6Àå. FAQ: Frequently Asked Questions

1. ÀϹÝÀûÀÎ Áú¹®
6.1.1. EnCyclonÀº ¹«¾ùÀԴϱî?
6.1.2. EnCyclonÀº À¯·áÀԴϱî?
6.1.3. ºÐ¼®ÇÑ ½ÃÄö½º°¡ ¼­¹ö¿¡ ÀúÀåµÇ°Å³ª À¯ÃâµÉ À§ÇèÀº ¾ø³ª¿ä? EnCyclonÀÇ º¸¾ÈÁ¤Ã¥¿¡ ´ëÇØ ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.1.4. ¹ö±×(Bug)°¡ ÀÖ´Â °Í °°½À´Ï´Ù. ¾îµð¿¡ ¿¬¶ôÇÏ¸é µË´Ï±î?
6.1.5. EnCyclonÀº »ó´çÈ÷ À¯¿ëÇÑ °Í °°½À´Ï´Ù. ȸ»ç ¼­¹ö¿¡ ¼³Ä¡ÇÏ°í ½ÍÀºµ¥ ÆÐŰÁö´Â ¾îµð¼­ ´Ù¿î ¹ÞÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?
6.1.6. ºÐ¼® ÈÄ Back ¹öưÀ» ´©¸£¸é ½ÃÄö½º°¡ »ç¶óÁý´Ï´Ù. ¾î¶»°Ô ÇÏ¸é µÉ±î¿ä?
6.1.7. ÇѱÛÀÌ º¸ÀÌÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.
6.1.8. ½ÃÄö½º ÀÔ·Â ¹Ú½ºÀÇ linear ¿Í circular¸¦ ¼±ÅÃÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̸¦ ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
2. ·Î±×ÀÎ °ü·Ã
6.2.1. ·Î±×ÀÎÀÌ µÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.
6.2.2. ºñ¹Ð¹øÈ£¸¦ Àؾî¹ö·ÈÀ» °æ¿ì´Â ¾î¶»°Ô ÇØ¾ßµÇ³ª¿ä?
3. PlasmidMap
6.3.1. µðÆúÆ®·Î ÁöÁ¤µÇ¾î ÀÖ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼ÒÀÇ ¸ñ·ÏÀ» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.3.2. Çѵΰ¡Áö Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¿¡ ´ëÇØ¼­¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÇµµ·Ï ÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
6.3.3. Unique cutting site¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
6.3.4. ¸ÊÀÌ ·ÎµùµÇ´Â ½Ã°£ÀÌ ¿À·¡ °É¸³´Ï´Ù.
6.3.5. ¸ÊÀÌ Ç¥½ÃµÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.
6.3.6. ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÇ´Â È­»ìÇ¥ÀÇ ¹æÇâ°ú »ö»óÀ» ¹Ù²Ü ¼ö ÀÖ³ª¿ä?
6.3.7. Plasmid Map ÇÁ·Î±×·¥¿¡¼­ Çѹø ÆíÁýµÈ ¸ÊÀ» ³ªÁß¿¡ ¶È°°ÀÌ ±×¸± ¼ö ÀÖ³ª¿ä?
6.3.8. Circular map À» linear mapÀ¸·Î ¹Ù²Ù°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.3.9. ±×·ÁÁø Çö󽺹̵åÀÇ À̸§À» ¹Ù²Ù·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
6.3.10. ÇÃ¶ó½º¹Ìµå ¸ÊÀÇ µðÆúÆ® ºÐ¼® ¿É¼Ç¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØ ÁÖ¼¼¿ä.
4. CyCloner
4.1. PrimerDesigner
6.4.1.1. Popular enzymes, General enzymesÀº ¹«¾ùÀԴϱî? ¶ÇÇÑ ¾î¶² Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ÀÖ½À´Ï±î?
6.4.1.2. ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ÅÛÇ÷¹ÀÌÆ®(Template) ½ÃÄö½º°¡ °áÇÕ(Annealing)À» °áÁ¤ÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ¾î¶² ¹æ¹ýÀ» ÀÌ¿ëÇմϱî?
4.2. A-Ligator
6.4.2.1. A-Ligator¿¡¼­ ½ÃÄö½º ³¡À» ÀνÄÇÏ´Â ¹æ¹ýÀÌ ±Ã±ÝÇÕ´Ï´Ù.
5. SeqSenser
5.1. RestrictionAnalyzer
6.5.1.1. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®´Â ¾îµð¼­ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?
6.5.1.2. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ãß°¡ÇÏ°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.5.1.3. Max cut limited ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̸¦ ¾Ë·ÁÁÖ¼¼¿ä.
6.5.1.4. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼® °á°ú¸¦ ´Ù½Ã Á¤·ÄÇÏ°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.5.1.5. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®°á°ú¿Í translation °á°ú¸¦ ÇÔ²² º¸·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
6.5.1.6. Translation optionÀÇ Ã¼Å©¹Ú½º¸¦ ´©¸£´Ï Á¦ÀÏ ±ä ÇϳªÀÇ ORF¸¸ Ç¥½ÃµÇ´Â °Í °°½À´Ï´Ù. ù ¹øÂ° ½ÃÄö½ººÎÅÍ ¾Æ¹Ì³ë»êÀ» Ç¥½ÃÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?
5.2. PCRAnalyzer
6.5.2.1. Lower attached primer °¡ ¾ø´Ù´Â ¿¡·¯ ¸Þ½ÃÁö°¡ Ãâ·ÂµË´Ï´Ù.
6.5.2.2. PCR analyzer¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Tm °è»ê¹ýÀ» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.5.2.3. Ãâ·ÂµÈ Primer annealing map¿¡¼­ primer°¡ template »ó´Ü¿¡ ÀÖÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ°í ÇÏ´Ü¿¡ ÀÖÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ½À´Ï´Ù. °¢°¢ÀÇ Â÷ÀÌ´Â ¹«¾ùÀ» ÀǹÌÇϳª¿ä?
5.3. PatternFinder
6.5.3.1. PatternFinder´Â ¹«¾ùÀ» ÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥Àΰ¡¿ä?
6.5.3.2. PatternFinder·Î transcription factor binding site¸¦ °Ë»öÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?
6.5.3.3. BL2SeqN Àº ¹«¾ùÀ» ÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥Àΰ¡¿ä?
6.5.3.4. BL2SeqN °ú EMBOSSÀÇ Needle, Water ÇÁ·Î±×·¥ÀÇ °øÅëÁ¡°ú Â÷ÀÌÁ¡À» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.
6.5.3.5. Gap penalty¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØ ÁÖ¼¼¿ä.
6.5.3.6. Filter üũ¹Ú½º¸¦ ´©¸£¸é ºÐ¼®°á°ú °ª¿¡¼­ ¹«¾ùÀÌ ´Þ¶óÁö³ª¿ä?
6. WorkBench
6.6.1. WorkBench°¡ º¸ÀÌÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.
7. EMBOSS
6.7.1. EMBOSS´Â ¹«¾ùÀԴϱî?
6.7.2. EMBOSS¿¡´Â ´Ù¸¥ ¸¹Àº ÇÁ·Î±×·¥µµ Æ÷ÇԵǾîÀÖ´Â °ÍÀ¸·Î ¾Ë°í ÀÖ½À´Ï´Ù. ´Ù¸¥ ÇÁ·Î±×·¥µéÀº ¾îµð¼­ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

1. ÀϹÝÀûÀÎ Áú¹®

6.1.1. EnCyclonÀº ¹«¾ùÀԴϱî?

EnCyclon »ç¿ëÀÚ ¾È³»¼­ÀÇ EnCyclonÀº ¹«¾ùÀΰ¡? Ç׸ñÀ» ÂüÁ¶ÇϽʽÿÀ.

