4.1. RestrictionAnalyzer

RestrictionAnalyzer는 시퀀스에서 제한효소[1]의 인식 시퀀스를 찾는 프로그램입니다.

선택한 제한효소들이 시퀀스의 어느 곳을 자르는지 텍스트 맵이나 테이블로 볼 수 있으며 Translation옵션을 통해 맵에서 DNA 시퀀스와 amino acid 시퀀스를 함께 보는 것이 가능하여 분석을 더 쉽게 할 수 있습니다.

RestrictionAnalyzer에서 사용하는 제한효소들은 EnCyclon에서 사용되는 제한효소 리스트에서 확인할 수 있으며, 분석에 사용하고자 하는 제한효소를 선택하는 방법은 제한효소 인식 시퀀스의 길이에 의해서 일괄선택("Enzyme Set")하거나 제한효소 입력 창에 제한효소 이름을 직접 넣는 방법을 사용할 수 있습니다. 여러 개의 제한효소를 입력할 때는 제한효소를 공백이나 ","로 구분하여 적으면 됩니다.

"Max cut limited" 옵션은 제한효소 Cutting 회수를 제한하여 제한효소를 보고자 할 때 사용하는 옵션입니다. "Unlimited"는 cutting site가 하나라도 발견되는 제한효소를 모두 보겠다는 것이며, "__ Sites"는 지정한 개수 이하의 cutting site가 발견되는 제한효소만 보고자 할 때 사용합니다.

RestrictionAnalyzer 결과는 Table, Enzyme list, Map으로 표현됩니다. 각각 출력 옵션은 다음과 같습니다.

Table 출력은 발견된 제한효소 cutting 위치가 발견된 횟수와 cutting 위치를 출력합니다. 제한효소 이름순(알파벳 순), cutting 횟수, cutting 위치에 따라 정렬 가능합니다.

Enzymes list 출력은 시퀀스에 적용한 제한효소를 Cutting 회수에 따라 분류하여 출력한 것입니다. "No Cut"은 한번도 시퀀스를 자르지 못하는 제한 효소를 의미하며, "Cut Included"은 한번 이상 "Max Cut"이하의 Cutting 횟수를 가지는 제한효소, "Over Cut"은 "Max Cut" 이상의 Cutting 횟수를 가지는 제한효소를 의미합니다.

Map 출력 옵션은 "Single Strand"옵션이 선택되면 입력 시퀀스의 상위 스트랜드(Upper strand)만 보여주며, "Double Strand"옵션이 선택되면 Complementary 스트랜드도 출력합니다. 또한 한 줄에 출력할 DNA 시퀀스 길이를 조정하는 옵션, 가장 긴 ORF 구간이나 임의로 설정된 구간의 Translation된 Amino acid 시퀀스 출력여부를 선택하는 옵션이 있습니다.