´Â ¹üÀ§¸¦ ÀÔ·ÂÇÏ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

Translation option °ú °ü°èµÈ ÀÚ¼¼ÇÑ »çÇ×Àº TranslatorÀÇ FAQ¸¦ Âü°íÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù.

5.2. PCRAnalyzer

6.5.2.1. Lower attached primer °¡ ¾ø´Ù´Â ¿¡·¯ ¸Þ½ÃÁö°¡ Ãâ·ÂµË´Ï´Ù.

PCR Product¸¦ ¸¸µé±â À§Çؼ­´Â Upper attached primer¿Í Lower attached primer°¡ ÇÊ¿äÇÕ´Ï´Ù. À§ÀÇ ¿¡·¯´Â upper strand¿¡´Â ÀÔ·ÂµÈ ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ annealing µÇ¾úÀ¸³ª lower strand¿¡´Â ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ annealing µÇÁö ¾Ê¾Æ PCR Product¸¦ ¸¸µéÁö ¸øÇÑ´Ù´Â ¿¡·¯ÀÔ´Ï´Ù.

¶Ç ´Ù¸¥ ÀÌÀ¯·Î ÀÔ·ÂÇÑ ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ Á¦´ë·Î ½ÃÄö½º¿¡ AnnealingµÇ¾ú´ÂÁö Primer Binding Map¿¡¼­ È®ÀÎÇØ º¸½Ã±â ¹Ù¶ø´Ï´Ù. Lower strand¿¡ annealingµÇ´Â ÇÁ¶óÀ̸Ӵ ½ÃÄö½º´Â 5'-3'ÀÇ ¼ø¼­·Î ÀԷµ˴ϴÙ. ¿©±â¼­ 3'-5'ÀÇ ¼ø¼­·Î ÀÔ·ÂÇϼ̴ÂÁö È®ÀÎÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù.

6.5.2.2. PCR analyzer¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Tm °è»ê¹ýÀ» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

PCRCycler ÂüÁ¶

6.5.2.3. Ãâ·ÂµÈ Primer annealing map¿¡¼­ primer°¡ template »ó´Ü¿¡ ÀÖÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ°í ÇÏ´Ü¿¡ ÀÖÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ½À´Ï´Ù. °¢°¢ÀÇ Â÷ÀÌ´Â ¹«¾ùÀ» ÀǹÌÇϳª¿ä?

Template ½ÃÄö½ºÀÇ »ó´Ü¿¡ Ç¥½ÃµÈ primer´Â ÇØ´ç primer°¡ template ½ÃÄö½ºÀÇ »óÀ§ strand¿¡ annealingµÈ´Ù´Â ÀǹÌÀ̸ç, ÇÏ´Ü¿¡ Ç¥½ÃµÈ primer´Â ÇØ´ç primer°¡ template ½ÃÄö½ºÀÇ ÇÏÀ§ strand¿¡ annealingÇÑ´Ù´Â ÀǹÌÀÔ´Ï´Ù.

5.3. PatternFinder

6.5.3.1. PatternFinder´Â ¹«¾ùÀ» ÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥Àΰ¡¿ä?

Pattern Finder´Â ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½º¿¡¼­ »ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ Æ¯Á¤ÇÑ ½ÃÄö½º¸¦ ã´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù.

6.5.3.2. PatternFinder·Î transcription factor binding site¸¦ °Ë»öÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

¿¹. ¹°·Ð °¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.

PatternFinder´Â ¹Ì¸® Á¤ÇØÁø ½ÃÄö½º ÆÐÅÏÀ» °Ë»öÇÏ´Â °ÍÀÌ ¾Æ´Ñ »ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ ÆÐÅÏÀ» ½ÃÄö½º¿¡¼­ °Ë»öÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù. Áï Æ¯Á¤ÇÑ ¿ëµµ°¡ Á¤ÇØÁ® ÀÖ´Â °ÍÀÌ ¾Æ´Ñ »ç¿ëÀÚÀÇ ÀÔ·ÂÇÑ ÆÐÅÏ¿¡ µû¶ó¼­ ±â´ÉÀÌ Á¤ÇØÁö´Â ÇÁ·Î±×·¥À̶ó°í ÇÒ ¼ö ÀÖ°Ú½À´Ï´Ù.