6.1.2. EnCyclonÀº À¯·áÀԴϱî?

EnCyclonÀº ¹«·á·Î »ç¿ë°¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.

±×·¯³ª EnCyclon¿¡ Æ÷ÇÔµÈ ÇÁ·Î±×·¥À» »ç¿ëÇϱâ À§Çؼ­´Â »ç¿ëÀÚ µî·ÏÀÌ ÇÊ¿äÇÕ´Ï´Ù. »ç¿ëÀÚ µî·Ï¿¡ ÇÊ¿äÇÑ Á¤º¸´Â »ç¿ë·® Åë°è¸¦ À§ÇÏ¿© ¼öÁýÇÏ´Â °ÍÀ¸·Î ¾î¶² ´Ù¸¥ ¸ñÀûÀ¸·Î »ç¿ëµÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù. ´Ü. RestrictionAnalyzer´Â »ç¿ëÀÚ µî·ÏÀ» ÇÏÁö¾Ê°í »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.1.3. ºÐ¼®ÇÑ ½ÃÄö½º°¡ ¼­¹ö¿¡ ÀúÀåµÇ°Å³ª À¯ÃâµÉ À§ÇèÀº ¾ø³ª¿ä? EnCyclonÀÇ º¸¾ÈÁ¤Ã¥¿¡ ´ëÇØ ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

»ç¿ëÀÚ°¡ ºÐ¼®ÇÑ ½ÃÄö½º³ª °á°ú´Â Workbench ±â´ÉÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ´Ù½Ã »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖµµ·Ï Çϱâ À§ÇØ ¼­¹ö¿¡ ÀÓ½ÃÀûÀ¸·Î ÀúÀåµË´Ï´Ù. ÇÏÁö¸¸ »ç¿ëÀÚ°¡ À¥ ºê¶ó¿ìÀú¸¦ ´Ý¾ÒÀ» °æ¿ì ¼­¹ö¿¡ ³²°ÜÁø ¸ðµç °á°ú´Â ÀÚµ¿À¸·Î »èÁ¦µÇ¸ç, ÀÌÀü¿¡ »ç¿ëÇß´ø ½ÃÄö½º³ª ºÐ¼® °á°ú¸¦ Á¢±ÙÇÒ ¼ö ÀÖ´Â ¹æ¹ýÀº ¾ø½À´Ï´Ù.

µû¶ó¼­ ÀÔ·ÂÇϽнÃÄö½º´Â ³×Æ®¿öÅ© Packet ÇØÅ·À» Á¦¿ÜÇÏ¸é ¾î¶°ÇÑ ´©±¸µµ ¿ÜºÎ¿¡¼­ Á¢±ÙÇÒ ¼ö ¾ø½À´Ï´Ù.

6.1.4. ¹ö±×(Bug)°¡ ÀÖ´Â °Í °°½À´Ï´Ù. ¾îµð¿¡ ¿¬¶ôÇÏ¸é µË´Ï±î?

¹ö±×°¡ ¹ß»ýÇÑ ½ÃÄö½º¿Í ÇÁ·Î±×·¥ ±×¸®°í ±×¶§ »ç¿ëÇÑ ¿É¼ÇÀ» Bioinformatics Team À¸·Î º¸³»ÁֽʽÿÀ.

6.1.5. EnCyclonÀº »ó´çÈ÷ À¯¿ëÇÑ °Í °°½À´Ï´Ù. ȸ»ç ¼­¹ö¿¡ ¼³Ä¡ÇÏ°í ½ÍÀºµ¥ ÆÐŰÁö´Â ¾îµð¼­ ´Ù¿î ¹ÞÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

¾ÆÁ÷ Á¤½ÄÀ¸·Î ÆÐŰÁöÈ­ÇØ¼­ ÆÇ¸Å´Â ÇÏÁö ¾Ê°í ÀÖ½À´Ï´Ù. °ü½ÉÀÌ ÀÖÀ¸½Ã´Ù¸é Business Contacts À¸·Î ¸ÞÀÏÀ» ³²°Ü ÁֽʽÿÀ.

´Ù¸¸ ÇâÈÄ¿¡ ³ª¿Ã EnCyclon Enterprise ¹öÀüÀº Áö±ÝÀÇ ±â´ÉÀ» Á» ´õ ¹ßÀü½ÃÄÑ Desktop¿ëÀ¸·Î ³ª¿Ã °èȹÀÔ´Ï´Ù.

6.1.6. ºÐ¼® ÈÄ Back ¹öưÀ» ´©¸£¸é ½ÃÄö½º°¡ »ç¶óÁý´Ï´Ù. ¾î¶»°Ô ÇÏ¸é µÉ±î¿ä?

EnCyclon¿¡¼­´Â ÃÖÃÊ ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½ºµé¿¡ ´ëÇÑ ÅëÇÕ °ü¸®°¡ °¡´ÉÇϵµ·Ï Çϱâ À§ÇØ WorkBench¶ó´Â ½ÃÄö½º °ü¸®±â¸¦ Áö¿øÇÕ´Ï´Ù. ¸Þ´º¿¡ ÀÖ´Â WorkBench ¹öưÀ» ´©¸£½Ã¸é ÀÌÀü¿¡ ÀÛ¾÷Çß´ø ½ÃÄö½ºµé°ú °¢ ½ÃÄö½ºµé¿¡ ´ëÇØ ¼öÇàÇß´ø ºÐ¼®°á°ú¸¦ ÀçÀÛ¾÷ ¾øÀÌ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

¶ÇÇÑ ¸ðµç ºÐ¼® ÇÁ·Î±×·¥ÀÇ ½ÃÄö½º ÀÔ·Ââ »ó´Ü¿¡´Â LoadSequence¶ó´Â ¹öưÀÌ ÀÖÀ¸¸ç ÀÌ ¹öưÀ» ´©¸£¸é WorkBench ¿¡ ÀúÀåµÈ ½ÃÄö½º¸¦ °¢ ½ÃÄö½º ÀÔ·Ââ¿¡ ÀÚµ¿À¸·Î ÀÔ·ÂÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.1.7. ÇѱÛÀÌ º¸ÀÌÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

EnCyclonÀº Çѱ۰ú ¿µ¹® µÎ °¡Áö ¾ð¾î¸¦ Áö¿øÇϰí ÀÖ½À´Ï´Ù. EnCyclon ½ÃÀÛ ÆäÀÌÁö ¿ÞÂÊ »ó´Ü¿¡ À§Ä¡ÇÑ ¾ð¾î ¼±Åà ¸µÅ©¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ¿øÇÏ´Â ¾ð¾î·Î ¼³Á¤ÇϽʽÿÀ. À̶§ º¯°æµÈ ¾ð¾î´Â »ç¿ëÀÚÀÇ À¥ ºê¶ó¿ìÀú ÄíŰ ±â´ÉÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ÀÚµ¿ ÀúÀåµÇ¸ç, ´ÙÀ½ Á¢¼ÓºÎÅÍ´Â ¼±Á¤µÈ ¾ð¾î·Î Á¢¼ÓÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

±âº» ¾ð¾î´Â ¿µ¾î·Î ¼³Á¤µÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.1.8. ½ÃÄö½º ÀÔ·Â ¹Ú½ºÀÇ linear ¿Í circular¸¦ ¼±ÅÃÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̸¦ ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

