인터넷을 이용한 유전자 분석, 그 진화의 과정에서...

바이오인포매틱스라는 다소 부담스러운 용어를 동원하지 않더라도 실험실에서 컴퓨터의 도움 없이 실험을 진행한다는 것은 오늘날에는 거의 불가능한 일이 되었다. 간단한 예로 시퀀스 파일에서 제한효소를 찾는다든지, 아니면 특정 모티프의 검색, 아니 좀더 낮은 수준에서 AAAGGGCC 라는 시퀀스를 파일 내에서 찾는 류의 일은 연구원이 눈으로 더듬기에는 너무 힘든 일이다. 10여년 전 필자가 처음 대학원에 입학했을 때는 적어도 그런 일이 가능했었다. 워드 프로세서를 이용하여 시퀀스를 편집하고 밑줄을 긋고, 번호를 매기는 따위의 일들에서 PCgene 이라는 도스용 프로그램의 도움을 받아 논문을 내기 위한 시퀀스 파일 편집 등등의 일들. 그로부터 몇 년이 흘러 벡터NTI나 DNAsis 등의 프로그램들을 알게 되었고 시퀀스 분석에 유용한 전문 소프트웨어는 실험을 매우 편리하고 지능적으로 설계해준다는 사실도 더불어 체험할 수 있었다.

PC에 설치해서 사용하는 전문 소프트웨어들의 단점은 무엇보다 비싼 가격에서 유래한다. 보통 1 카피에 수백만원을 넘는 소프트웨어를 단 한대의 PC에서만 사용할 수 있다는 현실은 1인 1 PC 시대에는 매우 불편한, 그리고 불만족스러운 현실임에 분명하다. 누구의 PC에 설치할 것인가를 두고 싸울 수는 없지 않는가. 또한 전문 소프트웨어는 자신만의 데이터파일 형식을 고집하기 때문에 워드 프로세서나 파워포인트 파일로 데이터를 옮겼을 때 정렬이 맞지 않는다든지, 정보를 다시 편집해야 한다든지의 불편함을 안고 있다.

인터넷을 통한 유전자 분석이 가능한 이유는 이러한 전문 소프트웨어에서 사용하는 분석 알고리즘이 이미 공개된 소스코드에 기반을 두고 있다는 점과, 눈높이만 낮춘다면 비교적 복잡한 개발 과정을 요구하지 않는다는 점을 들 수 있다. 예를 들어 웹기반 제한효소 분석 프로그램으로 유명한 웹커터(WebCutter)라는 프로그램은 예일 대학의 한 연구자가 만든 것이며 SeWer 라는 웹기반 프로그램 역시 인도의 연구자가 - 자신의 표현을 빌면 - 심심풀이로 만든 것이다.

물론 무료로 공개되는 웹기반 소프트웨어가 상용 소프트웨어에 필적할 만한 자유로운 표현과 강력한 분석기능을 모두 제공하는 것은 아니다. 웹이라는 특수한 환경, 즉 개발 언어의 표현력에도 문제가 없는 것은 아니다. 그러나 보다 현실적으로, 무료로 운영되는 인터넷 소프트웨어들은 개발 비용과 운영 비용에 대한 실질적인 대안이 없기 때문에 대부분 정교한 프로그램으로 더 발전하지 못하고 어느 선에서 개발이 멈춰지는 것이 보통이다. 또한 연구자의 취미로 시작되는 경우가 대부분이어서 영속성 (예를 들면 업데이트나 사용 매뉴얼, 보다 편리한 인터페이스의 제공 등) 이라는 측면에서 취약하기 마련이다. MS의 아웃룩과 다음의 한메일 간의 기능상 차이가 존재하는 것보다 훨씬 더, 현재 스코어 웹기반 유전자 분석소프트웨어의 열세라고 할 수 있겠다. 그러나 그 열세는, 웹기반 소프트웨어는 아직도 더 진화할 여지가 많다는 점에서 거꾸로 낙관적 열세라고 볼 수 있는 것이다.

웹기반 소프트웨어의 전망이 밝은 이유는 다음의 한메일과 마이크로소프트의 핫메일과 같은 웹기반 메일 프로그램을 사용자들이 버리지 않는 현실에서 찾을 수 있을 것이다. 예를들어 웹 메일 만의 모방할 수 없는 장점, 예를 들면 PC방에서도 별도의 프로그램을 사용하지 않고서도 쉽게 메일을 볼 수 있다는 점, 메일을 다운로드 하고 삭제하는 등의 불편한 작업을 하지 않아도 된다는 점등은 설치와 설정이 필요한 개인화된 PC기반 소프트웨어가 따라오기 힘든 장점에 속한다. 또한 웹은 그 본연적 속성상 자유로운 공유가 가능하다. 대부분의 생물학 데이터베이스가 웹에 기반하고 있다는 점을 상기한다면 유전자 분석 소프트웨어가 웹이라는 환경에서 장점을 갖지 못할 이유가 없는 것이다.