Transcription factor binding site¸¦ ã°í ½ÍÀ¸½Ã´Ù¸é ÀÔ·Â ÆÐÅÏ¿¡ ÇØ´ç ÆÐÅÏÀ» ÀÔ·ÂÇÏ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

ÀÌ·± ƯÁ¤ÇÑ ½ÃÄö½ºÀÇ ¿¹·Î´Â Start or Stop Codon, Att site, Ư¼öÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò µîÀÌ ÀÖÀ» ¼ö ÀÖ°Ú½À´Ï´Ù.

6.5.3.3. BL2SeqN Àº ¹«¾ùÀ» ÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥Àΰ¡¿ä?

BLAST ¾Ë°í¸®ÁòÀ» ±â¹ÝÀ¸·Î µÎ °³ÀÇ ¿°±â¼­¿­À» align ÇØÁÖ´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù. ½ÃÄö½º align »Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó ½ÃÄö½Ì µ¥ÀÌÅÍÀÇ ºÐ¼®¿¡ À¯¿ëÇÑ µµ±¸ ÀÔ´Ï´Ù.

6.5.3.4. BL2SeqN °ú EMBOSSÀÇ Needle, Water ÇÁ·Î±×·¥ÀÇ °øÅëÁ¡°ú Â÷ÀÌÁ¡À» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

À§ ÇÁ·Î±×·¥ ¸ðµÎ ¿°±â¼­¿­À» alignÇØ ÁÖ´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù. ´Ù¸¥ Á¡Àº ÇÁ·Î±×·¥¸¶´Ù Àû¿ëÇÏ´Â ¾Ë°í¸®ÁòÀÌ Æ²¸³´Ï´Ù. NeedleÀº "Needleman-Wunsch global alignment algorithm"À» Water´Â "Smith-Waterman local alignment algorithm"À» BL2SeqNÀº BLAST algorithmÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ½ÃÄö½º¸¦ alignÇÕ´Ï´Ù.

BL2SeqNÀº ´Ù¾çÇÑ ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ» ÀνÄÇÒ »Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó ÀÚµ¿À¸·Î reverse ¹æÇâÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ È®ÀÎÇÏ¿© alignÀ» Çϱ⠶§¹®¿¡ reverse¸¦ È®ÀÎÇÒ Çʿ䰡 ¾øÀ¸¹Ç·Î Æí¸®ÇÕ´Ï´Ù.

°¢ ¾Ë°í¸®Áò¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ ³»¿ëÀº ÇØ´ç ³í¹®À» Âü°íÇϽʽÿÀ.

6.5.3.5. Gap penalty¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØ ÁÖ¼¼¿ä.

Penalty for a mismatch´Â match¿Í mismatch¿¡ ´ëÇÑ Á¡¼öÀÔ´Ï´Ù. ±âº»°ªÀº ¿°±â ¼­¿­ÀÇ ºñ±³ÇÒ ¶§ µÎ ¿°±â°¡ ÀÏÄ¡ÇÏ¸é ±âº»°ªÀ¸·Î 1ÀÇ °¡»êÁ¡À» ÁÖ°í Æ²¸®¸é -3Á¡ÀÌ ÁÖ¾îÁý´Ï´Ù.