A, T, G, C ¸¸À» Æ÷ÇÔÇÏ´Â ´Ü¼ø ½ÃÄö½º ¹®ÀÚ¿­À» ÀÔ·ÂÇßÀ» °æ¿ì ÀÌ ½ÃÄö½º¿¡´Â ¼±Çü DNAÀÎÁö ¿øÇü DNAÀÎÁö¿¡ ´ëÇÑ Topology Á¤º¸°¡ Æ÷ÇԵǾî ÀÖÁö ¾Ê½À´Ï´Ù. ±×·¯³ª ºÐ¼® ÇÁ·Î±×·¥Àº Topology Á¤º¸°¡ ´Ù¸¦ °æ¿ì ´Ù¸¥ °á°ú°ªÀ» »êÃâÇÕ´Ï´Ù. ¿¹¸¦ µé¾î 1 kb Å©±âÀÇ DNA¸¦ Á¦ÇÑ È¿¼Ò·Î Àý´ÜÇßÀ» °æ¿ì EnCyclonÀÇ Cutter¶ó´Â ÇÁ·Î±×·¥Àº °¢ ´ÜÆíÀÇ ½ÇÀç Å©±â ¸®½ºÆ®¸¦ °è»êÇØ Áִµ¥ ¼±Çü DNA¿Í ¿øÇü DNA¿¡¼­´Â °á°ú °ªÀÌ ´ç¿¬È÷ ´Þ¶óÁú ¼ö ¹Û¿¡ ¾ø½À´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ Ã¹¹øÂ° base¿Í ¸¶Áö¸· base °¡ ¿øÇüÀ¸·Î ¿¬°áµÇ¾î ÀÖÀ» °æ¿ì¿¡´Â ÀÌ À§Ä¡¿¡µµ PCR primer¸¦ µðÀÚÀÎ ÇÏ°í ½ÇÀç PCR¹ÝÀÀµµ ¼öÇàÇÒ ¼ö ÀÖÁö¸¸ ¼±ÇüÀÏ °æ¿ì¿¡´Â ½ÇÇèÀûÀ¸·Îµµ ºÒ°¡´ÉÇÒ °ÍÀÔ´Ï´Ù. EnCyclonÀº ½ÇÀç ½ÇÇè °úÁ¤¿¡¼­ ÀϾ´Â »óȲÀ» Á¤È®È÷ ¹Ý¿µÇϱâ À§ÇØ DNA topology¸¦ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÔ·ÂÇÑ »ç¿ëÀÚ°¡ ¼±Åà ¹Ú½º¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ÁöÁ¤ÇÒ ¼ö ÀÖµµ·Ï ÇÏ¿´½À´Ï´Ù.

´Ü, NCBI, NGSF ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ Çü½ÄÀÇ °æ¿ì´Â ±× ½ÃÄö½º Çü½Ä ÀÚü¿¡ ½ÃÄö½ºÀÇ TopologyÇüŸ¦ Æ÷ÇÔÇϰí Àֱ⠶§¹®¿¡ ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ ³»¿¡ Æ÷ÇÔµÈ Topology¸¦ ¿ì¼±ÀûÀ¸·Î ÀνÄÇϵµ·Ï µÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù.

»ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½ºÀÇ Topology¸¦ ÀνÄÇÏ´Â ¿ì¼± ¼øÀ§´Â ´ÙÀ½°ú °°½À´Ï´Ù.

  1. ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ ³»ÀÇ Topology Á¤º¸: GenBank, EMBL, NGSF ÀÇ °æ¿ì

  2. »ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·Ââ¿¡¼­ ¼±ÅÃÇÑ Topology Á¤º¸: FASTA, ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ®ÀÇ °æ¿ì

  3. ÀÌ ¿ÜÀÇ °æ¿ì´Â Linear·Î ÀνÄÇÕ´Ï´Ù.

EnCyclonÀÇ ±â´ÉÀ» ÃÖ´ëÇÑ »ç¿ëÇÏ·Á¸é NGSF Çü½ÄÀ» ÀÌ¿ëÇϽʽÿÀ.

2. ·Î±×ÀÎ °ü·Ã

6.2.1. ·Î±×ÀÎÀÌ µÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

EnCyclonÀº »ç¿ëÀÚ ¾ð¾î¼³Á¤, »ç¿ëÀÚ ·Î±×ÀÎ ºÎºÐ¿¡ ÄíŰ ±â´ÉÀ» »ç¿ëÇϰí ÀÖ½À´Ï´Ù. »ç¿ëÁßÀÎ ºê¶ó¿ìÀú°¡ Äí۸¦ »ç¿ë °¡´ÉÇϵµ·Ï ¼³Á¤ÇØÁֽʽÿÀ.

ºê¶ó¿ìÀú°¡ Äí۸¦ ¼³Á¤ÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ÀÎÅÍ³Ý ÀͽºÇ÷η¯¸¦ ±âÁØÀ¸·Î [¸Þ´º ' µµ±¸ ' ÀÎÅÍ³Ý ¿É¼Ç]À» ¼±ÅÃÇÑ ÈÄ º¸¾ÈÅÇÀ» ¼±ÅÃÇÏ°í º¸¾È¼öÁØÀ» "º¸Åë"À¸·Î ¼³Á¤ÇÏ¿© ÁֽʽÿÀ.

±×·¡µµ µÇÁö ¾ÊÀ» °æ¿ì¿¡´Â ÀÓ½ÃÀÎÅÍ³Ý ÆÄÀϵéÀ» »èÁ¦ ÈÄ ´Ù½Ã ·Î±×ÀÎÀ» ÇØÁֽʽÿÀ.

6.2.2. ºñ¹Ð¹øÈ£¸¦ Àؾî¹ö·ÈÀ» °æ¿ì´Â ¾î¶»°Ô ÇØ¾ßµÇ³ª¿ä?

¾ÆÀ̵ð, ÆÐ½º¿öµå ã±â¿¡¼­ ¾ÆÀ̵ð¿Í ÆÐ½º¿öµå¸¦ ãÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ȨÆäÀÌÁö¿¡¼­ ¾ÆÀ̵ð, ÆÐ½º¿öµå ã±â¸¦ Ŭ¸¯ÇϽŠ´ÙÀ½ °¡ÀԽÿ¡ ÀÔ·ÂÇϽŠÀ̸ÞÀÏÁÖ¼Ò¸¦ ÀÔ·ÂÇÏ½Ã¸é ÆÐ½º¿öµå º¯°æÀ» À§ÇØ ÇÊ¿äÇÑ ÀÓ½ÃÄڵ带 ¹ÞÀ¸½Ç ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¸ÞÀÏ·Î ÀÓ½ÃÄڵ带 È®ÀÎÇϽŠ´ÙÀ½ À̸ÞÀÏÁÖ¼Ò¿Í À̸ÞÀÏ·Î ¹ÞÀº ÀÓ½ÃÄڵ带 ÀÔ·ÂÇÏ½Ã¸é ÆÐ½º¿öµå¸¦ º¯°æÇÏ½Ç ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

3. PlasmidMap

6.3.1. µðÆúÆ®·Î ÁöÁ¤µÇ¾î ÀÖ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼ÒÀÇ ¸ñ·ÏÀ» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

PlasmidMap¿¡ ±âº»À¸·Î »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò´Â ½ÇÇè½Ç¿¡¼­ °¡Àå ¸¹ÀÌ »ç¿ëµÈ´Ù°í ÆÇ´ÜµÇ´Â ½ÃÄö½º¸¦ ¼³Á¤Çϰí ÀÖ½À´Ï´Ù. ÇØ´ç ¸ñ·ÏÀº EnCyclon¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®¸¦ È®ÀÎÇϽʽÿÀ.

