Reward for a match, Penalty for a mismatch : match와 mismatch에 대한 점수입니다. 즉 염기 서열의 비교시 두 염기가 일치하면 기본값으로 1의 가산점을 주고 틀리면 -3점을 감한다는 것이 기본값입니다.
Open gap penalty, Extension gap penalty : open gap과 extension gap penalty는 두 서열의 alignment를 수행할 때 생기는 gap에 관한 것입니다. 진화적으로 연속적인 gap이 생길 때 첫 번째 gap은 생기기 어려우나 다음의 연속적인 gap들은 상대적으로 생기기 쉽다고 합니다. 그래서 처음 생기는 gap에는 상대적으로 큰 값인 5의 penalty를 주고 다음의 연속적인 gap에는 2의 값을 주는 것이 기본값으로 정해져 있습니다.
Expect value : BLAST에서 결과의 통계적 의미를 나타내는 값. Expect 값이 작으면 작을수록 결과에서나온 서열이 입력한 서열과 더 유사함을 나타낸다. 기본값은 10으로 정해져 있는데, 이것은 expect 값이 10보다 큰 서열은 결과로 출력하지 않는다는 것을 의미한다. 실제 결과의 출력은 high-scoring segment pairs(HSPs)의 순서대로 출력되지만 HSP 값에는 서열의길이에 대한 보정이 되어있지 않으므로 통계학적으로 의미를 가진 값은 expect value이다.
Filter : BLAST는 gap을 허용하지 않는 범위에서 작은 부분 검색을 수행하므로 repeat sequence나 proline-rich sequence같이 생물학적으로 의미는 없으나 부분에서 높은 유사성을 가지고 있는 서열들을 제거하지 못합니다. 그래서 Filter 옵션에 의해 통계적으로는 중요한 값을 가지지만 생물학적으로는 의미가 없는 서열들을 제거합니다.