Open gap°ú extension gap penalty´Â µÎ ¼­¿­ÀÇ alignment¸¦ ¼öÇàÇÒ ¶§ »ý±â´Â gap¿¡ °üÇÑ °ÍÀÔ´Ï´Ù. ÁøÈ­ÀûÀ¸·Î ¿¬¼ÓÀûÀÎ gapÀÌ »ý±æ ¶§ ù ¹øÂ° gapÀº »ý±â±â ¾î·Á¿ì³ª ´ÙÀ½ÀÇ ¿¬¼ÓÀûÀÎ gapµéÀº »ó´ëÀûÀ¸·Î »ý±â±â ½±´Ù°í ÇÕ´Ï´Ù. ±×·¡¼­ óÀ½ »ý±â´Â gap¿¡´Â »ó´ëÀûÀ¸·Î Å« °ªÀÎ 5ÀÇ penalty¸¦ ÁÖ°í ´ÙÀ½ÀÇ ¿¬¼ÓÀûÀÎ gap¿¡´Â 2ÀÇ °ªÀ» ÁÖ´Â °ÍÀÌ ±âº»°ªÀ¸·Î Á¤ÇØÁ® ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.5.3.6. Filter üũ¹Ú½º¸¦ ´©¸£¸é ºÐ¼®°á°ú °ª¿¡¼­ ¹«¾ùÀÌ ´Þ¶óÁö³ª¿ä?

BLAST´Â gapÀ» Çã¿ëÇÏÁö ¾Ê´Â ¹üÀ§¿¡¼­ ÀÛÀº ºÎºÐ °Ë»öÀ» ¼öÇàÇϹǷΠrepeat sequence³ª proline-rich sequence°°ÀÌ »ý¹°ÇÐÀûÀ¸·Î Àǹ̴ ¾øÀ¸³ª ºÎºÐ¿¡¼­ ³ôÀº À¯»ç¼ºÀ» °¡Áö°í ÀÖ´Â ¼­¿­µéÀ» Á¦°ÅÇÏÁö ¸øÇÕ´Ï´Ù. ±×·¡¼­ Filter ¿É¼Ç¿¡ ÀÇÇØ Åë°èÀûÀ¸·Î´Â Áß¿äÇÑ °ªÀ» °¡ÁöÁö¸¸ »ý¹°ÇÐÀûÀ¸·Î´Â Àǹ̰¡ ¾ø´Â ¼­¿­µéÀ» Á¦°ÅÇÕ´Ï´Ù.

6. WorkBench

6.6.1. WorkBench°¡ º¸ÀÌÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

Workbench´Â À¥ ºê¶ó¿ìÀúÀÇ ÄíŰ ±â´ÉÀ» »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù. »ç¿ëÁßÀÎ ºê¶ó¿ìÀú°¡ Äí۸¦ »ç¿ë°¡´ÉÇϵµ·Ï ¼³Á¤ÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ WorkBench´Â DHTML ±â´ÉÀ» »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù. ºê¶ó¿ìÀú¿¡¼­ DHTML ±â´ÉÀ» Áö¿øÇÏÁö ¾Ê´Â´Ù¸é Á¦´ë·Î È­¸é¿¡ ³ªÅ¸³ªÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

7. EMBOSS

6.7.1. EMBOSS´Â ¹«¾ùÀԴϱî?

EMBnet´Â EMBnet¿¡ ÀÇÇØ °³¹ßµÈ ¿ÀǼҽº Bioinformatics ¼ÒÇÁÆ®¿þ¾îÀÔ´Ï´Ù.

6.7.2. EMBOSS¿¡´Â ´Ù¸¥ ¸¹Àº ÇÁ·Î±×·¥µµ Æ÷ÇԵǾîÀÖ´Â °ÍÀ¸·Î ¾Ë°í ÀÖ½À´Ï´Ù. ´Ù¸¥ ÇÁ·Î±×·¥µéÀº ¾îµð¼­ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