6.3.2. Çѵΰ¡Áö Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¿¡ ´ëÇØ¼­¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÇµµ·Ï ÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ÀԷ â¿¡ ã°íÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò À̸§À» Á÷Á¢ ³Ö´Â ¹æ¹ýÀ» »ç¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¿©·¯ °³ÀÇ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ÀÔ·ÂÇÒ ¶§´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ °ø¹éÀ̳ª ","·Î ±¸ºÐÇÏ¿© ÀûÀ¸¸é µË´Ï´Ù.

EnCyclon¿¡¼­´Â »ç¿ëÀÚÀÇ ½Ç¼ö·Î ÀÔ·ÂµÈ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò À̸§¿¡ ´ëÇÑ ÃæºÐÇÑ ¹öÆÛ ±â´ÉÀ» Á¦°øÇÕ´Ï´Ù. ¿¹¸¦ µé¾î »ç¿ëÀÚ°¡ ŸÀÌÇÎÇÑ EcoRI, ecori, Ecor1, EcoR1, ecor1, ecoR1 µîÀº ¸ðµÎ EcoRI È¿¼Ò·Î ÀνĵǸç, ºÐ¼®°á°ú¿¡ ÀüÇô ¿µÇâÀ» ¹ÌÄ¡Áö ¾Ê½À´Ï´Ù.

6.3.3. Unique cutting site¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

½ÃÄö½º ÀÔ·Ââ ÇÏ´Ü¿¡´Â Max cut limited ¶ó´Â ¼±ÅùöưÀÌ ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀÌ ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̴ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ½ÃÄö½º¸¦ ¸î ȸ ÀÚ¸£´Â°¡¿¡ µû¶ó ¸Ê¿¡ Ç¥ÇöµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò »çÀÌÆ®¸¦ »ç¿ëÀÚ°¡ ¿øÇÏ´Â ´ë·Î º¸¿©ÁÙ ¼ö ÀÖµµ·Ï ÇÏ´Â °ÍÀÔ´Ï´Ù. µðÆúÆ® °ªÀº Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ½ÃÄö½º¸¦ ¸î ¹ø ¹Ýº¹Çؼ­ ÀÚ¸£µçÁö ±¸ºÐÇÏÁö ¾Ê°í Ç¥ÇöÇϵµ·Ï ÁöÁ¤µÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù. ÇÑ ±ºµ¥¸¸ ÀÚ¸£´Â È¿¼Ò¸¸ ¸Ê¿¡ Ç¥ÇöÇÏ°í ½ÍÀ» ¶§´Â ¾Æ·¡ ±×¸²Ã³·³ ¿É¼ÇÀ» ÁöÁ¤ÇØ ÁÖ¸é µË´Ï´Ù. ¸¸¾à ÃÖ´ë 2°÷À» ÀÚ¸£´Â È¿¼Ò¸¸À» Ç¥½ÃÇÏ°í ½ÍÀ» °æ¿ì¿¡´Â ±×¸²¿¡¼­ ¼ýÀÚ¸¸ ¹Ù²Ù¸é µË´Ï´Ù.

6.3.4. ¸ÊÀÌ ·ÎµùµÇ´Â ½Ã°£ÀÌ ¿À·¡ °É¸³´Ï´Ù.

´ÙÀ½ÀÇ µÎ °¡ÁöÀÇ °æ¿ì°¡ ÀÖÀ» ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

- ³×Æ®¿öÅ© ȸ¼±ÀÌ ´À¸° °æ¿ì: ¾î¿ ¼ö°¡ ¾ø±º¿ä^^; Àü¿ë¼± ¾²¼¼¿ä

- ã°íÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò °³¼ö°¡ ¸¹Àº °æ¿ì: Analysis Options À» Á¶ÀýÇÏ¿© ÇÊ¿äÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¸À» Ç¥½ÃÇϵµ·Ï ÇÕ´Ï´Ù. Analysis Options ¿É¼Ç Á¶Á¤ºÎºÐÀº À̰÷À» Âü°í ÇϽʽÿÀ.

6.3.5. ¸ÊÀÌ Ç¥½ÃµÇÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

À߸øµÈ ½ÃÄö½º°¡ ÀԷµǾúÀ» °¡´É¼ºÀÌ Å®´Ï´Ù(¿¡·¯¸Þ½ÃÁö¸¦ È®ÀÎÇØº¸¼¼¿ä). EnCyclonÀÌ ÀνÄÇÒ ¼ö ÀÖ´Â ½ÃÄö½º·Î Çü½ÄÀº NGSF(Neurogenex Sequence Format), GenBank, EMBL, FastA, ÀÏ¹Ý ÅØ½ºÆ® Çü½ÄÀ¸·Î ÀÛ¼ºµÈ ½ÃÄö½º ÀÔ´Ï´Ù. ´Ù¸¥ ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ¸·Î ÀÔ·ÂÇÒ °æ¿ì¿¡´Â ½ÃÄö½º µ¥ÀÌÅÍ ºÎºÐ¸¸ µû·Î ÀÔ·ÂÇϽʽÿÀ. EnCyclon¿¡¼­ Áö¿øÇÏ´Â ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ» ÀÔ·ÂÇßÁö¸¸ ¸ÊÀÌ Ç¥½ÃµÇÁö ¾ÊÀ¸¸é ´ÙÀ½ ¸µÅ©¿¡¼­ Çü½ÄÀ» È®ÀÎ ÈÄ ÀÔ·ÂÇϽʽÿÀ.

EnCyclonÀÌ ÀÔ·Â ¹Þ´Â ½ÃÄö½º Çü½Ä

NGSF(Neurogenex Sequence Format) ¹®¼­

6.3.6. ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµÇ´Â È­»ìÇ¥ÀÇ ¹æÇâ°ú »ö»óÀ» ¹Ù²Ü ¼ö ÀÖ³ª¿ä?

Çö󽺹̵å¸Ê ÇÏ´Ü¿¡ ¸Ê¿¡ Ç¥ÇöµÇ´Â featureµéÀÌ Å×À̺í·Î Ç¥ÇöµÇ¾î ÀÖ½À´Ï´Ù. ¹Ù²Ù°íÀÚ ÇÏ´Â featureÀÇ ¿À¸¥ÂÊ edit ¹öưÀ» ´­·¯ ÆíÁýÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. °¢ Feature º° ±âº» ÁöÁ¤ »ö±òÀº ¾Æ·¡¿Í °°½À´Ï´Ù. FeatureÀÇ ±âº» ÁöÁ¤ »öÀ» ¹Ù²Ù·Á¸é Feature TypeÀ» ¹Ù²Ù¾î¾ß ÇÕ´Ï´Ù.

Ç¥ 6-1. Feature Color

ORF ȸ»ö
CDS »¡°­
Promoter ³ë¶û
Other ÆÄ¶û

È­»ìÇ¥ÀÇ ¹æÇâÀº "direction" ¿¡ ÀÇÇØ °áÁ¤µË´Ï´Ù. FeatureÀÇ ÆíÁýÈ­¸é¿¡¼­ F, R, C·Î ¹æÇâÀ» ¼öÁ¤ÇϽʽÿÀ.

Ç¥ 6-2. Feature Direction

F Forward direction
R Reverse direction
C No direction

º¯°æµÈ featureµéÀº ¹Ù·Î ¸Ê¿¡ Ç¥½ÃµË´Ï´Ù. FeatureÀÇ Ãß°¡ »èÁ¦ º¯°æ¿¡ °ü·ÃµÈ ÀÚ¼¼ÇÑ »çÇ×Àº ´ÙÀ½ ¸µÅ©¿¡¼­ È®ÀÎÇϽʽÿÀ.