결론적으로, 웹기반 유전자 분석 프로그램은 충분히 진화할 여지가 남아 있으며, 그 충분한 진화 이후에는 어느 소프트웨어도 모방하기 힘든 자신만의 장점을 갖게 될 것이다.

엔사이클론 (www.encyclon.net) 은 국내 바이오텍 기업인 뉴로제넥스에서 독자적으로 개발한 웹기반 유전자 분석 소프트웨어다. 40개의 유전자 분석 알고리즘, PlasmidMap, 워크벤치와 같은 새로운 개념의 인터페이스, 꾸준한 업데이트와 개발자들의 열의로 대변되는 엔사이클론은, 사실 그리 쉽게 탄생하지만은 않은 소프트웨어였다.

엔사이클론은 현재와 같은 모습을 지향하고 개발된 것은 아니었다. 뉴로제넥스는 소위 말하는 바이오인포매틱스 전문 기업도 아니었으며, 소프트웨어로 수익창출을 원하는 기업도 아니었다. 다만 내부에서 발생하는 대량의 유전자 정보 처리를 소화하기 위해 전문 프로그래밍 인력을 두게 되었으며 구미에 맞는 프로그램을 하나씩 만들다 보니 현재에 이르게 된 것이다. 어쩌면 이러저러한 지표를 두고 완성품을 염두에 두었더라면 현재의 엔사이클론이 탄생하지 못했을 것이라는 것이 개발과정에 같이 참여한 필자의 의견이다. 오히려 남들을 의식하지 않고 자유롭게 프로그램을 설계했다는 점이 기존의 소프트웨어가 주지 못하는 장점을 줄 수 있는 가장 큰 배경이 될 것이다.

엔사이클론은 2001년 10월에 인터넷을 통해 무료로 공개되었다. 무료로 공개하고 운영하다 보니 검색엔진에 등록은 커녕 변변한 광고도 못했던 것이 사실이다. 그럼에도 불구하고 현재 국내외 300여 기관이상에서 등록하여 사용하는, 사랑 받는 소프트웨어가 되어가고 있다. 이미 등록 사용자 수는 400명을 훨씬 넘었으며 월 평균 페이지 뷰는 2만 건에 달하고 있으며 30만건 이상의 조회수를 기록하였다. 뿐만 아니라 해외에서도 소문을 통해 찾아와 사용하는 유저들이 있으며, 지역적으로는 미국과 캐나다, 인도, 유럽, 중국, 일본 등이 포함되어 있다.

엔사이클론은 PC기반의 분석 소프트웨어, 예컨대 벡터 NTI나 DNAsis, DNAstar등을 지향하는 것이 아니다. PC기반 소프트웨어의 단순한 모방이나 웹으로의 전환은 엔사이클론의 목표와는 거리가 멀다. 오히려 이러한 소프트웨어들이 도저히 해낼 수 없는 한계를 돌파하는 것이 엔사이클론의 궁극적 지향점인 것이다. 자유로운 데이터 공유와 언제 어디서든 가능한 유전자 분석, 과학자들의 귀중한 노력이 집결된 데이터베이스에 대한 자유로운 활용, 연구원들이 땀흘려 만든 소중한 클론들에 대한 정확한 관리, 엔사이클론은 개인화된 데스크탑 PC에서 해낼 수 없는 일을 하고자 하는 것이며 웹은 단지 그 장점을 가장 잘 표현할 수 있는 하나의 도구에 불과한 것이다. 따라서 엔사이클론은 웹을 활용하되 웹에 머무르지는 않을 것이다.

유전자 분석 소프트웨어의 최종 진화된 모습은 무엇일까? 그 해답은 프로그래머의 머리 속에서 이루어지는 것이 아니며 상용 소프트웨어 개발사들의 개발계획에 있는 것이 아니다. 그것은 실험실에서 매일 매일 벌어지는 일들이 어떻게 진화될 것인가에 달려있을 것이다. 엔사이클론은, 그 과정을 함께 경험하고 있으며, 그 진화과정을 충실히 반영하기를 간절히 희망하고 있다.

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