À¥ ÀÎÅÍÆäÀ̽º·Î °³¹ßÇÑ EMBOSS´Â ÀúÈñ°¡ ÆÇ´ÜÇÏ¿© °¡Àå À¯¿ëÇÏ°í ¸¹ÀÌ ¾²ÀÌ´Â ÇÁ·Î±×·¥À» ¼±º°ÇÏ¿´½À´Ï´Ù. ´Ù¸¥ EMBOSS ÇÁ·Î±×·¥ÀÌ ÇÊ¿äÇÏ½Ã¸é °Ô½ÃÆÇ¿¡ ±ÛÀ» ³²°ÜÁֽðųª Bioinformatics Team À¸·Î ¸ÞÀÏÀ» ³²°ÜÁֽʽÿÀ


Âü°í ¹®Çå ¹× ÀÚ·á

ÀÎÅÍ³Ý ¸®¼Ò½º

NCBI, The Standard Codon Table.

NCBI, IUPAC Ambiguity Codes.

NCBI, NCBI-GENBANK Flat File.

Rebase, The Restriction Enzyme Database GCG format.

Glossary

codon

À¯Àü¾ÏÈ£ÀÇ ´ÜÀ§.

ÇÙ»ê(mRNA)À» ±¸¼ºÇϰí ÀÖ´Â 4Á¾ÀÇ ¿°±â(¾Æµ¥´Ñ.±¸¾Æ´Ñ. ½ÃÅä½Å.¿ì¶ó½Ç) ÁßÀÇ 3°³ÀÇ ¹è¿­ÀÌ ´ÜÀ§°¡ µÇ¸ç °¢°¢ÀÇ ¾Æ¹Ì³ë»ê¿¡ ´ëÀÀÇϰí ÀÖ´Ù (Æ®¸®Ç÷¿¾ÏÈ£). 64°¡ÁöÀÇ Á¶ÇÕÀÌ °¡´ÉÇÏÁö¸¸ ±× Áß 61°¡Áö°¡ ¾Æ¹Ì³ë»êÀÇ ÄÚµ·, ³ª¸ÓÁöÀÇ 3°¡Áö°¡ Á¾°áÄÚµ·À¸·Î µÇ¾î ÀÖ´Ù.

translation

´Ü¹éÁúÀ» »ýÇÕ¼ºÇÒ ¶§¿¡ mRNA»óÀÇ ¿°±â¹è¿­À» ÇØµ¶ÇÏ¿© ±× Á¤º¸¿¡ ´ëÀÀÇÏ´Â ¾Æ¹Ì³ë»êÀ» °ñ¶ó³»¾î ÆéƼµå»ç½½À» Çü¼ºÇØ °¡´Â °úÁ¤.

RNA´Â 4Á¾ÀÇ ¿°±â, ´Ü¹éÁúÀº 20 Á¾·ùÀÇ ¾Æ¹Ì³ë»êÀ¸·Î °¢°¢ ±¸¼ºµÇ¾î Àֱ⠶§¹®¿¡ 4Á¾ÀÇ ±âÈ£·Î ¾²¿©Áø À¯ÀüÁ¤º¸ÀÇ ¾ÏÈ£¸¦ 20Á¾·ùÀÇ ¹®ÀÚ·Î Çü¼ºµÇ´Â ¹®ÀåÀ¸·Î '¹ø¿ª'µÈ´Ù´Â ÀǹÌÀÌ´Ù.

amino acid

¾Æ¹Ì³ë±â(-NH2)¿Í Ä«¸£º¹½Ã±â(-COOH)¸¦ µÑ ´Ù °®°í ÀÖ´Â À¯±âÈ­ÇÕ¹°ÀÌ´Ù.