EnCyclonÀÌ ÀÔ·Â ¹Þ´Â ½ÃÄö½º Çü½Ä

Plasmid Map Æ©Å丮¾ó

6.3.7. Plasmid Map ÇÁ·Î±×·¥¿¡¼­ Çѹø ÆíÁýµÈ ¸ÊÀ» ³ªÁß¿¡ ¶È°°ÀÌ ±×¸± ¼ö ÀÖ³ª¿ä?

EnCyclonÀº »ç¿ëÀÚ°¡ ½Ã°£À» µé¿© º¯°æÇÑ ¸Ê¿¡ ´ëÇØ ³ªÁß¿¡ ´Ù½Ã ±×¸± Çʿ䰡 ¾øµµ·Ï ¸ÊÀ» ¼öÁ¤ÇÒ ¶§ ½ÃÄö½º ÆÄÀϳ»ÀÇ Feature°¡ ÀÚµ¿ annotation µÇµµ·Ï Áö¿øÇϰí ÀÖ½À´Ï´Ù. 'Save Sequence' ¹öưÀ» ´­·¯ ÆíÁýµÈ ½ÃÄö½º¸¦ ÀúÀåÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀúÀåÆÄÀÏ Çü½ÄÀº 'NGSF' À̸ç, ÀúÀåµÈ ÆÄÀÏÀ» ´Ù½Ã ºÒ·¯ PlasmidMap¸¦ ½ÇÇà½Ã۸é ÀÌÀüÀÇ ¸ÊÀ» ´Ù½Ã º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.3.8. Circular map À» linear mapÀ¸·Î ¹Ù²Ù°í ½Í½À´Ï´Ù.

´Ü¼ø ½ÃÄö½º µ¥ÀÌÅÍ¿¡ ´ëÇØ¼­´Â ½ÃÄö½º ÀÔ·Ââ ¹Ù·Î ¾Æ·¡¿¡ ÀÖ´Â µå·Ó ¹Ú½ºÀÇ "linear"³ª "Circular"¸¦ ¼±ÅÃÇÏ¿© ¿øÇÏ´Â ¸ÊÀ» ±×¸± ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Çѹø Circular ·Î ±×·ÁÁø ¸ÊÀ» Save Sequence ±â´ÉÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ÀúÀåÇÏ¿´À» °æ¿ì EnCyclonÀº ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ Çì´õ(½ÃÄö½ºÀÇ ±âº»ÀûÀÎ Á¤º¸¸¦ ´ã°í Àִ ù¹øÂ° ¶óÀÎ)¿¡ Circular Á¤º¸¸¦ ÀÚµ¿À¸·Î annotation ÇÕ´Ï´Ù. ÀÌ °æ¿ì ½ÃÄö½º Çì´õ¿¡ ÀÖ´Â "circular" ¸¦ "linear"·Î Á÷Á¢ ¹Ù²Ù¾îÁÖ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

Topology Á¤º¸°¡ Æ÷ÇÔµÈ ±âÁ¸ ½ÃÄö½º ÆÄÀÏ (GenBank, EMBL, NGSF µî)À» ¼öÁ¤ÇÏ½Ç ¶§µµ ¸¶Âù°¡Áö·Î Çì´õ ºÎºÐÀ» °íÃļ­ ¸ÊÀ» ±×¸®¸é µË´Ï´Ù. ÀÌ µÎ °¡Áö °æ¿ì¿¡ Á»´õ ¾ÈÀüÇÏ°Ô ½ÃÄö½º¸¦ ¼öÁ¤ÇϽ÷Á¸é EnCyclon¿¡¼­ Á¦°øµÇ´Â SeqEditor ÇÁ·Î±×·¥À» ÀÌ¿ëÇÏ¸é Æí¸®ÇÕ´Ï´Ù.

´Ù¸¥ Çü½ÄµéÀÇ °æ¿ì Topology Ç¥ÇöºÎºÐÀ» ¹Ù²Ù¾îÁÖ´øÁö "SeqEditor" ¿¡¼­ NGSF·Î º¯È¯ ÈÄ À§ÀÇ ¹æ¹ýÀ¸·Î ¹Ù²Ù¾îÁÖ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

6.3.9. ±×·ÁÁø Çö󽺹̵åÀÇ À̸§À» ¹Ù²Ù·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

Ãâ·ÂâÀÇ Save Sequence ¹öưÀ» ´­·¯ ½ÃÄö½º¸¦ ÀúÀå ÈÄ SeqEditor ÀÌ¿ëÇÏ¿© ½ÃÄö½ºÀÇ À̸§À» ÆíÁýÇϽʽÿÀ. SeqEditor ÀÇ ÀÚ¼¼ÇÑ »ç¿ë¹æ¹ýÀº ´ÙÀ½¿¡¼­ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

SeqEditor

6.3.10. ÇÃ¶ó½º¹Ìµå ¸ÊÀÇ µðÆúÆ® ºÐ¼® ¿É¼Ç¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØ ÁÖ¼¼¿ä.

½ÇÇè½Ç¿¡¼­ ÀÚÁÖ »ç¿ëÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò »çÀÌÆ®¿¡ °üÇÏ¿© ºÐ¼®ÇÕ´Ï´Ù ´ÙÀ½Àº °£·«ÇÑ ¿É¼Ç ¼³¸íÀÔ´Ï´Ù.

Analysis Options: ºÐ¼®¿¡ »ç¿ëÇϰíÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¼±ÅÃÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù.

Ç¥ 6-3. Analysis Options

Enzyme set ÀÚÁÖ »ç¿ëÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò, 4 cutter, 6 cutter µîÀ» ¼±ÅÃÇÒ ¼ö ÀÖÀ¸¸ç »ç¿ëÀÚ°¡ ¿øÇÏ´Â È¿¼Ò¸¸À» Á÷Á¢ ŸÀÌÇÎÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÃÖ±Ù »ç¿ëÇÑ È¿¼Ò¿¡ ´ëÇØ¼­´Â Recent ±â´ÉÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© È¿¼Ò ¸®½ºÆ®¸¦ ½±°Ô ºÒ·¯¿Ã ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.
Max cut limited Á¦ÇÑÈ¿¼Ò Cutting ȸ¼ö¸¦ Á¦ÇÑÇÏ¿© Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ º¸°íÀÚ ÇÒ ¶§ »ç¿ëÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù. "Unlimited"´Â cutting site°¡ Çϳª¶óµµ ¹ß°ßµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¸ðµÎ º¸°Ú´Ù´Â °ÍÀ̸ç, "__ Sites"´Â ÁöÁ¤ÇÑ °³¼ö ÀÌÇÏÀÇ cutting site°¡ ¹ß°ßµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¸ º¸°íÀÚ ÇÒ ¶§ »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù
Display Enzyme with position ÀÌ ¿É¼ÇÀ» üũÇϸé Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ç¥½ÃÇÒ ¶§ À̸§°ú Á¤È®ÇÑ À§Ä¡¸¦ ÇÔ²² Ç¥½ÃÇØ ÁÝ´Ï´Ù.

Show Feature: Show Feature(±âº» ¿É¼Ç)À» üũÇÏ¸é ½ÃÄö½ºÀÇ feature¸¦ ¸Ê¿¡ ÀÚµ¿À¸·Î Ç¥ÇöÇÕ´Ï´Ù. ÀÔ·Â ½ÃÄö½º°¡ NGSF, GenBank Çü½ÄÀÏ °æ¿ì ÇØ´ç Çü½ÄÀÇ feature¸¦ Ç¥½ÃÇϰí, ±× ¿ÜÀÇ Çü½ÄÀÏ °æ¿ì ORF ¸¦ ÀÚµ¿ °Ë»öÇÑ °á°ú°ªÀ» Ç¥½ÃÇÕ´Ï´Ù.

