1.2. Plasmid Map 사용하기

플라스미드맵 보기

1. Plasmid Map 페이지를 여십시오.

2. Genbank Accession : AB003468 시퀀스를 시퀀스 입력창에 입력합니다.

   시퀀스를 입력하는 방법은 여러 가지가 있습니다. 여기에서는 Seqloader를 이용하여 GENBANK에서 인터넷을 통해서 입력하겠습니다.

   1. Load Sequence 버튼을 클릭하여 Sequence Loader를 호출합니다.

   2. GENBANK Accession을 알고 있으므로, GENBANK Accession으로 시퀀스를 로드하기 위하여 콤보박스에서 GENBANK Accession을 선택하십시오.

   3. 옆의 텍스트 박스에 GENBANK Accession "AB003468"을 입력하십시오.

      

      
      
      

   4. 바로 옆의 "Load" 버튼을 클릭하십시오.

   5. 시퀀스가 시퀀스 입력박스에 들어갔을 것입니다.

      

      
      
      

   시퀀스를 입력하는 다른 방법은 EnCyclon 사용자 안내서의 "시퀀스 입력하는 방법"을 참조하십시오.

3. 기본 설정된 옵션으로 'GO' 버튼을 눌러 결과를 확인합니다.

   

   
   
   

Enzyme Site 표시

1. Plasmid Map 페이지를 여십시오.

2. Genbank Accession : AB003468 시퀀스를 시퀀스 입력창에 입력합니다.

3. Analysis Options (기본 옵션)을 체크합니다. 하위 메뉴로 Display Enzyme with position을 체크하면 제한효소를 표시할때 이름과 위치를 함께 표시해 줍니다. 나머지 Analysis Options은 RestrictionAnalyzer 과 동일합니다.

   

   
   
   

4. 'GO' 버튼을 눌러 결과를 확인합니다.

ORF Search

1. Plasmid Map 첫 페이지에서 Show Feature(기본 옵션)을 체크하면 시퀀스의 feature를 보여주는데 NGSF,Genbank 포멧일 경우 해당 포멧의 feature를 표시하고, 그 외의 포멧일경우 ORF search 결과값을 표시합니다.

2. 'GO' 버튼을 눌러 결과를 확인합니다.

3. 결과 화면에서 ORF Options 을 체크, 찾을 amino acid 길이를 '100' 이상으로 설정하여 'GO' 버튼을 누릅니다.

   

   
   
   

4. ORF Search 결과값은 맵에서 회색으로 표시되며, 시퀀스 Feature의 CDS 는 빨강색, Promoter 는 노랑색, Ohter 은 하늘색 으로 표시됩니다.

   

   
   
   

Feature 편집

1. 결과 화면에서 'GO' 버튼 아래의 feature 입력창에 아래와 같이 입력하고 'Add Feature' 버튼을 누릅니다.

   

   
   
   

2. 플라스미드맵과 아래의 테이블에 입력한 feature가 들어갔습니다.

   

   
   
   

3. 수정할 feature의 마지막 열의 'Edit' 버튼을 눌러 새창을 띄웁니다.

   

   
   
   

4. 원하는 항목의 값을 변경하고 'Edit Feature' 버튼을 누릅니다.

   

   
   
   

5. feature 가 변경되었습니다.

6. 테이블에서 삭제할 feature 의 처음 열에 있는 체크박스를 클릭하고 'DEL' 버튼을 누릅니다.

   

   
   
   

7. 선택한 feature 가 삭제 되었습니다.

   

   
   
   

저장 하기

1. 플라스미드맵 위에서 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여 '다른이름으로 그림저장' 을 선택하여 저장할 수 있습니다.

2. 'Save Sequence' 버튼을 눌러 feature 편집으로 변경된 시퀀스를 저장할 수 있습니다. 저장파일 형식은 'NGSF' 입니다.