À̰ÍÀÌ ¼­·Î ¹°ºÐÀÚ¸¦ ÀÒ¾î ÆéÆ¼µå°áÇÕÀ» Çü¼ºÇÑ °ÍÀÌ ´Ü¹éÁú°ú ÆéƼµåÀÌ´Ù.

open reading frame
(ORF)

DNAÀÇ ¿°±â¹è¿­»ó¿¡ ÀÓÀÇÀÇ ÇØµ¶Æ²(reading frame)À» ¼³Á¤ÇÏ¿©, °¢ ÄÚµ·¿¡ ´ëÀÀÇÏ´Â ¾Æ¹Ì³ë»êÀ» ¼øÂ÷ÀûÀ¸·Î ÇÒ´çÇÑ °æ¿ì Á¾°áÄÚµ·ÀÌ ÃâÇöÇϱâ±îÁö ¾Æ¹Ì³ë»êÄÚµ·ÀÌ ±æ°Ô °è¼ÓµÇ´Â °Í °°Àº '¿­¸°' ÇØµ¶Æ²ÀÌ ÀÖÀ¸¸é ±× ¹è¿­À» ORF¶ó°í ÇÑ´Ù.

DNAÀÇ ¿°±â¹è¿­À» °áÁ¤ÇÑ °æ¿ì, °Å±â¿¡ À¯ÀüÀÚ°¡ ÀÖ´ÂÁö¸¦ Á¶»çÇϱâ À§Çؼ­ ¿ì¼± ORF¸¦ °Ë»öÇÏ´Â °ÍÀÌ ÇϳªÀÇ º¸ÆíÀûÀÎ ¹æ¹ýÀÌ´Ù.

enzyme

»ý¼¼Æ÷³»¿¡¼­ ¸¸µé¾îÁö´Â ´Ü¹éÁú¼ºÀÇ »ýüÃ˸Å.

È¿¼Ò¿¡ ÀÇÇØ¼­ Ã˸ŵǴ ȭÇйÝÀÀÀ» È¿¼Ò¹ÝÀÀÀ̶ó°í ÇÏÁö¸¸ »ýü³»ÀÇ È­ÇйÝÀÀÀº °ÅÀÇ ¸ðµÎ°¡ È¿¼Ò¹ÝÀÀÀ̰í, ¹°Áú´ë»ç´Â ¸ðµÎ°¡ È¿¼Ò°è¿¡ ÀÇÁ¸Çϰí ÀÖ´Ù.

restriction enzyme

¼÷ÁÖÁö¹è¼ºÁ¦ÇÑ¿¡ °ü¿©Çϰí ÀÖ´Â È¿¼Ò·Î DNAÀÇ Æ¯Á¤ÇÑ ¿°±â¹è¿­À» ½Äº°ÇÏ¿© ÀÌÁß°¡´ÚÀ» Àý´ÜÇÏ´Â ¿£µµ´ºÅ¬·¹¾ÆÁ¦.

¿©·¯ °¡Áö ¼¼±Õ·ù·ÎºÎÅÍ Æ¯À̼ºÀÌ ´Ù¸¥ È¿¼Ò°¡ Á¤Á¦µÇ¾î ÀÖ´Ù.

PCR

PCRÀº À¯ÀüÀÚ¸¦ ÁõÆøÇÒ ¶§¿¡ ºó¹øÈ÷ »ç¿ëµÈ´Ù. DNAÆú¸®¸Ó¶ó¾ÆÁ¦ÀÇ ¿¬¼ÓÀû¹ÝÀÀ¹ý(polymerase chain reaction)ÀǾàÀÚ.

DNAÆú¸®¸Ó¶ó¾ÆÁ¦°¡ ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¦ ÀÌ¿ëÇÏÁö ¾ÊÀ¸¸é DNAÇÕ¼ºÀ» °³½ÃÇÒ ¼ö ¾ø´Ù°í ÇÏ´Â ¼ºÁúÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿©, DNA°¡ ¶³¾îÁø 2Á¡°£¿¡ °áÇÕÇÏ´Â ÇÁ¶óÀ̸Ӹ¦ »ç¿ëÇÏ¿© ±× µ¿¾ÈÀÇ DNA¸¸À» ÁõÆø½ÃŰ´Â ¹ÝÀÀ¹æ¹ý. ¹Ì·®ÀÇ DNA¸¦ °ËÃâ °¡´ÉÇÑ ¾ç±îÁö ÁõÆø½ÃŰ°Å³ª ¿°»öü ÀüüÀÇ DNA¿¡¼­ ƯÁ¤ ¿µ¿ª¸¸À» ÁõÆø½ÃÄÑ Á¶»çÇÏ´Â µ¥ À¯È¿ÇÏ´Ù.