ÇÃ¶ó½º¹Ìµå ¸Ê¿¡ °ü·ÃµÈ ÀÚ¼¼ÇÑ ³»¿ëÀº ´ÙÀ½ ¸µÅ©¿¡¼­ È®ÀÎÇϽʽÿÀ.

Plasmid Map Æ©Å丮¾ó

4. CyCloner

4.1. PrimerDesigner

6.4.1.1. Popular enzymes, General enzymesÀº ¹«¾ùÀԴϱî? ¶ÇÇÑ ¾î¶² Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ÀÖ½À´Ï±î?

PrimerDesigner°¡ µðÀÚÀÎÇÑ ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í »ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½º¸¦ PCRÇÏ¿´À» °æ¿ì¿¡ ³ª¿À´Â PCR Product¸¦ ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ Á¦´ë·Î ÀÛµ¿ÇÏ´ÂÁö °Ë»çÇϱâ À§Çؼ­ PCR Analysis¸¦ ¼öÇàÇϸç, ¶ÇÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®À¸·Î °Ë»çÇÏ¿© PCR Product¿¡ ¾î¶² Á¦ÇÑÈ¿¼Ò »çÀÌÆ®°¡ ÀÖ´ÂÁö °Ë»çÇÕ´Ï´Ù. ¿©±â¿¡ ¾²ÀÌ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò Áß ÀÚÁÖ ¾²ÀÌ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ ¹Ì¸® Á¤ÀÇÇØ ³õÀº °ÍÀÔ´Ï´Ù.

°¢ Á¦ÇÑÈ¿¼ÒÀÇ ³»¿ëÀº Popular enzymes, General enzymes ¿¡¼­ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.4.1.2. ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ÅÛÇ÷¹ÀÌÆ®(Template) ½ÃÄö½º°¡ °áÇÕ(Annealing)À» °áÁ¤ÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ¾î¶² ¹æ¹ýÀ» ÀÌ¿ëÇմϱî?

ÇÁ¶óÀÌ¸Ó¿Í ÅÛÇ÷¹ÀÌÆ® ½ÃÄö½ºÀÇ °áÇÕÀ» °áÁ¤ÇÏ´Â ¹æ¹ýÀº ¿©·¯°¡Áö ¹æ¹ýÀÌ ÀÖÁö¸¸ EnCyclon¿¡¼­´Â "The Wallace Rule"À» ÀÌ¿ëÇÏ¿© °è»êÇÕ´Ï´Ù.

The Wallace Rule. Tm(¡ÆC)=2(A+T)+4(G+C)

4.2. A-Ligator

6.4.2.1. A-Ligator¿¡¼­ ½ÃÄö½º ³¡À» ÀνÄÇÏ´Â ¹æ¹ýÀÌ ±Ã±ÝÇÕ´Ï´Ù.

EnCyclonÀº Neurogenex Sequence Format(NGSF) Çü½ÄÀÌ ¾Æ´Ñ ½ÃÄö½º´Â ³¡(cohesive end)À» Blunt·Î ÀνÄÇÕ´Ï´Ù. NGSF¿¡´Â ENDS¶ó´Â Çʵ尡 ÀÖ¾î ENDS¿¡¼­ Ç¥ÇöÇÏ´Â ½ÃÄö½º ³¡À» üũÇÏ¿© Ligation¿©ºÎ¸¦ ÆÇ´ÜÇÏ°Ô µË´Ï´Ù. ENDS¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ ¼³¸íÀº NGSF(Neurogenex Sequence Format)À» Âü°íÇϽʽÿÀ

5. SeqSenser

5.1. RestrictionAnalyzer

6.5.1.1. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ®´Â ¾îµð¼­ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

¹®¼­ ¸Þ´ºÀÇ EnCyclon¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ¸®½ºÆ® Ç׸ñ¿¡¼­ È®ÀÎ ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.5.1.2. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ãß°¡ÇÏ°í ½Í½À´Ï´Ù.

À¥ ¹öÀü¿¡´Â »ç¿ëÀÚ Á¤ÀÇ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò¸¦ Ãß°¡ÇÏ´Â ±â´ÉÀº ¾ø½À´Ï´Ù. ÇöÀç °³¹ßÁßÀÎ µ¥½ºÅ©Åé ¹öÀü¿¡´Â ±â´ÉÀÌ Ãß°¡µÉ °ÍÀÔ´Ï´Ù.

6.5.1.3. Max cut limited ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̸¦ ¾Ë·ÁÁÖ¼¼¿ä.

Á¦ÇÑÈ¿¼Ò Áß Unique Site¸¦ Àý´ÜÇÏ´Â È¿¼Ò´Â À¯ÀüÀÚ Å¬·Î´×°ú À¯ÀüÀÚ ¸Ê ºÐ¼®¿¡ ¸Å¿ì À¯¿ëÇÕ´Ï´Ù. µû¶ó¼­ ÃÖ´ë Àý´Ü »çÀÌÆ® ÀÌ»óÀÇ »çÀÌÆ®¸¦ °¡Áø È¿¼Ò¸¦ ºÐ¼®¿¡ Á¦¿ÜŰ´Â ÀÌ ¿É¼ÇÀ» »ç¿ëÇϸé ÀýµÃÈ¿¼Ò°¡ ÀûÀº È¿¼ÒÀÇ ºÐ¼® °á°ú¸¦ Á¦°øÇϹǷΠÆí¸®ÇÕ´Ï´Ù.

ÀÌ ¿É¼ÇÀÇ Àǹ̴ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®À» ÇϰíÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÚ¸£´Âµ¥ Ƚ¼ö¸¦ ÁöÁ¤ÇÏ´Â ¿É¼ÇÀÔ´Ï´Ù. Unlimited·Î ¼³Á¤µÇ¾îÀÖ´Ù¸é, Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ÀÚ¸£´Â ȸ¼ö¿¡ »ó°ü¾øÀÌ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼® °á°ú¿¡ Æ÷ÇÔÇϰڴٴ ÀǹÌÀÔ´Ï´Ù. ¿©±â¼­ Ƚ¼ö¸¦ ÁöÁ¤ÇÏ°Ô µÇ¸é ºÐ¼®ÇϰíÀÚ ÇÏ´Â Á¦ÇÑÈ¿¼Ò°¡ ½ÃÄö½º¸¦ ÀÚ¸£´Â ȸ¼ö°¡ ÁöÁ¤ÇÑ È¸¼öº¸´Ù ¸¹´Ù¸é ºÐ¼® °á°ú¿¡ Æ÷ÇÔÇÏÁö ¾Ê½À´Ï´Ù. ±×¸®°í Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼® °á°úÀÇ "Enzyme List" Ç׸ñ¿¡ "Over Cut" Ç׸ñÀ¸·Î Ç¥½ÃµË´Ï´Ù.

6.5.1.4. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼® °á°ú¸¦ ´Ù½Ã Á¤·ÄÇÏ°í ½Í½À´Ï´Ù.

