Map에 표시되는 제한효소는 옵션을 이용하여 선택적으로 표시 할 수 있고 ORF Search를 통하여 검색된 ORF를 표시할 수 있습니다. 또한 사용자가 원하는 영역을 Feature에 추가하여 Map에 추가할수 있고, Map에 표시된 Feature중 불필요한 Feature를 삭제할 수 있습니다.
Analysis Options을 선택하면 제한효소를 표시하며, 기본으로 사용되는 제한효소는 EnCyclon에서 사용되는 제한효소 리스트에서 확인할 수 있습니다.
Display Enzyme with position을 선택하면 제한효소를 표시할때 이름과 위치를 함께 표시해 줍니다. 나머지 Analysis Options은 RestrictionAnalyzer과 동일합니다.
Show Feature를 선택하면 시퀀스의 feature를 보여주는데 NGSF, Genbank 형식일 경우 해당 포멧의 feature를 표시하고, 그 외의 형식일 경우 ORF search를 통하여 검색된 ORF를 표시합니다.
Plasmid Map의 결과는 입력된 시퀀스의 이미지 맵과, 맵에 표시된 feature를 테이블 형식으로 보여줍니다.
이미지 맵은 기본적으로 시퀀스와 그 길이가 표시되는데 옵션에 의해 feature와 enzyme site가 표시됩니다. 시퀀스를 기준으로 linear일때 feature는 시퀀스 아래쪽에, enzyme site는 시퀀스 위쪽에 표시하고, circular일때 feature는 시퀀스 안쪽에 enzyme은 시퀀스 바깥쪽에 표시합니다.
feature는 NGSF 기준으로 CDS, Promoter, Other가 표시됩니다. CDS는 회색, Promoter는 흰색, Other는 오랜지색으로 표시하고 Other를 제외한 나머지는 방향성을 표현합니다.
테이블 형식으로 보여진 feature는 각각의 feature마다 체크박스를 선택하고 DEL 버튼을 클릭해서 삭제할 수 있습니다. 또한 Edit 버튼을 클릭하여 feature 내용을 편집할 수 있습니다.
이미지 맵에 새로운 feature를 추가할 때는 추가할 feature의 타입, 영역, 방향, 이름을 기록하고 Add Feature 버튼을 클릭해서 추가합니다.