DNA

µð¿Á½Ã¸®º¸ÇÙ»ê(deoxyribonucleic acid) ȤÀº µð¿Á½ÃÆæÅä¿À½ºÇÙ»ê(deoxy- pentose nucleic acid)ÀÇ ¾àĪ

´ç¼ººÐÀÎ D-2-µð¿Á½Ã¸®º¸¿À½ºÀÎ ÇÙ»ê. À¯ÀüÀÚÀÇ º»Ã¼. ¿°±â·Î¼­ ¾Æµ¥´Ñ, ±¸¾Æ´Ñ, ½ÃÅä½Å, Ƽ¹Î ¿Ü¿¡ ¼Ò·®ÀÇ ¸ÞÆ¿ È­¿°±â, Áï 5-¸ÞÆ¿½ÃÅä½Å, 6-¸ÞÆ¿¾Æ¹Ì³ëÇ»¸° µîÀÌ ÇÔÀ¯µÈ´Ù. ´ºÅ¬·¹¿À½Ãµå°¡ 3',5'-Àλêµð¿¡½ºÅ׸£°áÇÕÀ¸·Î ¿¬¼ÓÇØ ÀÖ´Â Æú¸®´ºÅ¬·¹¿ÀƼµå»ç½½ÀÌ 2°¡´Ú, ¿°±â°£ÀÇ ¼ö¼Ò°áÇÔ¿¡ ÀÇÇØ ÀÌÁß³ª¼±±¸Á¶¸¦ Çü¼ºÇϰí ÀÖ´Ù.

EMBOSS

The European Molecular Biology Open Software Suite ÀÇ ¾àÀÚ. EMBOSS´Â ½ÃÄö½º ºÐ¼®¿ë °ø°³ ¼ÒÇÁÆ®¿þ¾îÀÔ´Ï´Ù.

DNA cloning

ÀçÁ¶ÇÕ DNA½ÇÇè¿¡¼­ ƯÁ¤ÇÑ DNA´ÜÆíÀ» º¤ÅÍDNA¿¡ °áÇÕÇÏ¿© ¼÷ÁÖ¼¼Æ÷¿¡ µµÀÔ½ÃÄÑ ±× DNA´ÜÆíÀ» ÁõÆø½ÃŰ´Â Á¶ÀÛ.

ƯÁ¤ÇÑ À¯ÀüÀÚ¸¦ ´ë»óÀ¸·Î ÇÏ´Â °æ¿ì¿¡´Â À¯ÀüÀÚŬ·Î´×(gene cloning)À̶ó°í ÇÑ´Ù.

Ligation

µÎ°¡´Ú DNA ½ÃÄö½ºÀÇ µÎ ³¡À» ¼­·Î ºÙÀÌ´Â ¹ÝÀÀÀÔ´Ï´Ù.

º¸Åë ÀÌ ¹ÝÀÀÀÇ T4 ÆÄÁö(bacteriophage T4) À¯·¡ÀÇ DNA Á¢ÇÕÈ¿¼Ò(T4 DNA lagase)¿¡ ÀÇÇØ ÀÌ·ç¾îÁý´Ï´Ù.

site specific recombination

site specific recombinationÀº ÀçÁ¶ÇÕ È¿¼Ò(¿¹: ¶÷´Ù ÆÄÁö ÀÎÅ×±×¶óÁ¦, P1 ÆÄÁö À¯·¡ÀÇ cre )°¡ ƯÁ¤ ½ÃÄö½º(att site)¸¦ ¼­·Î ġȯÇÏ´Â ÀçÁ¶ÇÕ ¹ÝÀÀÀ» ¸»ÇÕ´Ï´Ù.