ÀÔ·ÂâÀÇ Display Option Ç׸ñ¿¡¼­ Á¤·Ä¹æ¹ýÀ» ¼±ÅÃÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

µðÆúÆ® °ªÀº È¿¼ÒÀÇ À̸§À» ¾ËÆÄºª ¼øÀ¸·Î Á¤·ÄÇÏ¿© º¸¿©ÁÝ´Ï´Ù. Cut count¸¦ ¼±ÅÃÇϽøé Àý´Ü Ƚ¼ö¿¡ µû¶ó ºÐ¼®°á°ú¸¦ º¸¿©ÁÖ¸ç, Cut positionÀ» ¼±ÅÃÇϽøé ÀÔ·Â ½ÃÄö½ºÀÇ À§Ä¡¿¡ µû¸¥ Á¤·Ä °á°ú¸¦ º¸½Ç ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.5.1.5. Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®°á°ú¿Í translation °á°ú¸¦ ÇÔ²² º¸·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

ÀÔ·ÂâÀÇ Display Option ÇÏ´Ü¿¡ À§Ä¡ÇÑ Map¿É¼ÇÀ» ÀÌ¿ëÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù. "Translation" ¿É¼ÇÀ» üũÇÑ µÚ ºÐ¼®À» ¼öÇàÇϽøé Á¦ÇÑÈ¿¼Ò ºÐ¼®°á°ú¿Í translation ºÐ¼®°á°ú¸¦ ÇÔ²² º¸½Ç ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

Translation¿¡ ¼ÓÇÑ ¿É¼ÇÀº ORF Finder³ª TranslationÀÇ ¿É¼Ç°ú µ¿ÀÏÇÕ´Ï´Ù.

6.5.1.6. Translation optionÀÇ Ã¼Å©¹Ú½º¸¦ ´©¸£´Ï Á¦ÀÏ ±ä ÇϳªÀÇ ORF¸¸ Ç¥½ÃµÇ´Â °Í °°½À´Ï´Ù. ù ¹øÂ° ½ÃÄö½ººÎÅÍ ¾Æ¹Ì³ë»êÀ» Ç¥½ÃÇÏ·Á¸é ¾î¶»°Ô Çϳª¿ä?

TranslationÀÇ ±âº» ¿É¼ÇÀº "Longest ORF" ÀÔ´Ï´Ù. À̰ÍÀÇ Àǹ̴ ½ÃÄö½º Áß °¡Àå ±ä ORF¸¸ TranslationÇÏ¿© °á°ú¿¡ Ãâ·ÂÇÑ´Ù´Â ÀǹÌÀÔ´Ï´Ù.

ù ¹øÂ° ½ÃÄö½ººÎÅÍ ¾Æ¹Ì³ë»êÀ» Ãâ·ÂÇϽñ⠿øÇϽŴٸé Translation ¿É¼Ç¿¡¼­ From ___ To ___ ¿¡ 1ºÎÅÍ ¿øÇÏ´Â ¹üÀ§¸¦ ÀÔ·ÂÇÏ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

Translation option °ú °ü°èµÈ ÀÚ¼¼ÇÑ »çÇ×Àº TranslatorÀÇ FAQ¸¦ Âü°íÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù.

5.2. PCRAnalyzer

6.5.2.1. Lower attached primer °¡ ¾ø´Ù´Â ¿¡·¯ ¸Þ½ÃÁö°¡ Ãâ·ÂµË´Ï´Ù.

PCR Product¸¦ ¸¸µé±â À§Çؼ­´Â Upper attached primer¿Í Lower attached primer°¡ ÇÊ¿äÇÕ´Ï´Ù. À§ÀÇ ¿¡·¯´Â upper strand¿¡´Â ÀÔ·ÂµÈ ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ annealing µÇ¾úÀ¸³ª lower strand¿¡´Â ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ annealing µÇÁö ¾Ê¾Æ PCR Product¸¦ ¸¸µéÁö ¸øÇÑ´Ù´Â ¿¡·¯ÀÔ´Ï´Ù.

¶Ç ´Ù¸¥ ÀÌÀ¯·Î ÀÔ·ÂÇÑ ÇÁ¶óÀ̸Ӱ¡ Á¦´ë·Î ½ÃÄö½º¿¡ AnnealingµÇ¾ú´ÂÁö Primer Binding Map¿¡¼­ È®ÀÎÇØ º¸½Ã±â ¹Ù¶ø´Ï´Ù. Lower strand¿¡ annealingµÇ´Â ÇÁ¶óÀ̸Ӵ ½ÃÄö½º´Â 5'-3'ÀÇ ¼ø¼­·Î ÀԷµ˴ϴÙ. ¿©±â¼­ 3'-5'ÀÇ ¼ø¼­·Î ÀÔ·ÂÇϼ̴ÂÁö È®ÀÎÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù.

6.5.2.2. PCR analyzer¿¡¼­ »ç¿ëµÇ´Â Tm °è»ê¹ýÀ» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

PCRCycler ÂüÁ¶

6.5.2.3. Ãâ·ÂµÈ Primer annealing map¿¡¼­ primer°¡ template »ó´Ü¿¡ ÀÖÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ°í ÇÏ´Ü¿¡ ÀÖÀ» °æ¿ìµµ ÀÖ½À´Ï´Ù. °¢°¢ÀÇ Â÷ÀÌ´Â ¹«¾ùÀ» ÀǹÌÇϳª¿ä?

Template ½ÃÄö½ºÀÇ »ó´Ü¿¡ Ç¥½ÃµÈ primer´Â ÇØ´ç primer°¡ template ½ÃÄö½ºÀÇ »óÀ§ strand¿¡ annealingµÈ´Ù´Â ÀǹÌÀ̸ç, ÇÏ´Ü¿¡ Ç¥½ÃµÈ primer´Â ÇØ´ç primer°¡ template ½ÃÄö½ºÀÇ ÇÏÀ§ strand¿¡ annealingÇÑ´Ù´Â ÀǹÌÀÔ´Ï´Ù.

5.3. PatternFinder

6.5.3.1. PatternFinder´Â ¹«¾ùÀ» ÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥Àΰ¡¿ä?

Pattern Finder´Â ÀÔ·ÂÇÑ ½ÃÄö½º¿¡¼­ »ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ Æ¯Á¤ÇÑ ½ÃÄö½º¸¦ ã´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù.

6.5.3.2. PatternFinder·Î transcription factor binding site¸¦ °Ë»öÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

¿¹. ¹°·Ð °¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.

PatternFinder´Â ¹Ì¸® Á¤ÇØÁø ½ÃÄö½º ÆÐÅÏÀ» °Ë»öÇÏ´Â °ÍÀÌ ¾Æ´Ñ »ç¿ëÀÚ°¡ ÀÔ·ÂÇÑ ÆÐÅÏÀ» ½ÃÄö½º¿¡¼­ °Ë»öÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù. Áï Æ¯Á¤ÇÑ ¿ëµµ°¡ Á¤ÇØÁ® ÀÖ´Â °ÍÀÌ ¾Æ´Ñ »ç¿ëÀÚÀÇ ÀÔ·ÂÇÑ ÆÐÅÏ¿¡ µû¶ó¼­ ±â´ÉÀÌ Á¤ÇØÁö´Â ÇÁ·Î±×·¥À̶ó°í ÇÒ ¼ö ÀÖ°Ú½À´Ï´Ù.

Transcription factor binding site¸¦ ã°í ½ÍÀ¸½Ã´Ù¸é ÀÔ·Â ÆÐÅÏ¿¡ ÇØ´ç ÆÐÅÏÀ» ÀÔ·ÂÇÏ½Ã¸é µË´Ï´Ù.

ÀÌ·± ƯÁ¤ÇÑ ½ÃÄö½ºÀÇ ¿¹·Î´Â Start or Stop Codon, Att site, Ư¼öÇÑ Á¦ÇÑÈ¿¼Ò µîÀÌ ÀÖÀ» ¼ö ÀÖ°Ú½À´Ï´Ù.

