시퀀스를 자르기 위해서 시퀀스를 자를 때 사용할 제한효소를 입력합니다. 제한효소를 여러 개 입력하려면 제한효소 이름을 공백과 ","(쉼표)로 구분 지어 입력하면 됩니다. 그리고 시퀀스 창에 대상 시퀀스를 입력합니다. 입력 가능한 시퀀스는 EnCyclon에서 사용되는 제한효소 리스트를 참고하십시오.
시퀀스가 제한효소에 의해서 잘려지면 DNACutter는 각 DNA 조각의 끝을 표현하기 위해서 생성되는 시퀀스를 NGSF 형식으로 만들고 ENDS 필드를 추가합니다. 이 ENDS 필드는 다음에 나오는 A-Ligator에 사용됩니다. ENDS에 대한 자세한 설명은 NGSF(Neurogenex Sequence Format)를 참고하십시오.