ÀÌ ÇÁ·Î±×·¥Àº ±×Áß ¶÷´Ù ÆÄÁö(bacteriophage lambda)À¯·¡ÀÇ ÀçÁ¶ÇÕ ½ÃÄö½º(att site)°£ÀÇ À§Ä¡ ƯÀÌÀû ÀçÁ¶ÇÕ ¹ÝÀÀ(site specific recombination)À» ½Ã¹Ä·¹À̼ÇÇÏ¿© ¹ÝÀÀ °á°ú ½ÃÄö½º¸¦ ¸¸µé¾î ÁÝ´Ï´Ù.

ÁÖ¼®

[1]

ÁßÇÕÈ¿¼Ò ¿¬¼â¹ÝÀÀ(PCR): ƯÁ¤ DNAºÎÀ§¸¦ ƯÀÌÀûÀ¸·Î ¹Ýº¹ ÇÕ¼ºÇÏ¿© ¿øÇÏ´Â DNA ºÐÀÚ¸¦ ÁõÆø½ÃŰ´Â ¹æ¹ý

[2]

ÇÁ¶óÀ̸Ó(Primer): ´ë»ó DNAÀÇ ¾çÂÊ ³¡¿¡¼­ ¾ÈÂÊÀ¸·Î ¾à 20bp ³»¿ÜÀÇ ¿°±â¼­¿­¿¡ ´ëÀÀÇÏ´Â oligonucleotide¸¦ DNA ÇÕ¼º±â·Î ÇÕ¼ºÇÑ °Í

[3]

ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ® ½ÃÄö½º(Plain Sequence): ÀÏÁ¤ÇÑ Çü½ÄÀ» °¡ÁöÁö ¾Ê°í DNA ½ÃÄö½º¸¦ Ç¥ÇöÇÏ´Â ºÎºÐ¸¸ °¡Áö°í ÀÖ´Â ÇüÅÂÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ ÁöĪÇÕ´Ï´Ù.

[4]

°áÇÕ(Annealing): "The Wallace Rule" Tm(¡ÆC)=2(A+T)+4(G+C)

[5]

¶óÀ̰ÔÀ̼Ç(Ligation) : linear ½ÃÄö½ºÀÇ ³¡ÀÌ ¼­·Î ºÙ¾î Çϳª°¡ µÇ´Â ¹ÝÀÀ

[6]

Á¦ÇÑÈ¿¼Ò(restriction enzyme): DNAÀÇ Æ¯Á¤ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÎÁöÇÏ¿© ÀÚ¸£´Â È¿¼Ò

[7]

Polymerase Chain Reaction

[8]

T-vector Ŭ·Î´× ¸ñÀûÀÇ PCR °á°ú ½ÃÄö½º ¾ç ³¡ÀÇ 5'¿¡ A(Adenine)¸¦ ºÙÀÌ´Â ±â´É

[9]

CodonÀº Amino acid·Î ¹Ù²ð ¼ö ÀÖ´Â 3°³ÀÇ DNAÀÇ ³ª¿­À» ¸»ÇÑ´Ù. Codon TableÀº 3°³ÀÇ ´ºÅ¬·¹¿ÀŸÀ̵尡 Amino acid·Î ¹Ù²î´Â ±ÔÄ¢À» Á¤¸®ÇÑ TableÀÌ´Ù

[10]

codon¿¡´Â start codon°ú stop codon ÀÌ ÀÖ´Ù. start codon¿¡ ½ÃÀÛÇÏ¿© stop codon±îÁö¸¦ ORF¶ó ÇÑ´Ù. start codon°ú stop codonÀº °°Àº frameÀ̾î¾ß ÇÑ´Ù.

[11]

´ºÅ¬·¹¿ÀŸÀ̵带 ATGCÀÌ¿ÜÀÇ ´Ù¸¥ ½ÄÀ¸·Î Ç¥Çö