6.5.3.3. BL2SeqN Àº ¹«¾ùÀ» ÇÏ´Â ÇÁ·Î±×·¥Àΰ¡¿ä?

BLAST ¾Ë°í¸®ÁòÀ» ±â¹ÝÀ¸·Î µÎ °³ÀÇ ¿°±â¼­¿­À» align ÇØÁÖ´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù. ½ÃÄö½º align »Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó ½ÃÄö½Ì µ¥ÀÌÅÍÀÇ ºÐ¼®¿¡ À¯¿ëÇÑ µµ±¸ ÀÔ´Ï´Ù.

6.5.3.4. BL2SeqN °ú EMBOSSÀÇ Needle, Water ÇÁ·Î±×·¥ÀÇ °øÅëÁ¡°ú Â÷ÀÌÁ¡À» ¾Ë°í ½Í½À´Ï´Ù.

À§ ÇÁ·Î±×·¥ ¸ðµÎ ¿°±â¼­¿­À» alignÇØ ÁÖ´Â ÇÁ·Î±×·¥ÀÔ´Ï´Ù. ´Ù¸¥ Á¡Àº ÇÁ·Î±×·¥¸¶´Ù Àû¿ëÇÏ´Â ¾Ë°í¸®ÁòÀÌ Æ²¸³´Ï´Ù. NeedleÀº "Needleman-Wunsch global alignment algorithm"À» Water´Â "Smith-Waterman local alignment algorithm"À» BL2SeqNÀº BLAST algorithmÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ½ÃÄö½º¸¦ alignÇÕ´Ï´Ù.

BL2SeqNÀº ´Ù¾çÇÑ ½ÃÄö½º Çü½ÄÀ» ÀνÄÇÒ »Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó ÀÚµ¿À¸·Î reverse ¹æÇâÀÇ ½ÃÄö½º¸¦ È®ÀÎÇÏ¿© alignÀ» Çϱ⠶§¹®¿¡ reverse¸¦ È®ÀÎÇÒ Çʿ䰡 ¾øÀ¸¹Ç·Î Æí¸®ÇÕ´Ï´Ù.

°¢ ¾Ë°í¸®Áò¿¡ ´ëÇÑ ÀÚ¼¼ÇÑ ³»¿ëÀº ÇØ´ç ³í¹®À» Âü°íÇϽʽÿÀ.

6.5.3.5. Gap penalty¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØ ÁÖ¼¼¿ä.

Penalty for a mismatch´Â match¿Í mismatch¿¡ ´ëÇÑ Á¡¼öÀÔ´Ï´Ù. ±âº»°ªÀº ¿°±â ¼­¿­ÀÇ ºñ±³ÇÒ ¶§ µÎ ¿°±â°¡ ÀÏÄ¡ÇÏ¸é ±âº»°ªÀ¸·Î 1ÀÇ °¡»êÁ¡À» ÁÖ°í Æ²¸®¸é -3Á¡ÀÌ ÁÖ¾îÁý´Ï´Ù.

Open gap°ú extension gap penalty´Â µÎ ¼­¿­ÀÇ alignment¸¦ ¼öÇàÇÒ ¶§ »ý±â´Â gap¿¡ °üÇÑ °ÍÀÔ´Ï´Ù. ÁøÈ­ÀûÀ¸·Î ¿¬¼ÓÀûÀÎ gapÀÌ »ý±æ ¶§ ù ¹øÂ° gapÀº »ý±â±â ¾î·Á¿ì³ª ´ÙÀ½ÀÇ ¿¬¼ÓÀûÀÎ gapµéÀº »ó´ëÀûÀ¸·Î »ý±â±â ½±´Ù°í ÇÕ´Ï´Ù. ±×·¡¼­ óÀ½ »ý±â´Â gap¿¡´Â »ó´ëÀûÀ¸·Î Å« °ªÀÎ 5ÀÇ penalty¸¦ ÁÖ°í ´ÙÀ½ÀÇ ¿¬¼ÓÀûÀÎ gap¿¡´Â 2ÀÇ °ªÀ» ÁÖ´Â °ÍÀÌ ±âº»°ªÀ¸·Î Á¤ÇØÁ® ÀÖ½À´Ï´Ù.

6.5.3.6. Filter üũ¹Ú½º¸¦ ´©¸£¸é ºÐ¼®°á°ú °ª¿¡¼­ ¹«¾ùÀÌ ´Þ¶óÁö³ª¿ä?

BLAST´Â gapÀ» Çã¿ëÇÏÁö ¾Ê´Â ¹üÀ§¿¡¼­ ÀÛÀº ºÎºÐ °Ë»öÀ» ¼öÇàÇϹǷΠrepeat sequence³ª proline-rich sequence°°ÀÌ »ý¹°ÇÐÀûÀ¸·Î Àǹ̴ ¾øÀ¸³ª ºÎºÐ¿¡¼­ ³ôÀº À¯»ç¼ºÀ» °¡Áö°í ÀÖ´Â ¼­¿­µéÀ» Á¦°ÅÇÏÁö ¸øÇÕ´Ï´Ù. ±×·¡¼­ Filter ¿É¼Ç¿¡ ÀÇÇØ Åë°èÀûÀ¸·Î´Â Áß¿äÇÑ °ªÀ» °¡ÁöÁö¸¸ »ý¹°ÇÐÀûÀ¸·Î´Â Àǹ̰¡ ¾ø´Â ¼­¿­µéÀ» Á¦°ÅÇÕ´Ï´Ù.

6. WorkBench

6.6.1. WorkBench°¡ º¸ÀÌÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

Workbench´Â À¥ ºê¶ó¿ìÀúÀÇ ÄíŰ ±â´ÉÀ» »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù. »ç¿ëÁßÀÎ ºê¶ó¿ìÀú°¡ Äí۸¦ »ç¿ë°¡´ÉÇϵµ·Ï ¼³Á¤ÇϽñ⠹ٶø´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ WorkBench´Â DHTML ±â´ÉÀ» »ç¿ëÇÕ´Ï´Ù. ºê¶ó¿ìÀú¿¡¼­ DHTML ±â´ÉÀ» Áö¿øÇÏÁö ¾Ê´Â´Ù¸é Á¦´ë·Î È­¸é¿¡ ³ªÅ¸³ªÁö ¾Ê½À´Ï´Ù.

7. EMBOSS

6.7.1. EMBOSS´Â ¹«¾ùÀԴϱî?

EMBnet´Â EMBnet¿¡ ÀÇÇØ °³¹ßµÈ ¿ÀǼҽº Bioinformatics ¼ÒÇÁÆ®¿þ¾îÀÔ´Ï´Ù.

6.7.2. EMBOSS¿¡´Â ´Ù¸¥ ¸¹Àº ÇÁ·Î±×·¥µµ Æ÷ÇԵǾîÀÖ´Â °ÍÀ¸·Î ¾Ë°í ÀÖ½À´Ï´Ù. ´Ù¸¥ ÇÁ·Î±×·¥µéÀº ¾îµð¼­ º¼ ¼ö ÀÖ½À´Ï±î?

À¥ ÀÎÅÍÆäÀ̽º·Î °³¹ßÇÑ EMBOSS´Â ÀúÈñ°¡ ÆÇ´ÜÇÏ¿© °¡Àå À¯¿ëÇÏ°í ¸¹ÀÌ ¾²ÀÌ´Â ÇÁ·Î±×·¥À» ¼±º°ÇÏ¿´½À´Ï´Ù. ´Ù¸¥ EMBOSS ÇÁ·Î±×·¥ÀÌ ÇÊ¿äÇÏ½Ã¸é °Ô½ÃÆÇ¿¡ ±ÛÀ» ³²°ÜÁֽðųª Bioinformatics Team À¸·Î ¸ÞÀÏÀ» ³²°ÜÁֽʽÿÀ