Cycloner, Benchtop Equivalent Simulated Cloning Process

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Cycloner는 실제 실험하시는 분들을 위해 만들어진 클로닝 시뮬레이션 패키지입니다. Cycloner를 이용하여 클로닝을 하기전이나 실험 중에 일어날 수 있는 불필요한 작업이나 실험 에러들을 줄일 수 있습니다.

Cycloner는 PrimerDesigner^*, PCRcycler^*, Cutter^*, A-Ligator^*, Cut&Ligation^*, Recombination^*, HRecombination^*, Blunt-It^*, SeqEditor^*의 독립적인 프로그램 툴로 구성되어있습니다. 이들 프로그램들은 PCR primer를 설계하거나 제한효소 위치를 분석하는 개별작업에도 효과적으로 사용될 수 있으나, 서로 연계하여 실험실에서 이루어지는 전체적인 클로닝 작업을 시뮬레이션 하는데 매우 유용하게 사용할 수 있는 뉴로제넥스의 독창적인 소프트웨어입니다. 완벽한 클로닝 솔루션인 Cycloner를 보다 효율적으로 사용하시려면, 유저가이드에 설명된 Neurogenex Sequence Format (NGSF), Cycloner Tutorial을 읽어보십시오.

PrimerDesigner^*는 PCR primer를 디자인하기 위해 개발된 프로그램 툴입니다. PrimerDesigner^*는 Primer를 디자인하거나 PCR과정의 노력과 실수를 최소화하도록 만들어졌습니다. 예를 들어, PrimerDesigner^*는 primer에 enzyme linker의 추가와 내부 enzyme site의 자동체크 등 많은 부분을 지원합니다.

PCRcycler^*는 이 후 클로닝 과정을 진행하기 사용되는 시퀀스를 만들어냅니다. 간단히 copy&paste를 하여 증폭된 PCR product 시퀀스를 만들 수 있습니다.

Cutter^*와 A-Ligator^*는 일반적인 DNA 클로닝 과정을 시뮬레이션합니다. 실험실에서 enzyme digestion, gel running, elution을 통해 벡터와 insert DNA를 준비합니다. 이러한 클로닝을 하고자 하는 시퀀스와 적절한 제한효소를 입력함으로써 간단하게 시뮬레이션 할 수 있습니다. A-Ligator^*는 벡터의 enzyme site(overhang, blunt, T addition 등을 포함)와 insert 시퀀스를 자동으로 인식하여, 클로닝된 시퀀스를 생성합니다. 이 시퀀스를 SeqSenser 패키지에 있는 RestrictionAnalyzer나 EMBOSS 패키지의 alignment 소프트웨어인 water나 Blast 검색을 이용함으로써 더 자세히 분석할 수 있습니다.

Cut&Ligation는 시퀀스를 주어진 enzyme으로 잘라 생기는 Fragment들을 길이를 기준으로 선택하여 ligation반응을 시킵니다.

CloningWizard는 Vector Cut , PCR, Insert Cut, Ligation등 클로닝 작업의 시작부터 Ligation Product를 얻는 과정의 전반적인 예측을 가능하게 합니다.

Recombination은 람다 파지 유래의 재조합 시퀀스간의 위치 특이적 재조합 반응을 시뮬레이션하여 반응 결과 시퀀스를 만들어 줍니다.

HRecombination은 두개의 DNA 시퀀스의 Homologous Recombination 결과를 구합니다.

Blunt-It은 시퀀스의 끝부분을 뭉툭하게 합니다

Cycloner는 당신의 연구를 한층 더 도와줄 것입니다.